人类细胞外基质蛋白质预测工具和参考数据库的研发与应用

发布时间：2024-05-12 14:24

　　细胞外基质(extracellular matrix,ECM)蛋白质是细胞微环境的重要组成部分,它不仅可以通过与其他蛋白质的相互作用为细胞提供机械结构支持,还可以通过信号传导对细胞功能进行调节。ECM蛋白质的结构和功能失调会导致成骨不全、软骨发育异常、马凡综合征、纤维化和癌症等严重的疾病,为了更好地研究这些疾病的发病机制并发掘潜在的诊断及治疗靶点,有必要对ECM蛋白质的组成和功能进行更加深入的研究。蛋白质组学方法不仅可以通量鉴定分泌到胞外的ECM蛋白质,还可以对ECM蛋白质的共价交联和修饰进行分析,因此是研究ECM蛋白质的有力工具。与此同时,构建ECM蛋白质预测工具和参考数据库是进行ECM蛋白质组研究的必要条件。目前ECM蛋白质预测工具和参考数据库的研发相互独立,并且它们各自存在一些不足。ECM蛋白质预测工具最大的缺点是与实验生物学特征缺乏联系,特别是在金标准数据集构建和分类特征提取方面;此外,现有预测工具均不可用也是较大的问题。ECM蛋白质参考数据库存在的问题为:ECM参考数据库与实验数据集重叠率较低;另外,现有ECM参考数据库是通过半经验和人工注释的方式构建的,所以在数据库更新和跨...

【文章页数】：84 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.1ECM蛋白质预测工具的主流研发流程

军事科学院硕士学位论文第3页图1.1ECM蛋白质预测工具的主流研发流程但是已有的ECM蛋白质预测工具仍然面临以下几个问题：1、目前所有的工具均不可用。在已发表的几篇文献中，ECMP-HybKNN[18]、BAMORF[19]和TargetECMP[20]只提供了方法，并未研发可使....

图1.2人类ECM蛋白质预测工具和参考数据库的研发和应用本研究内容主要包括四个部分：

军事科学院硕士学位论文第5页作进行有机地结合和统一，建立一个针对人类物种的ECM蛋白质预测工具和参考数据库的研发和应用流程。如图1.2所示，首先结合已有ECM蛋白质预测工具和参考数据库分别的优势研发人类ECM蛋白质预测工具，之后将该工具应用到全体人类蛋白质构建人类ECM蛋白质参考....

图3.1阳性金标准数据集中不同Matrisome类别的分布

军事科学院硕士学位论文第18页续表3.1用于构建阳性金标准数据集的ECM蛋白质组学研究器官样本类型疾病名称文献及发表年份腹主动脉疾病腹主动脉瘤2011[46]隐静脉疾病静脉曲张2016[48]软骨疾病骨关节炎2017[61]视网膜疾病糖尿病2017[52]颈动脉疾病颈动脉斑块20....

图3.2ECMPride的构建流程

军事科学院硕士学位论文第21页3.3.1ECMPride的构建我们构建了ECMPride——一个基于命令行的工具——来预测ECM蛋白质。这个工具可以从公共资源库GitHub免费下载和使用：https://github.com/Binghui-Liu/ECMPride.git。EC....

本文编号：3971448