GM12878细胞系和K562细胞系组蛋白修饰对基因表达的影响
发布时间：2021-09-28 13:07
近年来,癌症的发生严重威胁人类的生命健康,面对类型众多的癌症迫切需要快速有效的早期诊治,针对性强的治疗手段。随着高通量测序技术的发展,得到包括表观遗传修饰在内的海量数据,人们研究发现,表观遗传修饰异常改变对癌症也存在重要的调控作用,DNA甲基化和组蛋白修饰在血癌研究中取得可喜成果。因此,利用生物信息学的手段来系统地分析表观遗传修饰对癌症的调控成为当今生物信息学的研究热点。本文选用了GM12878细胞系和K562细胞系共有的11种组蛋白修饰,研究组蛋白修饰对基因表达的影响;另选用急性粒细胞白血病（AML）临床数据,通过加权共表达网络将具有相似作用或功能基因筛选到同一模块,通过多重注释工具对模块基因注释,探寻模块基因参与的生物过程以及发挥的作用,论文的主要研究内容如下:1.选用GM12878细胞系和K562细胞系共有的11种组蛋白修饰数据,参照人类基因组注释文件在以TSS为中心的上下游4000bp范围内计算组蛋白修饰信号,通过组蛋白修饰信号分布分析了组蛋白修饰水平和基因表达水平的关系。进一步通过Spearman系数衡量K562细胞系和GM12878细胞系组内组蛋白修饰的相关关系,发现一些组...
【文章来源】：内蒙古大学内蒙古自治区 211工程院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A组组蛋白修饰信号分布，其中横坐标表示以TSS为中心的40个分区，纵坐标表示分区内组蛋白修饰信号强度Figure3.1ThegroupA’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin
内蒙古大学硕士学位论文16饰水平如下图3.2所示：图3.2B组组蛋白修饰信号分布，其中横坐标表示以TSS为中心的40个分区，纵坐标表示分区内组蛋白修饰信号强度Figure3.2ThegroupB’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin整体来看，各个组蛋白修饰的修饰水平同样存在差异。在A组中组蛋白修饰水平最高的三组分别为：H3K4me2、H3K9ac、H3K27ac。另外A组组蛋白修饰中H3K36me3修饰水平最低，其次为H3K4me1在B组中H3K27me3、H3K4me3的修饰水平均不高。结果显示组蛋白修饰在A组中高水平修饰和B组中低水平修饰可能与疾病发生关联程度高，这7种组蛋白修饰可以作为下一步探究主要关注对象，寻找这7种组蛋白修饰对血癌的发生发展产生何种影响，为临床治疗提供理论基矗
H3K27ac 和 H3K4me3（0.95）、H3K27ac 和 H3K4me2（0.94）、H3K79me2 和H4K20me1（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.92）。负相关关系最大的为：H2AZ和 H3K27me3（-0.72），负相关关系表示认为他们之间存在竞争关系。在 GM12878细胞系相关系数大于 0.9 的组蛋白修饰对是：H3K4me2 和 H3K4me3（0.97）、H3K4me3 和 H3K9ac（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.91）、H3K27ac 和 H3K9ac（0.93）、H3K36me3 和 H4K20me1（0.95）。其中负相关系数最大的是：H2AZ和 H3K36me3（-0.53）。相关关系聚类图如图 3.3 所示： GM12878 K562
【参考文献】：
期刊论文
[1]Spearman等级相关系数计算公式相互关系的数学推导[J]. 李雪云,孙爱峰,何艳频. 中国现代药物应用. 2007(11)
本文编号：3411958
【文章来源】：内蒙古大学内蒙古自治区 211工程院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A组组蛋白修饰信号分布，其中横坐标表示以TSS为中心的40个分区，纵坐标表示分区内组蛋白修饰信号强度Figure3.1ThegroupA’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin
内蒙古大学硕士学位论文16饰水平如下图3.2所示：图3.2B组组蛋白修饰信号分布，其中横坐标表示以TSS为中心的40个分区，纵坐标表示分区内组蛋白修饰信号强度Figure3.2ThegroupB’sdistributionofhistonemodification.theabscissarepresents40binscenteredonTSS,andtheordinaterepresentsthehistonemodifiedsignalofbin整体来看，各个组蛋白修饰的修饰水平同样存在差异。在A组中组蛋白修饰水平最高的三组分别为：H3K4me2、H3K9ac、H3K27ac。另外A组组蛋白修饰中H3K36me3修饰水平最低，其次为H3K4me1在B组中H3K27me3、H3K4me3的修饰水平均不高。结果显示组蛋白修饰在A组中高水平修饰和B组中低水平修饰可能与疾病发生关联程度高，这7种组蛋白修饰可以作为下一步探究主要关注对象，寻找这7种组蛋白修饰对血癌的发生发展产生何种影响，为临床治疗提供理论基矗
H3K27ac 和 H3K4me3（0.95）、H3K27ac 和 H3K4me2（0.94）、H3K79me2 和H4K20me1（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.92）。负相关关系最大的为：H2AZ和 H3K27me3（-0.72），负相关关系表示认为他们之间存在竞争关系。在 GM12878细胞系相关系数大于 0.9 的组蛋白修饰对是：H3K4me2 和 H3K4me3（0.97）、H3K4me3 和 H3K9ac（0.92）、H2AZ 和 H3K27ac（0.91）、H3K27ac 和 H3K9ac（0.93）、H3K36me3 和 H4K20me1（0.95）。其中负相关系数最大的是：H2AZ和 H3K36me3（-0.53）。相关关系聚类图如图 3.3 所示： GM12878 K562
【参考文献】：
期刊论文
[1]Spearman等级相关系数计算公式相互关系的数学推导[J]. 李雪云,孙爱峰,何艳频. 中国现代药物应用. 2007(11)
本文编号：3411958
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