沙子岭猪睾丸组织发育相关非编码RNA的鉴定及功能研究
发布时间：2023-02-25 17:02
公猪在养猪生产中的重要作用主要体现于其精液品质对母猪妊娠率、产仔数及其后代仔猪生产性能等方面的重要影响,而睾丸组织作为公猪的重要生殖器官,其正常的生长发育为保证精子生成过程有序进行具有重要作用。近年来,研究表明非编码RNA在雄性动物睾丸组织中广泛表达且对精子生成具有重要的调控作用,但目前鉴定出的猪睾丸组织发育或精子生成相关非编码RNA数量较少,且作用机理尚不明确。本论文基于课题组前期研究基础,采用RNA-seq技术对不同发育阶段的猪睾丸组织进行cDNA测序和小RNA测序,以鉴定lncRNA、circRNA和miRNA等非编码RNA,并在细胞水平研究其生物学功能,主要研究结果如下:(1)本研究以沙子岭猪睾丸组织为研究对象,分为60日龄、90日龄、120日龄和150日龄4个试验组,每组3个生物学重复,以提取的睾丸组织总RNA为模板构建了12个cDNA文库,采用Illumina Hiseq 4000测序平台进行测序,共计获得164.26 Gb Clean reads,拼接出207,110条转录本。通过一系列生物信息学分析,共计鉴定出25,491条蛋白编码转录本、5,032条猪已知的lncRN...
【文章页数】：123 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 精子发生简述
1.1.1 精子发生过程
1.1.2 精子发生相关细胞的功能作用
1.2 非编码RNA分类
1.3 miRNA生成机制及研究进展
1.3.1 miRNA产生机制
1.3.2 miRNA调控精子发生研究进展
1.4 长链非编码RNA生成机制及研究进展
1.4.1 lncRNA定义、分类及功能
1.4.2 lncRNA调控精子发生的研究进展
1.5 环状RNA的生成机制及功能
1.6 展望
1.7 研究目的和意义
第二章 猪睾丸组织发育过程中lncRNA和 circRNA的鉴定及功能分析
2.1 材料与方法
2.1.1 试验动物和样品采集
2.1.2 主要仪器和试剂
2.1.3 总RNA提取和质量检测
2.1.4 cDNA文库构建和测序
2.1.5 测序原始数据质控
2.1.6 生物信息学分析
2.1.7 主要数据库
2.1.8 逆转录PCR
2.1.9 实时荧光定量PCR
2.2 结果与分析
2.2.1 总RNA质量检测结果
2.2.2 RNA-seq测序数据总览
2.2.3 lncRNA鉴定
2.2.4 lncRNA的序列特征分析
2.2.5 差异表达lncRNA的筛选和验证及功能预测
2.2.6 lncRNA靶基因GO和 KEGG功能分析
2.2.7 功能特异性的lncRNA筛选
2.2.8 circRNA的鉴定和验证
2.2.9 差异表达circRNA鉴定及功能分析
2.3 讨论
第三章 猪睾丸组织发育过程中microRNA鉴定及功能分析
3.1 材料与方法
3.1.1 试验动物和样品
3.1.2 主要试剂和仪器
3.1.3 .总RNA提取和质量检测
3.1.4 小RNA文库构建和测序
3.1.5 生物信息学分析
3.1.6 实时荧光定量PCR
3.2 结果与分析
3.2.1 小RNA文库测序数据总览
3.2.2 miRNA鉴定及特征分析
3.2.3 差异表达miRNA的鉴定和验证
3.2.4 miRNA靶基因预测及功能分析
3.3 讨论
第四章 miR-10b和 miR-362 调控猪未成熟支持细胞生长发育的机理研究
4.1 材料与方法
4.1.1 主要仪器
4.1.2 主要试剂和耗材
4.1.3 细胞及细胞培养
4.1.4 双荧光素酶活性检测
4.1.5 细胞转染
4.1.6 细胞周期检测
4.1.7 细胞增殖检测
4.1.8 流式细胞术检测细胞凋亡
4.1.9 ATP水平检测
4.1.10 实时荧光定量PCR
4.1.11 Western blot
4.1.12 数据统计
4.2 结果与分析
4.2.1 miR-10b靶向DAZAP1 基因促进猪未成熟支持细胞增殖
4.2.2 miR-362 靶向RMI1 基因抑制猪未成熟支持细胞增殖而促进其凋亡
4.3 讨论
第五章 结论
5.1 主要结论
5.2 主要创新点
5.3 下一步研究工作
参考文献
附录
主要英文对照缩略表
致谢
作者简介
本文编号：3748843
【文章页数】：123 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 精子发生简述
1.1.1 精子发生过程
1.1.2 精子发生相关细胞的功能作用
1.2 非编码RNA分类
1.3 miRNA生成机制及研究进展
1.3.1 miRNA产生机制
1.3.2 miRNA调控精子发生研究进展
1.4 长链非编码RNA生成机制及研究进展
1.4.1 lncRNA定义、分类及功能
1.4.2 lncRNA调控精子发生的研究进展
1.5 环状RNA的生成机制及功能
1.6 展望
1.7 研究目的和意义
第二章 猪睾丸组织发育过程中lncRNA和 circRNA的鉴定及功能分析
2.1 材料与方法
2.1.1 试验动物和样品采集
2.1.2 主要仪器和试剂
2.1.3 总RNA提取和质量检测
2.1.4 cDNA文库构建和测序
2.1.5 测序原始数据质控
2.1.6 生物信息学分析
2.1.7 主要数据库
2.1.8 逆转录PCR
2.1.9 实时荧光定量PCR
2.2 结果与分析
2.2.1 总RNA质量检测结果
2.2.2 RNA-seq测序数据总览
2.2.3 lncRNA鉴定
2.2.4 lncRNA的序列特征分析
2.2.5 差异表达lncRNA的筛选和验证及功能预测
2.2.6 lncRNA靶基因GO和 KEGG功能分析
2.2.7 功能特异性的lncRNA筛选
2.2.8 circRNA的鉴定和验证
2.2.9 差异表达circRNA鉴定及功能分析
2.3 讨论
第三章 猪睾丸组织发育过程中microRNA鉴定及功能分析
3.1 材料与方法
3.1.1 试验动物和样品
3.1.2 主要试剂和仪器
3.1.3 .总RNA提取和质量检测
3.1.4 小RNA文库构建和测序
3.1.5 生物信息学分析
3.1.6 实时荧光定量PCR
3.2 结果与分析
3.2.1 小RNA文库测序数据总览
3.2.2 miRNA鉴定及特征分析
3.2.3 差异表达miRNA的鉴定和验证
3.2.4 miRNA靶基因预测及功能分析
3.3 讨论
第四章 miR-10b和 miR-362 调控猪未成熟支持细胞生长发育的机理研究
4.1 材料与方法
4.1.1 主要仪器
4.1.2 主要试剂和耗材
4.1.3 细胞及细胞培养
4.1.4 双荧光素酶活性检测
4.1.5 细胞转染
4.1.6 细胞周期检测
4.1.7 细胞增殖检测
4.1.8 流式细胞术检测细胞凋亡
4.1.9 ATP水平检测
4.1.10 实时荧光定量PCR
4.1.11 Western blot
4.1.12 数据统计
4.2 结果与分析
4.2.1 miR-10b靶向DAZAP1 基因促进猪未成熟支持细胞增殖
4.2.2 miR-362 靶向RMI1 基因抑制猪未成熟支持细胞增殖而促进其凋亡
4.3 讨论
第五章 结论
5.1 主要结论
5.2 主要创新点
5.3 下一步研究工作
参考文献
附录
主要英文对照缩略表
致谢
作者简介
本文编号：3748843
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