肾癌中MMP-7的表达及生物信息学分析

发布时间：2017-12-09 11:37

  本文关键词：肾癌中MMP-7的表达及生物信息学分析

  更多相关文章： 肾细胞癌 MMP-7 调控网络 蛋白结构分析 GO KEGG

【摘要】：研究背景肾细胞癌(Renal cell carcinoma,RCC)是成人肾脏最常见的恶性肿瘤,近年来随着社会的进步和经济的发展,生活水平的提高,其发病率和死亡率呈上升趋势。目前,虽然在生物治疗与手术治疗等方面取得了一定的进展,但因肾癌具有发现晚、进展快、转移早、预后仍差的特点,严重影响患者生活质量。因此,进一步对RCC相关基因的研究对探讨肾癌的发生机制及肾癌的早期诊断、早期治疗具有非常重要的意义。研究目的本研究旨在探讨基质溶解素(MMP-7)及微血管密度(MVD)在肾癌浸润转移中的作用,深入了解肾癌中癌细胞转移的分子生理机制,初步建立肾癌相关基因的调控网络模型,为临床上肾癌的靶向治疗提供一定的理论依据。材料与方法1.收集80例来自郑州大学附属肿瘤医院泌尿外科2014年3月-2015年10月手术切除,临床资料完整和经病理检查确诊的肾透明细胞癌组织标本。其中男性50例,女性30例,年龄20~76岁。临床分期标准(TNM)分为:TNM1期24例,TNM2期21例,TNM3期18例,TNM4期7例;按Fuhrman分级,1级20例、2级28例、3级24例、4级4例;采用免疫组织化学S-P法检测80例肾细胞癌及癌旁正常肾组织中MMP-7和MVD的表达情况。运用SPSS21.0软件分析两者的表达与临床病例特征之间的关系以及两者之间的相关性。2.以MMP-7蛋白为研究对象,采用生物信息学方法,对其氨基酸组成、跨膜结构、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能及各级结构进行了分析。3.利用基因本体数据库(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)对肾癌相关基因p53、PTEN、MMP-9、KISS-1、MMP-7和VHL等六种基因标志物进行GO功能分析和KEGG信号通路分析,初步建立肾癌调控网络模型。研究结果1.MMP-7在肾癌组织和癌旁正常组织中的表达率分别为65.00%,25.00%;肾癌组织和癌旁正常组织中MVD均值分别为(147.53±32.72),(53.17±11.87)。MMP-7及MVD在肾癌中的表达与癌旁正常组织中的表达分别比较,差异有统计学意义(P0.05);肾癌组织中MVD和MMP-7的表达均与肾包膜侵袭、病理分级、淋巴结转移、不同临床分期及肿瘤直径密切相关(P0.05);与患者年龄,性别无关(P0.05;无统计学意义);MMP-7阳性者的MVD值明显高于阴性者,表明MMP-7阳性表达与MVD均呈正相关。2.MMP-7基因共含有1131bp,包含编码区和非编码区两个部分,编码区共编码了一条含有267个氨基酸的肽链,该肽链主要靠无规则卷曲和α螺旋,并进一步超螺旋,形成了一个稳定的中性亲水蛋白。亚细胞定位分析结果显示,该蛋白存在分泌途径,且定位于胞外,N端1-17位氨基酸是信号肽剪切位点,成熟肽链起始于第18氨基酸,可见该蛋白属于分泌蛋白。通过功能结构域分析发现该蛋白含有两个功能域,分别为PG结合域和ZnMc—MMP结构域,并且发现该蛋白相互交联的蛋白,也是癌细胞增殖转移相关的蛋白。3.结合GO功能分析和KEGG信号通路分析结果,初步建立了由p53、PTEN、MMP-9、KISS-1、MMP-7、VHL和VEGF七个基因标志物及其他相关基因组成的肾癌初级调控网络模型。结论MMP-7与血管生成关系密切,联合检测MVD和MMP-7对RCC恶性程度的评估、转移及其预后具有一定的研究价值;MMP-7蛋白属于分泌蛋白,与该蛋白相互交联的蛋白,也是癌细胞增殖转移相关的蛋白;初步建立了p53、PTEN、MMP-9、KISS-1、MMP-7、VHL和VEGF基因标志物参与的肾癌调控网络模型,可作为肾癌靶向治疗的潜在靶点。
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R737.11

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本文编号：1270275