基于循环肿瘤DNA及高通量测序建立早期肝癌术前微血管侵犯的预测模型
发布时间：2021-03-31 23:38
第一部分 基于早期肝癌组织样品高通量测序筛选MVI相关基因研究目的:微血管侵犯（MVI）是导致肝细胞癌（HCC）肝切除术后肿瘤早期复发的重要危险因素,与病人预后密切相关。既往的研究结果表明多种信号通路可能参与了肝细胞癌的MVI进程,但关注点大多是在基因的表达水平,且难以在术前获得。本研究中我们通过高通量测序技术,检测基因组DNA中MVI相关的突变特征,评估基因组DNA变异对MVI的影响。研究方法:研究共收集东方肝胆外科医院2013年6月至2014年12月间行肝切除治疗的180例早期肝癌病人的组织样品,通过高通量测序及分析,结合MutSigCV（Mutation Significance Covariates）方法筛选 MVI 相关的驱动基因。采用 GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和 Reactome 数据库对驱动基因进行通路富集分析。结果:通过对16例早期肝癌病人的全外显子测序（WES）数据的分析,得到133个MVI组相关的驱动基因,34个非MVI组相关的驱动基因,通路富集分析表明,细胞外基质...
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：101 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２．测序数据生物信息学基本分析流程??３、体细胞变异的检测??利用ＶａｒＳｃａｎ?ｖ２软件［４Ｇ］对比分析肿瘤组织与肿瘤旁组织ＤＮＡ的测序数据进行??
所有样品经过与人类参考基因组的比对，识别得到３７５２８和４４１０个ＲｅｃｏｄｅＳＮＰ??和ＩｎＤｅｈ经过肿瘤与肿瘤旁数据的比对，每个病人平均识别得到１４８和７５个Ｓｏｍａｔｉｃ??ＳＮＰ和ＩｎＤｅｌ。图３所示分别是ＭＶＩ组（图３Ａ）和非ＭＶＩ组（图３Ｂ）在夕卜显子区??体细胞突变的分布情况。??图３．肝癌病人全外显子测序突变分布图谱??Ａ．ＭＶＩ组的肝癌病人全外显子测序突变图谱；Ｂ．非ＭＶＩ组的肝癌病人全外显子测序突变图谱。??外圈为检测到的体细胞单核苷酸变异（ＳＮＶ），内圈为插入／缺失变异（ＩｎＤｅｌ）。??为了找出在肝细胞癌ＭＶＩ发生发展中起到关键作用的基因，我们运用ＭｕｔＳｉｇＣＶ??方法，对ＭＶＩ组和非ＭＶＩ组的Ｒｅｃｏｄｅ突变位点分别进行驱动基因分析。以ＦＤＲ值??＜０．０１为阈值筛选标准，ＭＶＩ组得到１３３个驱动基因，非ＭＶＩ组得到３４个驱动基因??（表４）。利用ＧＯ和ＫＥＧＧ数据库，我们对得到的两组驱动基因进行通路富集分析，??结果表明，无论ＧＯ或ＫＥＧＧ分析，ＭＶＩ组皆富集到细胞外基质（Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ?ｍａｔｒｉｘ，??ＥＣＭ）信号通路（图４）。图５展示了富集在ＥＣＭ通路中的主要驱动基因。??－２１?－??
图４．基于全外显子测序驱动基因的通路富集分析??Ａ．ＭＶＩ组驱动基因的通路富集分析；Ｂ．非ＭＶＩ组驱动基因的通路富集分析??ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＣＣＭ?Ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ??ＶＬＡ－ｐｃｏａｅｍｓ?ＶＩ＿Ａ－ｐｃｏ？ｕｔｓ?Ｃｙｔｏａｄｈｅａｎ??，．］、?《＊？＞＇、??ｍｍｍ?—?Ｌ?術?，一Ｌｉ?ｍｉ?－?％??一一＿?ＩＴＵＡＶ??？２?ｍｍ??－?Ｉ??ｔＨＡ？ＦＮ１?ｊ＊－??…，?￣■—＊—?ｒｏｗ?ｒ?？；ｎｎ??一?＾！?－ｋＬＬ?，??ｒ＾Ｔ￣?ｃｏｍ?Ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ??■■ｉ?■■■－??ＰＮｌ?＼??ｃｏｎａｈｎｕｔａｏｄ??ｖｎ，?Ｉ?Ｉ?〒??ｗｐｊ?＿＿??
本文编号：3112275
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：101 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２．测序数据生物信息学基本分析流程??３、体细胞变异的检测??利用ＶａｒＳｃａｎ?ｖ２软件［４Ｇ］对比分析肿瘤组织与肿瘤旁组织ＤＮＡ的测序数据进行??
所有样品经过与人类参考基因组的比对，识别得到３７５２８和４４１０个ＲｅｃｏｄｅＳＮＰ??和ＩｎＤｅｈ经过肿瘤与肿瘤旁数据的比对，每个病人平均识别得到１４８和７５个Ｓｏｍａｔｉｃ??ＳＮＰ和ＩｎＤｅｌ。图３所示分别是ＭＶＩ组（图３Ａ）和非ＭＶＩ组（图３Ｂ）在夕卜显子区??体细胞突变的分布情况。??图３．肝癌病人全外显子测序突变分布图谱??Ａ．ＭＶＩ组的肝癌病人全外显子测序突变图谱；Ｂ．非ＭＶＩ组的肝癌病人全外显子测序突变图谱。??外圈为检测到的体细胞单核苷酸变异（ＳＮＶ），内圈为插入／缺失变异（ＩｎＤｅｌ）。??为了找出在肝细胞癌ＭＶＩ发生发展中起到关键作用的基因，我们运用ＭｕｔＳｉｇＣＶ??方法，对ＭＶＩ组和非ＭＶＩ组的Ｒｅｃｏｄｅ突变位点分别进行驱动基因分析。以ＦＤＲ值??＜０．０１为阈值筛选标准，ＭＶＩ组得到１３３个驱动基因，非ＭＶＩ组得到３４个驱动基因??（表４）。利用ＧＯ和ＫＥＧＧ数据库，我们对得到的两组驱动基因进行通路富集分析，??结果表明，无论ＧＯ或ＫＥＧＧ分析，ＭＶＩ组皆富集到细胞外基质（Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ?ｍａｔｒｉｘ，??ＥＣＭ）信号通路（图４）。图５展示了富集在ＥＣＭ通路中的主要驱动基因。??－２１?－??
图４．基于全外显子测序驱动基因的通路富集分析??Ａ．ＭＶＩ组驱动基因的通路富集分析；Ｂ．非ＭＶＩ组驱动基因的通路富集分析??ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＣＣＭ?Ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ??ＶＬＡ－ｐｃｏａｅｍｓ?ＶＩ＿Ａ－ｐｃｏ？ｕｔｓ?Ｃｙｔｏａｄｈｅａｎ??，．］、?《＊？＞＇、??ｍｍｍ?—?Ｌ?術?，一Ｌｉ?ｍｉ?－?％??一一＿?ＩＴＵＡＶ??？２?ｍｍ??－?Ｉ??ｔＨＡ？ＦＮ１?ｊ＊－??…，?￣■—＊—?ｒｏｗ?ｒ?？；ｎｎ??一?＾！?－ｋＬＬ?，??ｒ＾Ｔ￣?ｃｏｍ?Ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ??■■ｉ?■■■－??ＰＮｌ?＼??ｃｏｎａｈｎｕｔａｏｄ??ｖｎ，?Ｉ?Ｉ?〒??ｗｐｊ?＿＿??
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