circERBB2调控核糖体DNA转录促进胆囊癌细胞增殖
发布时间：2021-04-15 10:00
目的胆囊癌是预后最差的肿瘤类型之一。研究发现环状RNA在多种恶性肿瘤中起重要作用。我们希望通过胆囊癌组织表达谱测序,了解胆囊癌发生过程中环状RNA的变化,寻找影响胆囊癌发生发展的环状RNA分子,为胆囊癌治疗提供新的靶点。方法我们收集了10对胆囊癌和癌旁组织,通过表达谱测序,检测了mRNA、miRNA、lncRNA和环状RNA的表达。通过分析差异基因发现环状RNA分子circERBB2在胆囊癌中表达量显著上升。通过siRNA和CRISPR-cas9技术敲低circERBB2,研究了circERBB2的体外体内功能。另外,我们构建了circERBB2的过表达载体进行回补实验。通过FISH实验,明确了circERBB2的亚细胞定位。通过qPCR、双荧光素酶报告基因等实验,我们研究了circERBB2对核糖体RNA转录和加工的影响。通过RNA pulldown实验,探索了circERBB2相互作用蛋白谱,从中寻找介导circERBB2功能的蛋白。通过Western blot等实验,探索了circERBB2对下游蛋白功能的影响。我们将收集的149例原发性胆囊癌标本并制成组织芯片,检测了各病人ci...
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：105 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
环状RNA在胆囊癌和癌旁组织中的表达特异性
上海交通大学医学院2016级博士学位论文41达量甚至高于其同一基因来源的mRNA。图1.不同环状RNA的表达丰度存在明显差异图1A：10对胆囊癌和癌旁组织环状RNA表达量箱型图，不同环状RNA分子的表达丰度存在巨大差异。图1B：环状RNA分子表达丰度的经验累积分布图，绝大部分环状RNA分子的表达量是非常低的。图2.环状RNA在胆囊癌和癌旁组织中的表达特异性。图2A：Venn图显示同时在肿瘤和癌旁组织中被发现的环状RNA数及仅在肿瘤或癌旁组织中发现的环状RNA数。图2B：每个病人同时在肿瘤和癌旁组织中被发现的环状RNA比例及仅在肿瘤或癌旁组织中发现的环状RNA比例。
上海交通大学医学院2016级博士学位论文42我们首先分析了环状RNA在肿瘤和癌旁组织中的表达特异性。我们发现只有29.4%的环状RNA是同时在肿瘤和癌旁组织中被检测到的，36.9%只在癌旁组织中检测到，而33.6%只在肿瘤组织中检测到（图2A），提示肿瘤和癌旁组织的环状RNA表达谱存在显著差别。由于不同个体之间环状RNA表达也存在差异，我们又分别比较了每个病人的肿瘤组织和癌旁组织的环状RNA表达谱。我们发现所有病人均只有14%-20%的环状RNA是同时在肿瘤和癌旁组织中检测到的（图2B），这些结果提示环状RNA表达谱具有高度的特异性，同时也说明肿瘤发生过程中环状RNA的表达谱发生了非常大的改变。在胆囊癌发生过程中，环状RNA的表达量总体上呈现下降趋势。胆囊癌组织中环状RNA的平均表达水平相对于癌旁组织是显著降低的（p=0.015，图3A）；同时，胆囊癌组织中检测到的反向剪接序列reads占总reads的比例也是显著降低的（p=0.019，图3B）；此外，尽管没有达到显著性水平，每个胆囊癌组织检测到的环状RNA种类数相对于癌旁组织也是减少的（5610.8±1493.4vs6397.9±1507.4，p=0.25，图3C）。这些结果均说明了在胆囊癌发生过程伴随着环状RNA总体表达水平的显著降低。图3.环状RNA在肿瘤组织中总体表达量显著下降。图3A：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织中环状RNA的平均表达量（p=0.015）；图3B：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织测序过程中检测到的反向剪接片段占总片段的比例（p=0.019）；图3C：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织中检测到的环状RNA种类数（p=0.25）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Circular RNA circ-LDLRAD3 as a biomarker in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Fan Yang,Dong-Yan Liu,Jin-Tao Guo,Nan Ge,Ping Zhu,Xiang Liu,Sheng Wang,Guo-Xin Wang,Si-Yu Sun. World Journal of Gastroenterology. 2017(47)
[2]Combined detection tumor markers for diagnosis and prognosis of gallbladder cancer[J]. Yun-Feng Wang,Fei-Ling Feng,Xu-Hong Zhao,Zhen-Xiong Ye,He-Ping Zeng,Zhen Li,Xiao-Qing Jiang,Zhi-Hai Peng. World Journal of Gastroenterology. 2014(14)
[3]Effect of histone deacetylase inhibitor on proliferation of biliary tract cancer cell lines[J]. Li-Ning Xu, Institute of Hepatobiliary Surgery of PLA General Hospital, Beijing 100853, China Xin Wang, Sheng-Quan Zou, Department of General Surgery of Tongji Hospital, Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430030, Hubei Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(16)
本文编号：3139120
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：105 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
环状RNA在胆囊癌和癌旁组织中的表达特异性
上海交通大学医学院2016级博士学位论文41达量甚至高于其同一基因来源的mRNA。图1.不同环状RNA的表达丰度存在明显差异图1A：10对胆囊癌和癌旁组织环状RNA表达量箱型图，不同环状RNA分子的表达丰度存在巨大差异。图1B：环状RNA分子表达丰度的经验累积分布图，绝大部分环状RNA分子的表达量是非常低的。图2.环状RNA在胆囊癌和癌旁组织中的表达特异性。图2A：Venn图显示同时在肿瘤和癌旁组织中被发现的环状RNA数及仅在肿瘤或癌旁组织中发现的环状RNA数。图2B：每个病人同时在肿瘤和癌旁组织中被发现的环状RNA比例及仅在肿瘤或癌旁组织中发现的环状RNA比例。
上海交通大学医学院2016级博士学位论文42我们首先分析了环状RNA在肿瘤和癌旁组织中的表达特异性。我们发现只有29.4%的环状RNA是同时在肿瘤和癌旁组织中被检测到的，36.9%只在癌旁组织中检测到，而33.6%只在肿瘤组织中检测到（图2A），提示肿瘤和癌旁组织的环状RNA表达谱存在显著差别。由于不同个体之间环状RNA表达也存在差异，我们又分别比较了每个病人的肿瘤组织和癌旁组织的环状RNA表达谱。我们发现所有病人均只有14%-20%的环状RNA是同时在肿瘤和癌旁组织中检测到的（图2B），这些结果提示环状RNA表达谱具有高度的特异性，同时也说明肿瘤发生过程中环状RNA的表达谱发生了非常大的改变。在胆囊癌发生过程中，环状RNA的表达量总体上呈现下降趋势。胆囊癌组织中环状RNA的平均表达水平相对于癌旁组织是显著降低的（p=0.015，图3A）；同时，胆囊癌组织中检测到的反向剪接序列reads占总reads的比例也是显著降低的（p=0.019，图3B）；此外，尽管没有达到显著性水平，每个胆囊癌组织检测到的环状RNA种类数相对于癌旁组织也是减少的（5610.8±1493.4vs6397.9±1507.4，p=0.25，图3C）。这些结果均说明了在胆囊癌发生过程伴随着环状RNA总体表达水平的显著降低。图3.环状RNA在肿瘤组织中总体表达量显著下降。图3A：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织中环状RNA的平均表达量（p=0.015）；图3B：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织测序过程中检测到的反向剪接片段占总片段的比例（p=0.019）；图3C：箱型图显示每个肿瘤和癌旁组织中检测到的环状RNA种类数（p=0.25）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Circular RNA circ-LDLRAD3 as a biomarker in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Fan Yang,Dong-Yan Liu,Jin-Tao Guo,Nan Ge,Ping Zhu,Xiang Liu,Sheng Wang,Guo-Xin Wang,Si-Yu Sun. World Journal of Gastroenterology. 2017(47)
[2]Combined detection tumor markers for diagnosis and prognosis of gallbladder cancer[J]. Yun-Feng Wang,Fei-Ling Feng,Xu-Hong Zhao,Zhen-Xiong Ye,He-Ping Zeng,Zhen Li,Xiao-Qing Jiang,Zhi-Hai Peng. World Journal of Gastroenterology. 2014(14)
[3]Effect of histone deacetylase inhibitor on proliferation of biliary tract cancer cell lines[J]. Li-Ning Xu, Institute of Hepatobiliary Surgery of PLA General Hospital, Beijing 100853, China Xin Wang, Sheng-Quan Zou, Department of General Surgery of Tongji Hospital, Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430030, Hubei Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(16)
本文编号：3139120
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