主要外来猪种基于SNP标记的遗传身份证构建

发布时间：2017-11-13 15:27

  本文关键词：主要外来猪种基于SNP标记的遗传身份证构建

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【摘要】：猪肉是我国居民生活中消费量最大的肉类。近年来,国内食品安全事故时有发生,特别是瘦肉精、二VA英、三聚氰胺等事件对人们的日常生活安全构成了巨大威胁。确保猪肉及其产品的质量和安全具有重大的社会现实意义,基于传统条形码和射频技术的猪肉食品安全追踪溯源技术已经得到了广泛的应用,但是存在追溯链过长、肉品分割和使用后难以进行回溯等缺点,基于全基因组的DNA追踪溯源技术则有可能弥补这些不足,发展基于基因组DNA的猪肉及其制品的安全的追溯系统成为研究追溯技术的热点。本研究主要利用纯种的杜洛克、大白、长白3个品种共1176个个体作为研究对象,对上述3个品种的全部样本进行全基因组SNP 60K芯片扫描判型。对所有数据按要求进行质控后,筛选出可以用于杜洛克品种特异位点鉴别的1165个个体及58028个SNP标记位点,并结合计算SNP位点Fst值以及主成分分析和聚类分析,筛选出37个用于鉴定杜洛克品种特异性的SNP位点,准确率达到了100%,并且在本研究之外的DLY(杜长大三元杂)和中国地方猪种中得到了验证;然后,筛选出了可以用于长白和大白的品种特异位点鉴别的984个个体和58016个位点,采用基于case-control的全基因组的关联分析的方法结合主成分分析和聚类分析,筛选出了136个用于长白、大白的品种特异性的位点,准确率达到了99.9%,也在本研究之外的DLY(杜长大三元杂)和2个中国地方猪种中得到了验证;最后,利用包含杜洛克、长白、大白3个品种的数据经过数据的质量控制,筛选出了用于个体ID标记筛选的1165个个体和58028个位点,经过杂合度、多态性、次等位基因频率等分析结合主成分分析,筛选出99个可用于个个体识别的候选SNP标记位点,个体区分的准确率达到了99.83%,并在本研究之外的杜洛克和大白群体中得到了验证,为今后使用SNP标记建立猪产品的追溯体系奠定基础。
【学位授予单位】：江西农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S828

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本文编号：1181270