中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证
发布时间：2020-12-13 21:29
奶牛酮病是中国荷斯坦奶牛种群中发病率较高、多基因控制的代谢性疾病,不仅对奶牛的身体状况造成损坏,而且会对养殖业造成一定的经济损失。由于酮病为多基因调控的低遗传力性状,本研究采用Fimpute和Beagle软件两步基因型填充法,以190头中国荷斯坦奶牛的150K基因芯片分析为参考,对NAGRP数据库中的2488头中国荷斯坦奶牛的50K基因芯片进行基因型填充。1.以奶牛患酮病或健康二元性状为表型,利用GEMMA软件的一般线性模型,对基因型填充后2678头牛的96217个标记进行了全基因组关联分析,共扫描到25个与酮病相关的显著性位点,并在这些位点周围筛选出可能与酮病相关的候选基因,包含ALDH1L2、ACAD10、AK3等基因。另外以奶牛血液中β-羟丁酸含量作为表型,采用Plink软件的多元回归模型对190头牛的120041个标记进行全基因组关联分析,共筛选到191个显著性位点,定位到了13个与酮病相关的候选基因,包括ACADM、PECR、FN1等基因。2.为了筛选出人工选择过程中酮病抗性高的奶牛相对于酮病抗性低的奶牛的正向选择信号区域与位点,本研究以患酮病牛群组作为参考组,健康牛群组作为...
【文章来源】： 白佳琛 河北工程大学
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
50K基因芯片质量控制前后各染色体标记数对比图
河北工程大学硕士学位论文263.4结果与分析3.4.1基因型数据的质量控制以二元性状为表型，采用GEMMA软件全基因组关联分析的2678头中国荷斯坦奶牛的115787个标记，经过严格的质量控制后得到2678头中国荷斯坦奶牛96271个标记的基因芯片数据，其在29条染色体上的分布如图3.1所示。以奶牛血液中β-羟丁酸浓度为表型，采用Plink软件的全基因组关联分析的190头中国荷斯坦奶牛的140668个标记，经过质量控制后得到190头中国荷斯坦奶牛120041个标记。3.4.2群体分层分布根据Plink软件结合Eigenstrat软件[91]进行主成分分析，推断该中国荷斯坦奶牛群体的遗传结构，提取前2个主成分绘制主成分散点图3-2，PC1为横坐标，PC2为纵坐标，其中红色代表健康组中国荷斯坦奶牛，蓝色代表酮病组中国荷斯坦奶牛。从PCA图结果以及Eigenstrat软件显著性P值（附表1）看出中国荷斯坦奶牛群体结构未出现显著的分层现象。图3-1基因型填充以及质量控制后基因芯片的密度图Fig.3-1Densitymapofthegenechipaftergenotypeimputationandqualitycontrol
第3章全基因组关联分析与选择信号分析27图3-22678头中国荷斯坦奶牛主成分图Fig.3-2PrincipalComponentMapof2678ChineseHolsteinCows3.4.3酮病抗性的全基因组关联分析通过R语言包qqman绘制的QQplot图3-3可以直观看出该组数据来自同一个分布。图3-32678头中国荷斯坦奶牛的QQplot图Fig.3-3QQplotplotof2678ChineseHolsteincows
【参考文献】：
期刊论文
[1]奶牛酮病的发生原因、临床症状和防治措施[J]. 李文杰. 现代畜牧科技. 2019(10)
[2]多基因风险评分与复杂性疾病风险预测和精准预防:机遇和挑战[J]. 杭栋,沈洪兵. 中华流行病学杂志. 2019 (09)
[3]奶牛酮病的病因与中西医防治[J]. 岳桂玲. 畜牧兽医科技信息. 2019(08)
[4]奶牛酮病的分析诊断和治疗[J]. 姚晓芳. 饲料博览. 2019(07)
[5]奶牛酮病的发病原因、临床症状和防治措施[J]. 王杨. 现代畜牧科技. 2019(04)
[6]三种血酮仪对奶牛酮病诊断效果的比较[J]. 刘建波,田琳琳,李兴华,白云龙,李鑫,夏成,徐闯,张洪友. 现代畜牧兽医. 2018(06)
[7]上海地区奶牛产后低钙血症及酮病发病率调查[J]. 边四辈,黄克和. 中国畜牧杂志. 2018(01)
[8]气相色谱-质谱联用测定奶牛血清中的β-羟丁酸[J]. 董春光,武守艳,杨丽华,韩文儒,赵晶晶,陈剑波,韩一超,王俊东. 中国兽医杂志. 2017(05)
[9]SNP芯片基因型填充至测序数据的策略[J]. 李乐义,邵东东,丁向东,张勤. 中国科技论文. 2016(12)
[10]Effect of agonists of the G protein- coupled receptor 109A on the ketogenesis in primary hepatocytes of bovine[J]. DU Xianghong,HUANG Yunfei,DU Yulan,HE Baoxiang. 畜牧与饲料科学. 2015(Z1)
博士论文
[1]奶牛酮病氧化应激致肝细胞凋亡的信号转导机制研究[D]. 李玉.吉林大学 2014
硕士论文
[1]利用选择信号分析方法筛选与绵羊尾型相关的基因[D]. 袁泽湖.中国农业科学院 2016
[2]奶牛酮病发病率调查及丙二醇预防酮病的效果研究[D]. 高阳.黑龙江八一农垦大学 2015
[3]家畜基因组选择信号的比较研究[D]. 罗鹏.新疆农业大学 2015
[4]奶牛酮病对急性期反应蛋白HP、SAA影响的研究[D]. 郝景锋.吉林农业大学 2013
[5]NEFA、BHBA和GLU对体外培养牛肝细胞中CPT-Ⅰ的影响[D]. 张日和.吉林大学 2009
[6]奶牛分娩前后血浆Leptin等与奶牛酮病以及繁殖性能的相关性研究[D]. 黄静.广西大学 2007
本文编号：2915201
【文章来源】： 白佳琛 河北工程大学
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
50K基因芯片质量控制前后各染色体标记数对比图
河北工程大学硕士学位论文263.4结果与分析3.4.1基因型数据的质量控制以二元性状为表型，采用GEMMA软件全基因组关联分析的2678头中国荷斯坦奶牛的115787个标记，经过严格的质量控制后得到2678头中国荷斯坦奶牛96271个标记的基因芯片数据，其在29条染色体上的分布如图3.1所示。以奶牛血液中β-羟丁酸浓度为表型，采用Plink软件的全基因组关联分析的190头中国荷斯坦奶牛的140668个标记，经过质量控制后得到190头中国荷斯坦奶牛120041个标记。3.4.2群体分层分布根据Plink软件结合Eigenstrat软件[91]进行主成分分析，推断该中国荷斯坦奶牛群体的遗传结构，提取前2个主成分绘制主成分散点图3-2，PC1为横坐标，PC2为纵坐标，其中红色代表健康组中国荷斯坦奶牛，蓝色代表酮病组中国荷斯坦奶牛。从PCA图结果以及Eigenstrat软件显著性P值（附表1）看出中国荷斯坦奶牛群体结构未出现显著的分层现象。图3-1基因型填充以及质量控制后基因芯片的密度图Fig.3-1Densitymapofthegenechipaftergenotypeimputationandqualitycontrol
第3章全基因组关联分析与选择信号分析27图3-22678头中国荷斯坦奶牛主成分图Fig.3-2PrincipalComponentMapof2678ChineseHolsteinCows3.4.3酮病抗性的全基因组关联分析通过R语言包qqman绘制的QQplot图3-3可以直观看出该组数据来自同一个分布。图3-32678头中国荷斯坦奶牛的QQplot图Fig.3-3QQplotplotof2678ChineseHolsteincows
【参考文献】：
期刊论文
[1]奶牛酮病的发生原因、临床症状和防治措施[J]. 李文杰. 现代畜牧科技. 2019(10)
[2]多基因风险评分与复杂性疾病风险预测和精准预防:机遇和挑战[J]. 杭栋,沈洪兵. 中华流行病学杂志. 2019 (09)
[3]奶牛酮病的病因与中西医防治[J]. 岳桂玲. 畜牧兽医科技信息. 2019(08)
[4]奶牛酮病的分析诊断和治疗[J]. 姚晓芳. 饲料博览. 2019(07)
[5]奶牛酮病的发病原因、临床症状和防治措施[J]. 王杨. 现代畜牧科技. 2019(04)
[6]三种血酮仪对奶牛酮病诊断效果的比较[J]. 刘建波,田琳琳,李兴华,白云龙,李鑫,夏成,徐闯,张洪友. 现代畜牧兽医. 2018(06)
[7]上海地区奶牛产后低钙血症及酮病发病率调查[J]. 边四辈,黄克和. 中国畜牧杂志. 2018(01)
[8]气相色谱-质谱联用测定奶牛血清中的β-羟丁酸[J]. 董春光,武守艳,杨丽华,韩文儒,赵晶晶,陈剑波,韩一超,王俊东. 中国兽医杂志. 2017(05)
[9]SNP芯片基因型填充至测序数据的策略[J]. 李乐义,邵东东,丁向东,张勤. 中国科技论文. 2016(12)
[10]Effect of agonists of the G protein- coupled receptor 109A on the ketogenesis in primary hepatocytes of bovine[J]. DU Xianghong,HUANG Yunfei,DU Yulan,HE Baoxiang. 畜牧与饲料科学. 2015(Z1)
博士论文
[1]奶牛酮病氧化应激致肝细胞凋亡的信号转导机制研究[D]. 李玉.吉林大学 2014
硕士论文
[1]利用选择信号分析方法筛选与绵羊尾型相关的基因[D]. 袁泽湖.中国农业科学院 2016
[2]奶牛酮病发病率调查及丙二醇预防酮病的效果研究[D]. 高阳.黑龙江八一农垦大学 2015
[3]家畜基因组选择信号的比较研究[D]. 罗鹏.新疆农业大学 2015
[4]奶牛酮病对急性期反应蛋白HP、SAA影响的研究[D]. 郝景锋.吉林农业大学 2013
[5]NEFA、BHBA和GLU对体外培养牛肝细胞中CPT-Ⅰ的影响[D]. 张日和.吉林大学 2009
[6]奶牛分娩前后血浆Leptin等与奶牛酮病以及繁殖性能的相关性研究[D]. 黄静.广西大学 2007
本文编号：2915201
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