棉花bZIP基因家族全基因组鉴定及分析

发布时间：2020-12-15 08:29

　　棉花是全球性经济作物,更是我国重要的经济作物,主要用于生产天然纤维和棉籽油,是重要的纺织工业原料,又是盐碱地先锋作物,陆地棉（Gossypium hirsutum L.）是目前我国种植最为广泛的棉种之一。由于粮棉争地问题的激化,棉花的种植地域受到了严重的影响,逐渐的向偏远的内陆高原以及盐碱地迁移,对棉花的抗逆性提出了更高的要求。因此,对棉花的抗逆相关基因进行生物信息学鉴定和基因组学分析,对解析棉花抗逆机理和培育抗逆品种具有重要参考价值。本研究以陆地棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉全基因组测序数据为基础,通过生物信息学手段,对三个棉种碱性区亮氨酸拉链（basic region-leucine zipper,bZIP）转录因子基因家族进行了基因组学的鉴定及分析,为陆地棉bZIP基因的功能研究与利用提供参考。主要研究结果如下:1.在陆地棉基因组中鉴定出151个bZIP基因,亚洲棉基因组中鉴定出85个bZIP基因,雷蒙德氏棉基因组中鉴定出86个bZIP基因使用BioEdit软件,以拟南芥（Arabidopsis thaliana）和水稻（Oryza sativa L.）的bZIP基因全长蛋白序列为查询,... 

【文章来源】：山东农业大学山东省

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

环境胁迫诱导基因的转录表达示意图（刘强等，2000）

山东农业大学硕士专业学位论文图2拟南芥和陆地棉bZIP基因系统发育分析Fig.2PhylogeneticanalysisofbZIPgeneinG.hirsutumandArabidopsisthaliana19

棉花bZIP基因家族全基因组鉴定及分析图3陆地棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉bZIP基因系统发育分析Fig.3PhylogeneticanalysisofbZIPgeneinG.hirsutum、G.arboreumandG.raimondii3.4bZIP基因结构及蛋白保守基序分析对蛋白质保守基序和基因结构的分析是研究基因进化的重要方法，本研究分别使用GSDS和MEME对三个棉种bZIP基因的蛋白保守和结构进行分析。3.4.1陆地棉bZIP基因结构及蛋白保守基序分析如图4B所示，陆地棉bZIP基因的长度、外显子数量及外显子长度变化范围较大，其中有45个基因只有1个外显子、无内含子，基因数量占陆地棉bZIP基因总数的29.8%，其中有44个基因都来自于S亚家族，1个基因Ghir_D06G003940来自于D亚家族。还有一个S亚家族的基因Ghir_A01G011110，含有1个外显子和1个内含子。大多数陆地棉bZIP基因含有4-6个外显子，数量占陆地棉bZIP基因总数的53.6%，而其中含有420


本文编号：2917981