基于TMT技术筛选牦牛和犏牛皮下脂肪及背最长肌组织间差异蛋白

发布时间：2021-01-27 07:37

　　犏牛是牦牛与黄牛杂交的种间F1代杂种,其具有明显的杂交优势,在产奶量、肉产量、体型和役用能力都很突出。而蛋白质是生命活动的执行者,其参与生命的整个过程,具有多样性和复杂性等特点。了解其肌肉生长发育及脂肪沉积相互间的差异蛋白调控关系,对牦牛和犏牛在繁殖育种工作中具有重要意义。因此,本研究利用串联质谱标签技术并结合生物信息学方法筛选牦牛和犏牛背最长肌及皮下脂肪间的差异表达蛋白,并对差异蛋白进行生物信息学分析。实验以各3头成年的母牦牛及犏牛,采集背最长肌和皮下脂肪组织,提取各组织总蛋白后利用TMT技术进行差异表达蛋白鉴定。经TMT试剂标记后进行质谱鉴定和蛋白数据库搜索及生物信息学分析。主要研究内容和结果如下:1.当0.06≥FC≥1.4,同时p-value≤0.05时,皮下脂肪中差异显著蛋白37个,背最长肌中差异显著蛋白个数113个。2.通过GO显著性分析发现,在皮下脂肪中差异蛋白富集到64个GO term中,主要集中在细胞外基质结构成分、氧化还原酶活性、纤维蛋白复合物和氧化还原过程中;在背最长肌中,差异蛋白富集在128个GO term中,主要集中在催化活性、线粒体内膜、代谢过程和ATP代谢... 

【文章来源】：西北民族大学甘肃省

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

数据信息分析流程图

17表8蛋白质鉴定总览Table8OverviewofproteinidentificationRunname二级谱图总数（Totalspectra）肽段数（Peptide）蛋白质数（Protein）run1351248395234283run2314678243312318ALL--45712.3.1肽段长度分布本次实验统计了不同长度肽段的分布情况，如图3所示（横坐标为肽段氨基酸残基数，纵坐标为该长度肽段的个数），在母牦牛和犏牛皮下脂肪组织（run1）中含有11个氨基酸残基的肽段数最多，含有32个以上氨基酸残基的肽段数较少；其次在母牦牛和母犏牛背最长肌组织（run2）是含有10个氨基酸残基的肽段数最多，含有32个以上氨基酸残基的肽段数较少。图3肽段长度范围分布图Fig3Distributionofpeptidelengthrange2.3.2母离子质量容差分布质谱测量到的母离子(一级质谱，即肽段离子)的分子量和肽段实际分子量有一定偏差，这是质谱仪的一个固有属性，也是衡量质谱性能的一项重要指标，同时也可以作为鉴定结果质量的参考。母牦牛和犏牛在皮下脂肪及背最长肌组织中蛋白肽段母离子的实测分子量和理论分子量的质量偏差分布见图4（横坐标为质量偏差，纵坐标为相应误差的母离子密度分布）。由图可以看出，皮下脂肪（run1）和背最长肌（run2）峰型主要都集中在0的附近，峰型越集中在0的附近，说明质量偏差就越小，符合实验结果的要求。

18图4母离子质量容差分布Fig4Distributionofprecursorionmasstolerance2.3.3Unique肽段数分布通过蛋白数据库比对后得到鉴定到的肽段和蛋白，将含有的肽段完全一致的蛋白，称之为同一个group的蛋白，而每一个group里独有的肽段，则称为Unique肽段，Unique肽段越多，证明鉴定到的蛋白越可靠。母牦牛和犏牛在皮下脂肪及背最长肌组织Unique肽段数分布见图5（横坐标Unique肽段的个数，纵坐标随着Unique肽段数增多时含有Unique肽段的蛋白占总蛋白的累积占比）。由图可以看出，在母牦牛和母犏牛皮下脂肪（run1）及背最长肌（run2）中，随着Unique肽段的个数的增加时，Unique肽段的蛋白占总蛋白的累积占比也在很明显的增加，所以说明当曲线增加越缓，说明Unique肽段数量越多，鉴定到的可靠蛋白更多，以此说明符合实验结果的要求。图5蛋白中的unique肽段数分布图Fig5Distributionofthenumberofuniquepeptidesintheprotein


本文编号：3002699