基于高通量测序东北林蛙微卫星标记开发与应用

发布时间：2021-04-15 06:14

　　利用高通量测序技术对东北林蛙（Rana dybowskii）转录组和基因组分别进行了Illumina Next Seq500以及Miseq测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析。转录组与基因组测序结果分别得到56668566条及6108401条原始序列（Raw Reads）片段用于后续生物信息学分析。经过一系列处理（包括去除低质量片段和去冗余过滤等）后得到56391524条及2524353条干净序列（Clean Reads）。将转录组Clean Reads数据de novo组装并去冗余后得到116655个Unigenes,分别对两个数据源的Unigenes和Clean Reads进行微卫星搜索及特征分析,并对两组数据源采用两种不同策略进行微卫星引物开发。对比两种数据源微卫星丰度及重复类型,微卫星出现频率相似（26.43%、24.38%）,其中转录组数据结果显示2mer、3mer、4mer比例较为平均,分别为32.25%、29.12%、27.91%,基因组较比3mer较少、4mer较多（28.24%、22.07%、39.00%）。两组数据显示二核苷酸优势重复单元类型... 

【文章来源】：沈阳师范大学辽宁省

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

GO注释分类结果

东北林蛙基因组 DNA 经琼脂糖凝胶电泳检测，使用 DL2000 Marker 分子量标进行比对。检测结果 DNA 条带单一，质量良好。 （3）PCR 扩增筛选微卫星引物 首先对上述 89 对引物进行初筛。以混合 DNA 池为模板，用这 89 对引物进行 SSR扩增。反应条件优化结果，退火温度在 46 ℃时能够产生最为清晰条带，且杂带少。经过琼脂糖凝胶电泳对其进行第一轮筛选，89 对引物中有 36 对引物能够扩增出单一目的片段，占全部引物对的 40.5%。其余的引物对扩增出的条带颜色较浅或部分杂带较多，目的条带不能区分开，也有部分扩增无产物或无目的条带。SSR 扩增结果总结见表 2-7。

基于高通量测序东北林蛙微卫星标记开发与应用22模板选择引物代号片段大小清晰程度MIX263380+++MIX264300+++MIX268600++MIX269500+MIX274480++对初筛选定的36对引物进行PCR产物序列检测和复眩即将有条带的PCR产物进行DNA测序，测序结果可看出13对引物扩增的位点具有微卫星重复序列（如图2-5）。图2-4PCR产物测序峰图Fig2-4PCRproductsequencingpeakdiagram将经过检验的13个SSR扩增引物做FAM荧光标记，再进行SSR等位基因分型。从中获得10个具有多态性的SSR位点（表2-8），多态性引物占比达到全部的11.2%。表明通过RNA-seq转录组数据能够对东北林蛙SSR位点进行开发。

【参考文献】：
期刊论文
[1]林蛙油提取物对过氧化氢诱导MC3T3-E1损伤的保护[J]. 兰兴成,曲晓波,罗从雷,陈锡俊,曹占鸿,王继凤,修志儒,阚默,杨擎,李娜,石晓征,韩冬,李晓华.  食品安全质量检测学报. 2019(19)
[2]基于转录组数据的齿缘刺猎蝽微卫星分子标记开发[J]. 黎东海,赵萍.  昆虫学报. 2019(06)
[3]林蛙油提升雌激素的机制研究[J]. 赵宏宇,王玉,刘新宇,宋莲莲,史顶聪,邸琳.  食品工业科技. 2019(19)
[4]DNA分子标记技术的研究与应用[J]. 陈星,高子厚.  分子植物育种. 2019(06)
[5]黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发及遗传多样性分析[J]. 荆胜利,张坤,黄小燕,张丽,黄斌.  信阳师范学院学报(自然科学版). 2018(04)
[6]牛科动物转录组微卫星变异分析[J]. 戚文华,李萍,张婉清,周材权,竭航.  基因组学与应用生物学. 2019(08)
[7]林蛙油蛋白对骨质疏松大鼠成骨分化的影响研究[J]. 李晓华,隋欣,兰兴成,杨擎,隋清淳,杨鹏,李银清,石晓征,李娜,曲晓波,俞之胤,Han Dong,Yu peng.  中药药理与临床. 2018(02)
[8]林蛙油蛋白水解产物对小鼠抗疲劳的作用及其生理机制[J]. 李志刚,王昶.  中国学校体育(高等教育). 2017(10)
[9]利用SLAF-seq技术开发带鱼（Trichiurus japonicus）微卫星标记以及跨物种扩增检测[J]. 张浩冉,梁镇邦,吴仁协,牛素芳,柯宗宇,宿帅,韦欢,王权,孙贝.  基因组学与应用生物学. 2019(02)
[10]红尾蚺和原矛头蝮基因组微卫星分布特征比较分析[J]. 聂虎,曹莎莎,赵明朗,杜林方.  四川动物. 2017(06)

博士论文
[1]黑斑侧褶蛙SSR位点分离及种群遗传结构分析[D]. 龚杰.浙江大学 2012

硕士论文
[1]基于微卫星标记的大绿臭蛙复合体系统地理学研究[D]. 李寒玉.河南师范大学 2018
[2]基于微卫星DNA和线粒体COI基因对辽宁地区东北林蛙遗传多样性的研究[D]. 吕广祺（Guangqi Lyu）.沈阳农业大学 2017
[3]基于RNA-seq技术的中华鳖分子标记开发与应用[D]. 徐建.浙江万里学院 2015
[4]林蛙属动物的系统发育关系研究及核酸指纹图谱技术在林蛙油真假鉴别中的应用[D]. 张晗思.吉林大学 2011
[5]两栖类小鲵科不同属多个体DNA指纹图谱分析及其分类问题探讨[D]. 王一虎.浙江大学 2004



本文编号：3138805