绵羊四碱基重复微卫星标记的筛选与亲子鉴定
发布时间：2021-11-19 14:33
家畜的系谱记录是选种选配以及群体遗传参数评估的重要依据。但是目前我国在绵羊育种场中往往存在系谱记录不全甚至缺失的现象,这对后续的遗传力评估、育种值预测以及选种选配方案的制定产生重要的影响,因此应用亲子鉴定技术鉴别个体身份,修正错误系谱信息有着极为重要的实践意义。微卫星分子标记因具有共显性遗传、稳定性好、多态性高等特点,已经在家畜遗传图谱构建和家系管理等研究中广泛应用。目前绵羊微卫星标记重复单元均为2碱基重复,因PCR扩增易出现影子带而使等位基因的准确读取比较困难,从而往往导致实验结果不稳定。本研究以小尾寒羊和杜泊羊为主要研究对象,拟从已有的绵羊参考基因组序列出发,筛选四碱基重复高多态性微卫星位点,同时探讨所获得的微卫星位点应用于绵羊亲子鉴定的可行性,旨在为下一步绵羊群体间遗传多样性分析、亲缘关系的鉴定和家系分析等方面奠定基础。主要研究结果如下:（1）在绵羊参考基因组中通过BLAST检索,在26条常染色体上获得138个含有四碱基重复（ATAG或CTAT）n的微卫星序列,并依据重复序列两端侧冀序列特征以及设计引物的基本条件,选取其中的53个位点设计引物。通过琼脂糖凝胶...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
绵羊血液基因组DNA提取结果
随机选取2只小尾寒羊,对合成的53对引物进行了扩增特异性和扩增效率的检测。PCR扩增产物经2.5％的琼脂糖凝胶电泳分析,将没有扩增条带、扩增条带不清晰以及有非特异性扩增条带的位点去除,本实验共获得30对扩增条带清晰、大小与预期相符的引物,部分结果见图1.2。将30个候选微卫星位点的 PCR产物进行克隆和测序,将获得的序列进行BLAST分析确定了30个位点的在绵羊染色体上的位置,重复大小范围为6-26,扩增长度范围为127-468,30个微卫星位点的序列特征分析结果见表1.5。
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化[J]. 冯丹丹,陈沫,杜小燕,陈振文. 中国比较医学杂志. 2019(07)
[2]山东省济宁青山羊群体遗传多样性分析[J]. 王可,刘昭华,曹洪防,楚惠民,崔绪奎. 山东农业科学. 2019(05)
[3]利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性[J]. 朱兰,孙利民,梁家充,兰蓉,袁跃云,洪琼花. 中国畜牧杂志. 2019(01)
[4]基于高通量测序的中华鳑鲏基因组微卫星特征分析及标记开发[J]. 熊良伟,王帅兵,封琦,王建国,岳丽佳,张娟,吴云菲,王权. 江苏农业科学. 2018(18)
[5]微卫星标记及其在动物亲缘关系鉴定中的应用[J]. 张正义,邢秀梅,胡鹏飞,刘松啸,董依萌,鞠贵春. 基因组学与应用生物学. 2018(04)
[6]番鸭微卫星标记的开发[J]. 白云,蒙国华,刘瑞芳,杜宇,闵育娜,王哲鹏. 中国家禽. 2017(15)
[7]奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 殷彬,岳书俭,俞英,曹巧巧,王中华,师科荣. 畜牧兽医学报. 2017(04)
[8]利用9个微卫星标记分析海门山羊和徐淮山羊的遗传多样性[J]. 吕晓阳,孙伟,张想想,高雯,李拥军,张争劲,胡勇,周洪,徐厚生,花卫华. 中国畜牧杂志. 2016(15)
[9]杉木荧光标记通用引物多重PCR微卫星基因分型技术的建立与应用[J]. 武星彤,文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标. 分子植物育种. 2016(07)
[10]1483例亲子鉴定STR基因座突变的分析[J]. 帅莉,汪军,景强,许彬,苏琴,李芸娟,李辉. 法医学杂志. 2014(01)
博士论文
[1]应用微卫星DNA标记对延边圈养黑熊进行亲子鉴定和遗传多样性研究[D]. 高建伟.延边大学 2012
[2]应用微卫星DNA标记进行蓝狐（Alopex lagopus）亲权鉴定和分子遗传多样性研究[D]. 白玉妍.东北林业大学 2009
[3]应用分子系统学方法对我国部分地区嗜尸性蝇类种属鉴定的研究[D]. 胡佳林.吉林大学 2008
硕士论文
[1]SNP用于新疆绵羊亲子鉴定的生物信息学方法研究[D]. 王悦.新疆大学 2018
[2]秦岭金丝猴（Rhinopithecus roxellana）基因组微卫星位点的筛选及亲子鉴定[D]. 段燕梅.西北大学 2017
[3]胡桃楸天然种群遗传多样性和遗传结构的研究[D]. 王东娜.东北林业大学 2011
[4]中国吉林省与韩国野生大豆的遗传多样性分析[D]. 朴向民.延边大学 2009
[5]不同作物间EST-SSR标记的通用性及其应用研究[D]. 姜蔚.西北农林科技大学 2009
[6]D15S128位点的STR多态性与差异甲基化联合进行亲子鉴定的研究[D]. 焦义祖.山西医科大学 2007
[7]DNA亲权鉴定在凉山半细毛羊中的应用[D]. 张寅.四川农业大学 2006
[8]凉山半细毛羊亲权鉴定及系谱构建[D]. 高爱保.四川农业大学 2004
[9]微卫星DNA在凉山半细毛羊亲子鉴定中的应用[D]. 吴继法.四川农业大学 2002
本文编号：3505244
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
绵羊血液基因组DNA提取结果
随机选取2只小尾寒羊,对合成的53对引物进行了扩增特异性和扩增效率的检测。PCR扩增产物经2.5％的琼脂糖凝胶电泳分析,将没有扩增条带、扩增条带不清晰以及有非特异性扩增条带的位点去除,本实验共获得30对扩增条带清晰、大小与预期相符的引物,部分结果见图1.2。将30个候选微卫星位点的 PCR产物进行克隆和测序,将获得的序列进行BLAST分析确定了30个位点的在绵羊染色体上的位置,重复大小范围为6-26,扩增长度范围为127-468,30个微卫星位点的序列特征分析结果见表1.5。
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化[J]. 冯丹丹,陈沫,杜小燕,陈振文. 中国比较医学杂志. 2019(07)
[2]山东省济宁青山羊群体遗传多样性分析[J]. 王可,刘昭华,曹洪防,楚惠民,崔绪奎. 山东农业科学. 2019(05)
[3]利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性[J]. 朱兰,孙利民,梁家充,兰蓉,袁跃云,洪琼花. 中国畜牧杂志. 2019(01)
[4]基于高通量测序的中华鳑鲏基因组微卫星特征分析及标记开发[J]. 熊良伟,王帅兵,封琦,王建国,岳丽佳,张娟,吴云菲,王权. 江苏农业科学. 2018(18)
[5]微卫星标记及其在动物亲缘关系鉴定中的应用[J]. 张正义,邢秀梅,胡鹏飞,刘松啸,董依萌,鞠贵春. 基因组学与应用生物学. 2018(04)
[6]番鸭微卫星标记的开发[J]. 白云,蒙国华,刘瑞芳,杜宇,闵育娜,王哲鹏. 中国家禽. 2017(15)
[7]奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 殷彬,岳书俭,俞英,曹巧巧,王中华,师科荣. 畜牧兽医学报. 2017(04)
[8]利用9个微卫星标记分析海门山羊和徐淮山羊的遗传多样性[J]. 吕晓阳,孙伟,张想想,高雯,李拥军,张争劲,胡勇,周洪,徐厚生,花卫华. 中国畜牧杂志. 2016(15)
[9]杉木荧光标记通用引物多重PCR微卫星基因分型技术的建立与应用[J]. 武星彤,文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标. 分子植物育种. 2016(07)
[10]1483例亲子鉴定STR基因座突变的分析[J]. 帅莉,汪军,景强,许彬,苏琴,李芸娟,李辉. 法医学杂志. 2014(01)
博士论文
[1]应用微卫星DNA标记对延边圈养黑熊进行亲子鉴定和遗传多样性研究[D]. 高建伟.延边大学 2012
[2]应用微卫星DNA标记进行蓝狐（Alopex lagopus）亲权鉴定和分子遗传多样性研究[D]. 白玉妍.东北林业大学 2009
[3]应用分子系统学方法对我国部分地区嗜尸性蝇类种属鉴定的研究[D]. 胡佳林.吉林大学 2008
硕士论文
[1]SNP用于新疆绵羊亲子鉴定的生物信息学方法研究[D]. 王悦.新疆大学 2018
[2]秦岭金丝猴（Rhinopithecus roxellana）基因组微卫星位点的筛选及亲子鉴定[D]. 段燕梅.西北大学 2017
[3]胡桃楸天然种群遗传多样性和遗传结构的研究[D]. 王东娜.东北林业大学 2011
[4]中国吉林省与韩国野生大豆的遗传多样性分析[D]. 朴向民.延边大学 2009
[5]不同作物间EST-SSR标记的通用性及其应用研究[D]. 姜蔚.西北农林科技大学 2009
[6]D15S128位点的STR多态性与差异甲基化联合进行亲子鉴定的研究[D]. 焦义祖.山西医科大学 2007
[7]DNA亲权鉴定在凉山半细毛羊中的应用[D]. 张寅.四川农业大学 2006
[8]凉山半细毛羊亲权鉴定及系谱构建[D]. 高爱保.四川农业大学 2004
[9]微卫星DNA在凉山半细毛羊亲子鉴定中的应用[D]. 吴继法.四川农业大学 2002
本文编号：3505244
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