棉花多组学数据的收集分析与数据库的构建及应用

发布时间：2022-05-08 18:39

　　棉花作为世界上重要的经济作物之一,在农业与纺织业等国民基础产业中都占有重要的地位。自2012年起,各棉种基因组相继组装完成,棉花的各组学的研究也日趋火热,公共平台数据库中棉花测序原始数据也逐渐增多。本研究通过对这些不同棉花组学数据的收集及有效的整理分析,建立了一个完善的多组学在线数据库,方便用户查询与可视化这些分析过后的结果,有助于棉花育种、棉花分子生物学及生物信息学的研究。取得的主要结果如下:（1）本研究对不同棉种的基因组的最新版本进行了收集与补充注释。通过比对至多个数据库,重新预测了基因的KEGG、GO、蛋白注释、同源基因等多种信息。同时,收集了棉花多个机构开发的SSR引物信息,去除冗余之后结合最新版本的海岛棉、陆地棉基因组开发出一套覆盖全基因组的6万余对的基因组SSR引物信息;结合海岛棉及陆地棉基因组之间差异,发掘出1358773个InDel位点,基于这些位点设计出了一套高密度覆盖海陆基因组的InDel引物。（2）本研究以公共数据的棉花多组学数据为基础,结合课题组自有的一部分数据,共收集分析了1180份重测序、314份常规转录组数据和384份表观组数据。结合重测序数据在陆地棉、海... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
本文所用主要缩略词
第一章 文献综述
    1.1 基因组测序发展
    1.2 多组学数据分析策略
        1.2.1 重测序数据研究
        1.2.2 转录组测序数据研究
        1.2.3 表观组测序数据研究
    1.3 多组学测序在植物中的应用
    1.4 生物信息学数据库
        1.4.1 组学数据的积累与存放
        1.4.2 二级数据库
    1.5 研究的目的与意义
第二章 多组学数据的收集、分析与数据库的构建
    2.1 研究背景
    2.2 材料和方法
        2.2.1 棉花多组学数据的收集与整理
        2.2.2 基因组注释
        2.2.3 原始数据质控
        2.2.4 重测序数据分析
        2.2.5 转录组数据分析
        2.2.6 表观组数据分析
        2.2.7 引物数据的收集与分析
        2.2.8 数据库的构建
    2.3 组学数据分析结果
        2.3.1 原始数据统计
        2.3.2 基因组注释结果分析
        2.3.3 变异的鉴定与注释
        2.3.4 群体结构分析
        2.3.5 转录组数据定量分析与共表达网络构建
        2.3.6 表观组学的数据整理
        2.3.7 全基因组引物开发
        2.3.8 不同机构的参考基因组及标准系重测序数据的差异
    2.4 棉花多组学数据库的构建及应用
        2.4.1 基因组注释模块
        2.4.2 变异查询模块
        2.4.3 基因表达模块
        2.4.4 多组学数据浏览器
        2.4.5 其他在线工具
    2.5 讨论
    2.6 本章小结
第三章 总结与展望
    3.1 结论
    3.2 展望
参考文献
附录
致谢


【参考文献】：
硕士论文
[1]非生物胁迫下棉花植物同源结构域（PHD）转录因子的研究[D]. 杨雷.石河子大学 2013
[2]转录因子OSPHD1的过表达提高水稻耐逆性的研究[D]. 刘雨.安徽农业大学 2010



本文编号：3652171