基于高通量数据的稻瘟菌sRNA对水稻的跨物种调控研究

发布时间：2022-10-15 15:00

　　近年来研究表明,真菌小分子RNA（sRNA）可以跨界调控宿主植物使其致病。稻瘟病的致病因子——稻瘟菌（Magnaporthe oryzae）可通过附着孢贴附于水稻表面,产生入侵丝侵入到水稻组织内从而引起疾病。然而,在目前已有的对于稻瘟菌致病性的研究中,人们对于稻瘟菌如何跨界调控水稻仍是了解甚少。因此,研究稻瘟菌在侵染过程中通过sRNA对水稻的跨物种调控作用,对于控制水稻病害和提高水稻产量具有重要的理论意义和实践价值。本文基于稻瘟菌sRNA以及侵染后稻瘟菌—水稻的混合sRNA两种高通量数据,应用多种机器学习算法分别构建了基于单算法多数据集的预测模型和基于多算法多数据集的融合模型,分析了稻瘟菌sRNA在侵染后相较于侵染前的差异表达情况,发现有366种稻瘟菌sRNA的表达水平在侵染后明显上调。针对差异表达sRNA的靶基因进行功能富集分析,得到与水稻生长以及防御反应相关的九个生物学过程和一个KEGG通路,这些功能对应于十三个水稻基因。通过数据分析,本文共挖掘出十四个靶向这些水稻基因、影响水稻生长和防御从而致病的稻瘟菌sRNA,并在稻瘟菌sRNA的相关数据库中验证了它们的真实性,即这十四种稻瘟菌... 

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

miRNA形成过程示意图

去接头处理后长度分布示意图

mapping匹配流程图

【参考文献】：
期刊论文
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[3]酸碱度对稻瘟病菌BAS4过表达菌株耐受性的影响[J]. 王长秘,王春梅,王云锋,刘林,刘艳琴,李成云,杨静.  南方农业学报. 2017(10)
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本文编号：3691517