基于高通量测序分析不同品种水牛生乳中细菌多样性

发布时间：2024-05-18 20:55

　　目的利用16S rRNA高通量测序研究广西水牛研究所3品种水牛生鲜乳中的细菌多样性。方法提取当天采集的水牛生乳样本细菌总DNA、PCR扩增细菌的16SrDNA、纯化PCR扩增目的片断,将PCR产物与pMD18-T载体连接,构建其菌群的16S rDNA文库。用Miseq对其16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序以及基于局部比对算法的搜索工具(basic local alignment search tool, BLAST)比对。结果 3品种27个样本共获得1223个光转化单元(optical transform unit, OTUs),三品杂水牛乳、摩拉水牛乳、尼里-拉菲水牛乳独有的OTU分别为295、41和42,共有OTU为511。物种组成与丰度差异显示:3品种优势菌门为:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。优势菌属为:金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseusomonas)。样本层级聚类显示:...

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【部分图文】：

图1样本序有效列长度分布

随机抽取一定数量的样本序列,统计这些序列对应样本的Alpha多样性指数,以抽取的序列数据量为横坐标,以Alpha为纵坐标,绘制稀释性曲线(rarefactioncurve),根据曲线是否达到平缓来判断测序数据量是否足够[8]。稀释性曲线主要反映测序深度,并间接反映出样本中物种的....

图2样本OTU分布韦恩图

图1样本序有效列长度分布3.2物种组成与丰度差异分析

图3Sobs指数稀释性曲线

以样本OTU的物种分类结果为依据,按菌落柱形图在属的分类水平,以相对丰度≥0.1%为阈值,对3品种水牛乳的细菌种类和丰度进行统计,横坐标为样本,纵坐标为菌群丰度,不同颜色代表不同的物种,柱子的长短代表该物种所占比例大小[10]。由图5可知,27个样本共检测到19个细菌属,剩余相对....

图4香农指数稀释性曲线

图3Sobs指数稀释性曲线图5样本基于属水平的群落分布

本文编号：3977335