中国部分地区埃可病毒30型分离株VP1区基因序列的特征分析

发布时间：2020-11-06 04:38

　　 目的研究中国部分地区埃可病毒30型(Echovirus 30,Echo30)分离株的基因特征和遗传进化规律。方法利用Mega6.0软件对Gen Bank核苷酸数据库收录的分离于中国10个地区的Echo30分离株全长VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸的同源性,计算核苷酸分子进化速率。结果纳入中国10个地区E-cho30分离株合计361株,分析结果显示中国10个地区地区Echo30流行毒株潜在的优势基因型为D。收录中国10个地区Echo30分离株间核苷酸和氨基酸差异性为7.8%～26.1%和1.2%～9.1%,与其他基因型分离株间核苷酸和氨基酸差异性为17.3%～28.5%和5.3%～9.5%。基因型D分离株核苷酸进化速率为5×10-3/(位点/年)。结论 Gen Bank数据库收录的中国地区Echo30分离株以基因型D为主,各亚型间毒株序列核苷酸差异性较小,亲缘性较近。
【部分图文】：

现代预防医学2019年第46卷第4期ModernPreventiveMedicine,2019,Vol.46,NO.4基因型分子进化速率R2值F值P值一元线性方程D15×10-30.3549.580.003y=0.005x+0.068D25×10-30.679192.48＜0.001y=0.005x+0.012D35×10-30.808138.44＜0.001y=0.005x+0.021D45×10-30.744299.31＜0.001y=0.005x+0.013图2中国10个地区CVB5分离毒株氨基酸主要位点突变情况3讨论Echo30易感染免疫力较低的儿童，在小年龄群易引起病毒性脑膜炎和手足口病等严重疾病暴发。该病毒除在人群中引起显性感染外，还可在健康人群中出现无明显症状的隐性感染，故更易成为传染源造成疾病传播流行[2,9]。本文通过检索GenBank核苷酸数据收录的中国部分地区Echo30分离株全长VP1区序列，参照文献报道的肠道病毒分子流行病学研究方法，对收录的毒株构建系统进化树，分析核苷酸分子进化速率，阐述Echo30分离株遗传进化规律，为我国病毒性脑膜炎和手足口病等肠道病毒病例监测提供实验科学依据。基于肠道病毒VP1区进行基因分型已广泛应用，本文参照文献研究方法对纳入的Echo30分离株进行分子流行病学分析，将361株分离毒株划分为基因型A、B、C、D和E，同源性分析显示各基因型间核苷酸差异性符合肠道病毒VP1区基因分型标准，各型别间核苷酸序列差异性大于15%[10-11]。本文中2株基因型E（AFP06-90和AFP06-87J1）为Chen等人于2006年从急性迟缓性麻痹患者血样中分离获取，将其归为新基因型[12]。本文结果显示Echo30分离株基因型E与其余基因型别核苷酸差异性为22.8%～26.4%，差异性大于15%。本文合计获取Echo30基因型D分离株359株，占收录分离毒株总数的99.5%，基因型D各亚型间核苷酸和氨基酸差异性为7.8%～11.4%和1.2%～1.7%，基因亚型D4自2010
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本文编号：2872661