弓形虫毒力效应因子ROP18竞争性抑制剂的筛选及亲和活性分析

发布时间：2022-01-11 05:23

　　目的采用药物靶标虚拟筛选技术筛选靶向弓形虫毒性因子ROP18的小分子竞争性抑制剂,并对中靶小分子进行活性分析。方法通过MOE软件的Structure Prepare完成ROP18三维晶体结构的结构准备;以ATP结合口袋作为筛选起点,分别参考EHT药效团注释及构建方法,以及TypeⅠ激酶抑制剂药效团特征构建靶向天然配体口袋的药效团;通过Pharmacophore Search导入包含202 919个化合物优势构象的SPECS数据库,通过EHT药效团注释方法进行小分子相似性筛选;筛选的小分子经分子对接和打分函数排序后,对排名前100的分子构象进行SAR分析。结果构建的药效团模型具有4个典型的TypeⅠ激酶抑制剂特征,保证了筛选的多样性和互作特异性;在SPECS数据库中共计通过了1 314个符合该模型的小分子,最终选取了25种活性较高的小分子。这些小分子具有2种母环核心Scaffold骨架聚类,分别命名为ScaffoldⅠ类及ScaffoldⅡ类。另有13种Scaffold各异的化合物类型。结论成功构建了靶向ROP18的ATP-结合口袋的药效团模型,筛选得到25种代表性小分子,形成2种Sca... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019,14(03)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 材料
        1.1 晶体结构
        1.2 软件
        1.3 小分子化合物数据库
    2 方法
        2.1 蛋白结构预处理及分析
        2.2 Pharmacophore模型构建
        2.3 药效团在SPECS数据库中的虚拟筛选
        2.4 分子对接
        2.5 SAR分析
结 果
    1 针对ROP18的药效团模型
    2 SPECS数据库内的药效团虚拟筛选结果
    3 中靶化合物的SAR分析结果
    4 ScaffoldⅠ类小分子的互作模式示例及R-group分析
    5 Scaffold Ⅱ类小分子的互作模式示例及R-group分析
讨 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]靶向弓形虫毒力决定因子Rop18激酶抑制剂的虚拟筛选[J]. 尹昆,寇景轩,王利磊,魏庆宽,赵桂华,黄炳成,徐超,李琛琛,朱嵩,闫歌.  中国病原生物学杂志. 2015(06)
[2]弓形虫棒状体分泌毒性因子-假激酶的研究进展[J]. 赵桂华,郝万东,尹昆.  中国人兽共患病学报. 2014(08)



本文编号：3582175