AIDS患者ART期间发TB-IRIS的转录组研究

发布时间：2017-10-14 10:16

  本文关键词：AIDS患者ART期间发TB-IRIS的转录组研究

  更多相关文章： 结核相关免疫重建炎性反应综合征 抗逆转录病毒治疗 全转录组测序 显著差异表达基因 预警因子

【摘要】：目的:本研究旨在通过全转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-se q)在全基因表达谱范围内寻找所有和TB-IRIS(Tuberculosis-associated I mmune Reconstitution Inflammatory Syndrome,TB-IRIS)发生相关宿主因子或标志物,探寻其预警指标,协助疾病早期诊断,为有效降低TB-I RIS发病率和病死率、提高患者生活质量提供帮助。方法:纳入4例单纯艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)患者(H组),6例AIDS合并肺结核(Tuberculosis,TB)未发生IRIS患者(HT组),6例AIDS合并TB发生IRIS患者(HTI组),分别收集各组抗逆转录病毒治疗前(Antiretroviral Therapy,ART)和ART 2周时外周血,分离外周血单个核细胞(Peripheral Blood Mononuclear Cell,PBMC),构建c DNA文库,采用RNA-seq技术,分别检测各组患者两个时间点的全转录组表达水平,通过分析比较筛选出各组内ART前后以及HTI组相对于HT组ART前后显著差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),然后应用生物信息学方法进行富集分析(Target Mine通路富集分析)进一步筛选出具有生物学意义的DEGs及相关信号通路。应用实时荧光定量PCR(q-PCR)对测序结果进行验证,最终确定与TB-IRIS发生可能相关的预警基因。结果:(1)ART前HTI组CD4+T细胞水平显著低于H及HT组(p=0.010),HI V-RNA血浆病毒载量水平显著高于H及HT组(p=0.023)。ART后HTI组CD4+T细胞数目一定程度恢复且HIV病毒载量显著减少(平均减少到原来的1%),但HIV-RNA病毒载量水平仍显著高于H及HT组。(2)ART前HTI组与HT组共392个DEGs(197个上调,195个下调)(p0.01,FDR0.05),其中38个显著富集于通用转录途径(Generic T ranscription Pathway)(P=1.11e-6)。(3)各组内ART后相对ART前,HT组共有36个DEGs(28个上调,8个下调),HTI组共有74个DEGs(50个上调,24个下调),H组未发现DEGs。通路分析显示HTI组74个DEGs显著富集于干扰素α/β信号通路(p=1.35e-7)及细胞因子相关通路。(4)ART后HTI组相对于HT组共88个DEGs(81个上调,7个下调)。通路富集分析显示这些基因显著富集于细胞周期相关通路。结论:(1)ART前低CD4+T细胞数目和高HIV-RNA病毒载量可能与TB-IRI S的发生相关。(2)TB-IRIS的发生可能与干扰素α/β信号通路、细胞因子相关通路、细胞周期通路有关。(3)初步明确了TB-IRIS显著差异基因表达谱,且RNA-seq技术可以作为预测TB-IRIS的方法。
【关键词】：结核相关免疫重建炎性反应综合征 抗逆转录病毒治疗 全转录组测序 显著差异表达基因 预警因子
【学位授予单位】：南华大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.91
【目录】：

• 摘要6-8
• Abstract8-11
• 主要英文缩略语索引 （ABBREVIATIONS）11-13
• 第1章 前言13-17
• 第2章 材料与方法17-27
• 2.1 试剂和仪器17-18
• 2.1.1 主要试剂17
• 2.1.2 主要仪器设备17-18
• 2.2 研究对象18-19
• 2.3 研究方法19-25
• 2.3.1 技术路线19-20
• 2.3.2 PBMC的分离20
• 2.3.3 Trizol法提取细胞总RNA20-21
• 2.3.4 检测总RNA纯度及完整性21
• 2.3.5 RNA-seq测序文库制备21
• 2.3.6 测序21
• 2.3.7 原始测序数据的处理21-22
• 2.3.8 基因表达量计算与DEGs筛选22-23
• 2.3.9 差异表达基因的富集分析23
• 2.3.10 相关性分析23
• 2.3.11 qPCR验证23-25
• 2.4 数据分析25-27
• 第3章 结果27-37
• 3.1 临床资料27
• 3.2 测序PCA主成分分析27-29
• 3.3 ART前HTI组间显著差异表达基因29-32
• 3.4 各组内显著差异表达基因32
• 3.5 ART后HTI组间显著差异表达基因32-37
• 第4章 讨论37-41
• 第5章 结论41-43
• 参考文献43-49
• 附录 (综述)49-63
• 参考文献55-63
• 作者攻读学位期间的科研成果63-65
• 致谢65

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 吴还梅;孙俊;孟哲峰;张晓燕;徐建青;;HIV-1感染上调细胞系中泛素样蛋白ISG15表达[J];病毒学报;2013年05期

2 刘姣;吕冰;颜艳;;中国结核分枝杆菌/艾滋病病毒双重感染率分析[J];中华流行病学杂志;2013年01期

3 胡毅文;袁静;杨桂林;王辉;刘艳;周伯平;骆子义;张培泽;叶涛生;;HAART联合白介素-Ⅱ促进AIDS免疫重建的研究[J];中国艾滋病性病;2005年06期

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本文编号：1030497