新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC流行毒株gag基因变异特性

发布时间：2018-02-09 07:09

  本文关键词： HIV- 基因 gag 聚合酶链反应 变异　出处：《中华疾病控制杂志》2015年12期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)感染者中流行的CRF07_BC亚型毒株gag基因的遗传变异特性。方法对75例HIV-1感染者分别于间隔6个月的两个时间点采集标本。抽提标本RNA反转录后用巢式聚合酶链反应扩增gag基因片段,将得到的2次序列进行亚型、同源性、基因离散率和选择压力分析。结果进化树上同一样本的2次序列聚集成一个小分枝,有15大簇分枝的共同特征是每枝上的几个毒株来源的新疆下属地区相同且同源相似性在94.2%~99.4%之间,具有这种特征的标本超过全部标本量的半数;与首次采样的序列相比,6个月后的样本序列组内基因离散率、与标准株间的组间基因离散率均呈现出增加的趋势;基因选择压力分析表明新疆地区的HIV-1毒株正受到正向选择压力。结论进化树上每簇分枝上的几个样本来源的地区相同和序列高度同源提示每簇上的几例标本很有可能是由同一株亲本毒株进化而来的;基因离散率随流行时间的增长而增加和基因选择压力分析结果均表明HIV-1毒株发生着连续的定向突变。
[Abstract]:Objective to analyze the genetic variation characteristics of gag gene of CRF07_BC subtype 1 in human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infected people in Xinjiang. Methods 75 cases of HIV-1 infected with HIV were collected at two time intervals of 6 months. RNA reverse transcription was used to amplify the gag gene fragment by nested polymerase chain reaction (NPCR). The subtype, homology, gene dispersion rate and selection pressure were analyzed. Results the second order sequences of the same sample in the evolutionary tree were clustered into a small branch. The common characteristic of 15 clusters of branches is the same and homologous similarity of 94.2% and 99.4% in the subordinate regions of Xinjiang from several strains on each branch, and more than half of the total samples have this characteristic. Compared with the first sampling sequence, the gene dispersion rate in the sample group after 6 months and the intergroup gene dispersion rate among the standard plants showed an increasing trend. Genetic selection pressure analysis showed that the HIV-1 strains in Xinjiang were under positive selection pressure. Conclusion the same region and high homology of several samples on each branch of the evolutionary tree suggest that several specimens on each cluster are very positive. It may have evolved from the same parent strain; The increase of gene dispersion rate with the increase of epidemic time and the analysis of gene selection pressure showed that there were continuous directional mutations in the HIV-1 strain.
【作者单位】： 新疆维吾尔自治区人民医院传染病科;复旦大学公共卫生学院暨公共卫生安全教育部重点实验室;新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心性病/艾滋病预防控制中心;上海德西门诊部全科;新疆维吾尔自治区人民医院老年病科;
【基金】：国家自然科学基金(81373062) 乌鲁木齐市科学技术计划项目(Y121320017)
【分类号】：R512.91

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