1999-2011年浙江省麻疹病毒流行株的全基因特性研究

发布时间：2018-06-10 14:02

  本文选题：麻疹病毒 + 全基因　； 参考：《宁波大学》2013年硕士论文

【摘要】：目的： 1、了解1999-2011年浙江省麻疹病毒流行株在各个基因及其全基因层面上的核苷酸、氨基酸、糖基化位点等的变异情况和进化规律，并探讨近十年浙江省流行株与疫苗株、其他基因型毒株之间的差异。 2、推算麻疹病毒H基因组流行株N基因和H基因的进化速率和进化分歧时间，从而探讨麻疹病毒H基因组的进化特征和进化规律。 方法： 选择浙江省1999-2011年间分离的9株麻疹病毒流行株，用Vero/slam细胞进行病毒增殖，实时荧光定量RT-PCR进行病毒鉴定，RT-PCR进行病毒全基因序列扩增，用多种生物软件对获得的序列进行分析，同时与以S191为主的疫苗株、国外其他基因型流行株(D4、B3基因型)进行全基因层面的比较分析，最后利用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子钟方法对不同来源、不同年代分离的麻疹H基因组毒株的N基因和H基因序列进行系统发育学分析，计算麻疹H基因组可能的起源时间与分歧时间。 结果： 1、9株浙江省麻疹流行株的全基因组序列长度均为15894个核苷酸。与疫苗株S191相比，核苷酸差异数为595~669个，氨基酸位点差异数为135~139个。核苷酸和氨基酸的变异趋势不同，前者N基因变异程度最大(5.5%)，后者P基因的变异程度最大(7.7%)。 2、浙江省麻疹流行株N、H和F三个基因的细胞表位区分别存在14个、6个、7个氨基酸位点的改变，其他基因也有不同数量的氨基酸变异，某些氨基酸位点存在回复突变，熵值也较高，但是各位点的Ka/Ks均小1。 3、浙江省麻疹流行株共5个糖基化位点改变，，P基因和L基因上各增加了一个糖基化位点，在F基因和H基因上均减少了一个糖基化位点，L基因1712位糖基化位点在1999~2012年间不稳定。 4、近十年浙江省麻疹流行株均属于H基因组，H1基因型。除99-2流行株为H1b基因亚型外，其余年份的流行株均为H1a基因亚型，且流行株之间没有明显的时间和地域分布差异。 5、在全基因组层面上，浙江省流行株与世界各地疫苗株的遗传距离大于B3基因型流行株与世界各地疫苗株的遗传距离(t=-12.39，P0.05)，同时也大于D4基因型流行株与世界各地疫苗株的遗传距离(t=-9.76，P0.05)。 6、麻疹病毒N基因的核苷酸平均碱基替代率为8.802×10-4替代/位点/年(95%HPD:5.688×10-4~1.184×10-3)，推算麻疹A基因组和H基因组的最近共同祖先出现在1945年(95%HPD:1920~1954)，H基因组的分化时间点为1977年(95%HPD:1954~1987)，H1基因型的分化时间点为1986年(95%HPD:1980~1990)。H基因的核苷酸平均碱基替代率为6.349×10-4替代/位点/年(95%HPD:4.397×10-4~8.214×10-4)，推算麻疹A基因组和H基因组的最近共同祖先出现在1938年(95%HPD:1908~1954)，H基因组的分化时间点为1973年(95%HPD:1959~1985)，H1基因型的分化时间点为1982年(95%HPD:1973~1988)。 结论： 浙江省麻疹流行株属于H1基因型，与疫苗株S191在各个基因上均产生了较大的变异。H1基因型流行株与现行疫苗株之间的差异超过了国外优势流行株(D4、B3基因型)与疫苗株之间的差异。两者分别属于的H基因组和A基因组的最近共同祖先出现在20世纪初到20世纪中叶，H基因组在1975年左右开始分化，约10年后H1基因型也出现了分化。我国应密切注意这些变异趋势，在加强麻疹病毒分子流行病学及进化方向研究的同时，及早研究后备麻疹免疫毒株。
[Abstract]:Objective:
1, to understand the variation and evolution of the nucleotide, amino acid, glycosylation site and other genes of the measles virus epidemic strains in Zhejiang province for the last 1999-2011 years, and to explore the difference between the epidemic strains of Zhejiang province and the vaccine strains and other genotypes in the last ten years.
2, the evolution rate and evolution time of the N and H genes of the measles virus H genome are calculated and the evolutionary characteristics and evolution rules of the measles virus H genome are discussed.
Method锛

本文编号：2003470