ICU真菌血症患者临床资料分析及近平滑念珠菌导管相关性血流感染微卫星分型研究

发布时间：2020-08-19 20:52

【摘要】：目的:以天津医科大学总医院2014-2018年149例ICU科室确诊真菌血症患者为研究对象,探索多重PCR和质谱技术两种方法在酵母样真菌快速鉴定中的应用,分析病原菌分布和抗真菌药物敏感性特点。调查ICU真菌血症患者感染的危险因素,对发生率最高的近平滑念珠菌导管相关性血流感染进行微卫星分型研究,为真菌血症的早期诊断、治疗及院内感染的控制提供依据。内容:依据2008年欧洲肿瘤治疗与研究协作组(EORTC/MSG)制定的《侵袭性真菌病的诊断标准》,研究对象选取2014年1月至2018年12月天津医科大学总医院ICU科室血培养分离酵母样真菌并诊断为真菌血症患者149例。首先,比较多重PCR和MOLDI-TOF两种方法在酵母样真菌快速鉴定中的诊断效率,以通用引物扩增产物测序结果作为鉴定金标准。第二,了解五年间ICU科室真菌血症病原菌的分布变迁,以及不同菌种对氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑、5-氟胞嘧啶、两性霉素B的耐药特点。第三,2014-2018年间酵母样真菌在血培养分离致病菌中位列第三(占全部致病菌的10.63%),分析ICU真菌血症感染的临床特征、危险因素和流行病学特点。再次,回顾性统计分析发现我院ICU真菌血症分离率最高的病原菌为近平滑念珠菌,且因生物膜机制多发生导管相关性血流感染,因此选取微卫星分型方法对12株引起导管相关性血流感染的近平滑念珠菌进行基因分型。方法:(1)对于纳入研究的149株酵母样真菌,临床常规应用VITEK2 compact进行生物编码鉴定,另选取基于不同原理的快速鉴定方法:基于DNA的分型方法——多重PCR、基于蛋白质谱的分型方法——MOLDI-TOF;以通用引物扩增产物测序结果作为金标准,比较两种方法与生物编码仪器法在真菌鉴定中的准确性。(2)采用WHONET5.6软件对149株酵母样真菌的分布特点和抗真菌药物敏感性进行统计,同时应用SPSS 17.0软件对149例真菌血症的临床资料、易感因素进行Logistic多因素回归分析。(3)选取文献报道的3个分辨率较高的微卫星位点CP1、CP4、CP6,分别选用3种荧光素标记,进行实时定量PCR扩增,产物外送进行基因型分析。结果:(1)对于血培养分离的149株酵母样菌,VITEK MS鉴定正确率为97.2%且检测耗时短,明显优于VITEK2 compact。VITEK MS和多重PCR体系对常见五种念珠菌的鉴定正确率为100%;对于不常见酵母样真菌的快速鉴定,多重PCR方法特异性引物的实验条件仍需实验摸索;而VITEK MS在少见念珠菌的鉴定方面更具优势。对于无法鉴定和鉴定错误菌株,可采用通用引物PCR方法进行准确鉴定。(2)149例真菌血症以非白念为主要病原菌,念珠菌属以近平滑念珠菌复合型分离率最高(64株,43.0%),其次为白色念珠菌(24株,16.1%)、光滑念珠菌(18株,12.1%)、热带念珠菌(13株,8.7%),红酵母属(12株,8.1%)。隐球菌属共分离7株,占总数的4.7%,其中新生隐球菌3株,罗伦特隐球菌4株。149株酵母样真菌对5-氟胞嘧啶和两性霉素B的敏感性最高,只出现1株近平滑念珠菌对5-氟胞嘧啶耐药。白色念珠菌和近平滑念珠菌对唑类药物的敏感性较高,光滑念珠菌和热带念珠菌出现部分耐药株,其中18株光滑念珠菌对氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑的敏感率分别为72.2%、100%、27.8%,13株热带念珠菌对三种唑类药物的敏感率分别为53.8%、76.9%、30.8%。红酵母属对唑类药物的敏感性较低,隐球菌未出现对唑类药物耐药。(3)在ICU血流感染的念珠菌中近平滑念珠菌所占比例最大,原发感染部位以呼吸系统、消化系统为主,多部位念珠菌感染的比例达到34.7%。APACHEⅡ评分、初始治疗不充分以及感染源未控制为念珠菌血症患者死亡的独立危险因素。(4)通过R语言对三个特异性位点的微卫星分型结果进行聚类分析,12株念珠菌可分为5型,使用多种荧光标记引物对不同位点同时扩增检测,可显著提高分型效能。结论:(1)2014-2018五年间天津医科大学总医院ICU科室真菌血症病原菌分离率由高到低依次为近平滑念珠菌、白色念珠菌、光滑念珠菌、热带念珠菌和红酵母菌,近平滑念珠菌分离率最高应引起临床广泛重视,可通过后续对所有致病菌的基因分型研究明确其分子流行病学特点,积极控制其在院内的播散和流行。(2)常见念珠菌中,光滑念珠菌和热带念珠菌对唑类药物的耐药性明显高于近平滑念珠菌和白色念珠菌,红酵母菌对唑类药物的敏感性较低。(3)MOLDI-TOF质谱技术在酵母样真菌的快速鉴定中明显优于生物编码仪器法;多重PCR技术无需特殊仪器且成本低廉,更加适用于一般实验室对常见念珠菌的快速分型。(4)APACHEⅡ评分对ICU真菌血症的诊断和治疗具有重要价值,早期快速诊断真菌感染、优化抗真菌治疗方案对ICU患者存活率的增加起着关键作用。(5)微卫星分型技术是遗传多样性研究的有效工具,分型效率高,适用于临床微生物实验室调查分子流行病特点的相关研究。少见念珠菌的微卫星分型报道较少,针对不同菌种的微卫星试验体系构建及方法学标准化有待研究。
【学位授予单位】：天津医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R515.3
【图文】：

2 VITEK2 Compact 与 VITEK MS 鉴定结果比较[株数VITEK2 Compact 鉴定到种 鉴定到属 鉴定错误 鉴定到种 鉴定到 56（56/60） 0（0） 4（4/60） 60（60/60） 0（0）0（0） 0（0） 2（2/2） 2（2/2） 0（0）0（0） 0（0） 2（2/2） 0（0） 0（0） 24（24/24） 0（0） 0（0） 24（24/24） 0（0） 18（18/18） 0（0） 0（0） 18（18/18） 0（0）13（13/13） 0（0） 0（0） 13（13/13） 0（0）5（5/5） 0（0） 0（0） 5（5/5） 0（0）2（2/2） 0（0） 0（0） 2（2/2） 0（0）2（2/2） 0（0） 0（0） 2（2/2） 0（0）1（1/1） 0（0） 0（0） 0（0） 0（0）1（1/1） 0（0） 0（0） 0（0） 0（0）0（0） 9（9/9） 0（0） 9（9/9） 0（0）0（0） 3（3/3） 0（0） 3（3/3） 0（0）3（3/3） 0（0） 0（0） 3（3/3） 0（0）4（4/4） 0（0） 0（0） 4（4/4） 0（0） 129（86.6） 12（8.1） 8（5.3） 145（97.3） 0（0）

位点结果如表 4.3 所示，通过 R 语言进行聚类示。表 4.3 微卫星分型等位基因位点测定结果菌株号 CP1 CP4 CP61 243.86 394.76 303.12 243.83 394.8 302.953 240.89 364.39 303.034 243.83 394.81 303.035 243.94 394.76 303.026 243.88 370.65 303.027 243.88 370.50 303.098 243.83 370.45 303.029 243.90 394.71 303.0410 246.07 370.53 303.0711 243.82 394.82 302.9312 243.84 394.82 303.11

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本文编号：2797577