综合生物信息学分析验证miRNA诊断活动性结核
发布时间：2021-06-07 20:15
研究背景:结核病是由结核分枝杆菌感染引起的最常见的肺部流行性疾病之一,我国目前仍是全球结核负担最重的国家之一,耐药结核高发对卫生安全构成严重的威胁。目前诊断结核的手段存在特异性及敏感性不高、耗费时间长等缺点,成为早期诊断、早期治疗、根除传染源并切断传播途径的主要障碍。探索可以早期诊断且具有高度敏感性及特异性的生物标记物对阻断结核传播乃至消灭结核意义重大。miRNA作为一种进化高度保守的内源性的非编码微小RNA（microRNA,miRNA）,对基因表达的调控已经被广泛应用于多种传染病的研究。miRNA通过识别、结合靶基因mRNA的互补序列,或通过阻断mRNA的翻译,或促进其降解发挥生物学效应,成为转录后基因表达水平上的关键调节因子。单个的mRNA接受多个miRNA的调控,同时单个miRNA调控多个mRNA,并且不同miRNA之间的相互作用决定最后的生物学效应,因而呈现出复杂的基因调控网络。病原体侵入人体细胞后可以引起细胞miRNA的表达发生快速改变。活动性结核患者外周血单个核细胞（PBMC）、血清及痰液中miRNA表达,与健康人群相比存在显著差异并且已经被多个研究所证实,从而提示miR...
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１与健康供体样本相比，结核病中差异表达的ｍｉＲＮＡ和ｍＲＮＡ
运用ＧＯ功能分析、ＫＥＧＧ途径富集分析和ＤＡＶＩＤ数据库对已经识别的??ＤＥ－ｍＲＮＡｓ进行分析，富集阈值取ＥＡＳＥ得分为０．１，得到前１０位的ＤＥ－ｍＲＮＡ功能??注释和明显增加的生物学过程、通路、细胞成分和分子功能如图２Ａ所示。显著增??多的生物过程如信号转导、转录调控、白细胞迁移和血管生成以及增多的ＭＡＰＫ??信号通路、黏着斑、Ｒａｐｌ信号通路、ｃＡＭＰ和ＥｒｂＢ信号通路见于图２Ｂ。质膜和胞??质溶胶内的ＤＥ－ｍＲＮＡ编码蛋白显著增多（图２Ｃ）。显著增强的分子功能如蛋白结??合，ＡＴＰ结合，蛋白异二聚化活性，蛋白激酶活性见于图２Ｄ。??Ａ?Ｂ??＜ｎ?ｃａｎｃｖ?？?ｅｌｇｎｅｆ?ＩｍｎｅＡｘｉｎｎ?？??Ｆｏｃａｌ?ａｄｈＭｗ?〇〇〇〇＞?”〇ｕｎ＞ｏｎｏ？＞？ｎ？ｅｒｔｐ＞ｏｗ?ＰＮＡ－－＿ｎ＿＿＿ｎ＿?？?０?ＯＯＱＩＯ??Ｒａｐ１?？？？？？？?？?Ｂ?０?０００２?ｆ？ｇ？ｒｔ—ｅｎ?〇？?ｅ—?ｎ?＿??■?００００，?■?０?０００１０??？ＣＴｎｃｔ?ａｎｇｌａ｜ＢｎＭＭ＇?０００００５??ｃＭＫＰ?Ｍ〇ｎ？ｎｅ?ｐａｖ＜ｗ＾?？?ｐｏａＷ？？?ｃｓｇｕｌＭｏｎ?ａｔ?〇？■?ｍｇｒａｔｔｏｎ．??ｃ〇ｕｍ??Ａｒｔ＿ｎ＿ｌ＞：?ｔｕｍａｎｇ?Ｉｎ?？?３０?Ｍｎｃｙｔｏ?ｍｇｒａｂｏｎ．??…一ｎ？?一＾?＊?＊＞?一－一一＾?？’?＝??Ｎ＊ｎ
３．３蛋白质间相互作用（ＰＰ丨）与基因免疫通路网络构建??上传相应蛋白名称至Ｓｔｒｉｎｇｓ数据库并数据处理可以得到由６７０个节点和丨９４４??条边组成的复杂ＤＥ－ｍＲＮＡ网络见图３。应用ＭＣＯＤＥ提取了?４个具有２０个以上??节点的子网络。最大的子网络包括６１个节点和３０５个边，可以根据拓扑结构逬一??步划分为６个较小的网络。对最大的子网络的免疫进程进行了更深一步的分析，??可发现基因？免疫途径网络由１８个下调基因和７个上调基因以及２２个免疫过程组??成，具体的基因－免疫逬程连接见图４。最大的前１０个节点分别是Ｃ３ＡＲ１、ＣＣＲ７、??ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１、ＥＤＮ１、ＴＨＢＳ１、ＴＧＦＢ２、ＶＥＧＦＡ、ＥＤＮＲＢ?和?ＳＥＲＰＩＮ１。同??时可以发现，活动性结核的免疫过程显著增多，主要包括白细胞迁移、细胞趋化、??趋化因子介导的信号通路，急性期反应、ＳＭＡＤ蛋白磷酸化和进入细胞核、白细??胞介素－１２产生、巨噬细胞迁移和受体介导的内吞作用。??皇??．＇參—?嫌么??图３蛋白质－蛋白质相互作用网络和一个子网络被确定。??红点，上调基因；蓝点，下调基因。节点大小指示直接连接的通路数量的多少。??１３??
【参考文献】：
期刊论文
[1]MicroRNAs as novel predictive biomarkers and therapeutic targets in colorectal cancer[J]. Verena Stiegelbauer,Samantha Perakis,Alexander Deutsch,Hui Ling,Armin Gerger,Martin Pichler. World Journal of Gastroenterology. 2014(33)
本文编号：3217237
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１与健康供体样本相比，结核病中差异表达的ｍｉＲＮＡ和ｍＲＮＡ
运用ＧＯ功能分析、ＫＥＧＧ途径富集分析和ＤＡＶＩＤ数据库对已经识别的??ＤＥ－ｍＲＮＡｓ进行分析，富集阈值取ＥＡＳＥ得分为０．１，得到前１０位的ＤＥ－ｍＲＮＡ功能??注释和明显增加的生物学过程、通路、细胞成分和分子功能如图２Ａ所示。显著增??多的生物过程如信号转导、转录调控、白细胞迁移和血管生成以及增多的ＭＡＰＫ??信号通路、黏着斑、Ｒａｐｌ信号通路、ｃＡＭＰ和ＥｒｂＢ信号通路见于图２Ｂ。质膜和胞??质溶胶内的ＤＥ－ｍＲＮＡ编码蛋白显著增多（图２Ｃ）。显著增强的分子功能如蛋白结??合，ＡＴＰ结合，蛋白异二聚化活性，蛋白激酶活性见于图２Ｄ。??Ａ?Ｂ??＜ｎ?ｃａｎｃｖ?？?ｅｌｇｎｅｆ?ＩｍｎｅＡｘｉｎｎ?？??Ｆｏｃａｌ?ａｄｈＭｗ?〇〇〇〇＞?”〇ｕｎ＞ｏｎｏ？＞？ｎ？ｅｒｔｐ＞ｏｗ?ＰＮＡ－－＿ｎ＿＿＿ｎ＿?？?０?ＯＯＱＩＯ??Ｒａｐ１?？？？？？？?？?Ｂ?０?０００２?ｆ？ｇ？ｒｔ—ｅｎ?〇？?ｅ—?ｎ?＿??■?００００，?■?０?０００１０??？ＣＴｎｃｔ?ａｎｇｌａ｜ＢｎＭＭ＇?０００００５??ｃＭＫＰ?Ｍ〇ｎ？ｎｅ?ｐａｖ＜ｗ＾?？?ｐｏａＷ？？?ｃｓｇｕｌＭｏｎ?ａｔ?〇？■?ｍｇｒａｔｔｏｎ．??ｃ〇ｕｍ??Ａｒｔ＿ｎ＿ｌ＞：?ｔｕｍａｎｇ?Ｉｎ?？?３０?Ｍｎｃｙｔｏ?ｍｇｒａｂｏｎ．??…一ｎ？?一＾?＊?＊＞?一－一一＾?？’?＝??Ｎ＊ｎ
３．３蛋白质间相互作用（ＰＰ丨）与基因免疫通路网络构建??上传相应蛋白名称至Ｓｔｒｉｎｇｓ数据库并数据处理可以得到由６７０个节点和丨９４４??条边组成的复杂ＤＥ－ｍＲＮＡ网络见图３。应用ＭＣＯＤＥ提取了?４个具有２０个以上??节点的子网络。最大的子网络包括６１个节点和３０５个边，可以根据拓扑结构逬一??步划分为６个较小的网络。对最大的子网络的免疫进程进行了更深一步的分析，??可发现基因？免疫途径网络由１８个下调基因和７个上调基因以及２２个免疫过程组??成，具体的基因－免疫逬程连接见图４。最大的前１０个节点分别是Ｃ３ＡＲ１、ＣＣＲ７、??ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１、ＥＤＮ１、ＴＨＢＳ１、ＴＧＦＢ２、ＶＥＧＦＡ、ＥＤＮＲＢ?和?ＳＥＲＰＩＮ１。同??时可以发现，活动性结核的免疫过程显著增多，主要包括白细胞迁移、细胞趋化、??趋化因子介导的信号通路，急性期反应、ＳＭＡＤ蛋白磷酸化和进入细胞核、白细??胞介素－１２产生、巨噬细胞迁移和受体介导的内吞作用。??皇??．＇參—?嫌么??图３蛋白质－蛋白质相互作用网络和一个子网络被确定。??红点，上调基因；蓝点，下调基因。节点大小指示直接连接的通路数量的多少。??１３??
【参考文献】：
期刊论文
[1]MicroRNAs as novel predictive biomarkers and therapeutic targets in colorectal cancer[J]. Verena Stiegelbauer,Samantha Perakis,Alexander Deutsch,Hui Ling,Armin Gerger,Martin Pichler. World Journal of Gastroenterology. 2014(33)
本文编号：3217237
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