HIV病毒感染不同阶段的合并感染病原体种类分析

发布时间：2023-05-05 18:11

　　目的通过二代测序对HIV感染者血液标本进行宏基因组学分析,了解HIV感染者的微生物组,并检测在HIV病毒感染不同阶段的共感染病原体多样性的差异。方法将HIV感染者分为近期感染,长期感染,艾滋病发病期3个实验组和健康组(对照组)一同进行宏基因组测序分析,每组包括30个由血液中心和医院收集的血浆标本。在同一组中将10个样品作为1个单元混合后,提取各组的总DNA和总RNA,进行随机引物PCR、建库上机深度测序,利用Korna的方法分析宏基因组数据。并确定其中的微生物组,分析HIV不同感染阶段的合并感染病原体的差异。结果每个标本通过二代测序获得的5 GB数据,生物信息分析发现HIV长期感染患者中病原体的丰度和多样性明显高于其他3组,主要的合并感染病原体是假单胞菌属、伯克霍尔德菌属以及肠杆菌科等。HIV近期感染中具有威胁性的主要病原体包括假单胞菌属、埃希氏菌属,寡养单胞菌属、伯克霍尔德氏菌和依赖病毒属;长期感染阶段主要病原体有假单胞菌属、埃希氏菌属、沙雷氏菌属、伯克霍尔德菌属和依赖病毒属;埃希氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、寡养单胞菌属及正肝病毒属则是AIDS患者实验组中丰度较高的合并感染病原体...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 标本收集
    1.2 构建文库及测序
    1.3 数据分析
2 结果
    2.1 高通量测序结果
    2.2 病原体的序列分析
    2.3 主成分分析
3 讨论



本文编号：3808136