ITS测序分析方法在鉴定临床酵母样真菌中的应用

发布时间：2017-10-09 08:31

  本文关键词：ITS测序分析方法在鉴定临床酵母样真菌中的应用

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【摘要】：目的：本课题旨在建立适用于本实验室的临床常见酵母样真菌的ITS基因检测方法,通过与质谱法、API体系和念珠菌显色平板培养法相比,评价其临床应用价值。同时,初步探讨ITS基因测序法直接检测临床标本的应用前景。方法：首先,设计一对针对多种常见酵母样真菌ITS基因的通用引物,要求扩增的目的片段长度约400—600bp,片段的核酸序列具有种间多样性,能到达通过测序来区分不同种酵母样真菌的目的,并以16标准菌株对引物进行测试。其次,收集135株临床的分离阳性菌株,同时用质谱法、API体系和念珠菌显色平板培养法方法进行检测,比较各种鉴定方法的准确率和灵敏度。最后,收集20份经实验室常规鉴定的阳性临床标本,再用ITS基因测序法直接进行鉴定,评价测序分析法直接检测临床样本的鉴定效果。结果：设计的ITS基因扩增引物成功扩增与鉴定出所有的标准菌株。对135株临床分离的阳性菌株的鉴定中,ITS测序、质谱法、API体系和念珠菌显色平板培养法方法阳性率分别为98.5%(133/135),78.5%(106/135),59.3%(80/135),经χ2检验分析,差异有统计学意义(χ2=51.996,P0.05)。其中有1株MS未能鉴定的菌,经ITS基因扩增测序后,鉴定为皮炎外瓶霉菌。运用ITS测序方法还成功从20份原始标本中鉴定出致病酵母菌,与其他方法的检测结果一致。结论：ITS序列分析方法能快速、准确地鉴定多种临床酵母样真菌。该方法在不经培养,直接从原始标本中进行检测及鉴定的方向上也有重要的应用前景,是一种可促进临床快速诊断致病真菌感染的方法。
【关键词】：真菌 分子鉴定 ITS 测序
【学位授予单位】：广州中医药大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R519;R440
【目录】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-8
• 引言8-13
• 第一部分 酵母样真菌鉴定中ITS序列分析方法的应用评价13-20
• 1.1 材料和方法13-17
• 1.1.1 实验标准菌株13
• 1.1.2 主要试剂和仪器13-14
• 1.1.3 方法14-17
• 2.1 结果17-18
• 2.1.1 PCR扩增结果17
• 2.1.2 ITS测序结果17-18
• 3.1 讨论18-20
• 第二部分 ITS,MS及传统方法在酵母样真菌临床检测效果的比较20-28
• 1.1 材料与方法20-22
• 1.1.1 实验菌株20
• 1.1.2 试剂20
• 1.1.3 方法20-22
• 2.1 实验结果22-26
• 2.1.1 菌株复苏情况22
• 2.1.2 显色培养基鉴定结果22-23
• 2.1.3 VITEK MS鉴定结果23
• 2.1.4 测序结果23-25
• 2.1.5 结果比较25-26
• 3.1 讨论26-28
• 第三部分 应用ITS序列分析法直接检测临床标本的酵母样真菌的效果评价28-34
• 1.1 材料与方法28-31
• 1.1.1 标本来源28
• 1.1.2 主要试剂28
• 1.1.3 临床常规真菌鉴定28-30
• 1.1.4 ITS基因序列分析测定30-31
• 2.1 结果31-33
• 3.1 讨论33-34
• 结语34-36
• 参考文献36-40
• 附录40-49
• 附录140-41
• 附录241-49
• 参考文献45-49
• 在校期间发表论文情况49-50
• 致谢50

【参考文献】

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1 郑冰;应春妹;汪雅萍;叶杨芹;张灏e，

本文编号：999178