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IBDV-DDK病毒株的全基因组测定和序列分析

发布时间:2017-12-21 06:27

  本文关键词:IBDV-DDK病毒株的全基因组测定和序列分析 出处:《福建农林大学》2016年硕士论文 论文类型:学位论文


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【摘要】:鸡传染性法氏囊病(Infectious Bursal Disease, IBD)是由传染性法氏囊病病母(Infectious Bursal Disease Virus, IBDV)引起的一种急性、高度接触性传染病。自超强毒株(vvIBDV)出现后,致病力显著加强。vvIBDV不仅能够突破母源抗体保护,感染3-6周龄雏鸡,还能够躲避多数疫苗株产生的抗体保护。IBDV-MB株为国外常用的中等偏强毒力疫苗株,其特征性氨基酸位点与vvIBDV保持基本一致,仅有个别氨基酸突变,因而在临床上能够较为有效防控vvIBDV,该疫苗株从九十年代起就有在国内临床应用研究和使用的报道。本试验通过对IBDV-DDK病毒株的全基因组序列进行测定,并对其核苷酸序列进行同源性分析,明确了该病毒株的遗传进化地位,有助于了解该毒株的变异情况及其与IBDV疫苗株之间的差异,以探求其分子流行特征和变异规律,为今后控制IBDV的流行和科学研究提供一定的参考依据。根据GenBank公布的IBDV毒株全基因组序列,设计出四对引物用于IBDV-DDK病毒株全基因组序列扩增。通过RT-PCR技术分段扩增出DDK病毒株的核苷酸序列,分别连接到pGEM-T Easy载体上,转化DH5α感受态细胞,挑取单克隆菌落,提取质粒并进行PCR、酶切和测序鉴定,然后进行核苷酸同源性和遗传进化关系分析。结果表明,各个基因片段的重组质粒构建成功,核苷酸序列分析表明,IBDV-DDK病毒株A节段大小为3257 bp,含有两个开放阅读框(ORF),大阅读框编码多聚蛋白VPx,小阅读框编码VP5蛋白;B节段大小为2823 bp,含有一个ORF,编码VPl蛋白。通过与本研究所选参考毒株核苷酸的同源性比对分析,DDK病毒株A节段与参考毒株的核苷酸同源性范围在83.4%-98.3%,其中与MB毒株同源性为98.3%,与血清Ⅱ型23/82和OH毒株同源性为83.4%;B节段核苷酸同源性范围在88.9%-98.7%,其中与MB毒株同源性为98.7%,与E毒株同源性为88.9%。遗传进化树分析表明,DDK病毒株A、B节段均与MB、UK661等毒株亲缘关系相对较近。将DDK病毒株与强弱毒株氨基酸序列进行比对分析表明,DDK病毒株VPx中第222位特征性氨基酸是T,而其他vvIBDV的该位点均为A,中等偏强毒力疫苗MB株和2512株的该位点分别为A和P,常见弱毒疫苗株的该位点为P,且该位点对于IBDV致病性有重要影响,其余特征性氨基酸与vvIBDV基本保持一致;B节段相对于A节段比较保守,IBDV-DDK病毒株的VP1蛋白中第4位保守性氨基酸位点为I,中等偏强毒力疫苗MB株、2512株和常见弱毒疫苗株的该位点均为I,vvIBDV的该位点均为V。结果表明,IBDV-DDK病毒株与MB等中强毒力疫苗株在分子特征上有一定关系。
【学位授予单位】:福建农林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2016
【分类号】:S852.65

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本文编号:1315069


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