宁夏野鸟携带病毒宏基因组分析
本文关键词：宁夏野鸟携带病毒宏基因组分析 出处：《东北农业大学》2016年硕士论文 论文类型：学位论文
【摘要】：新发和再发性传染病始终威胁着动物和人类的健康,发现并鉴定新病原是预防传染病大范围传播的关键。野鸟是许多重要的致病性病毒的自然宿主,并且能将这些病毒传播给人和其他动物而引起发病。宁夏作为中亚野鸟迁徙路线的重要节点,拥有大片湿地,是野鸟繁殖和迁徙的停歇地之一,大批野鸟在这里聚集,为各种鸟类疫病在不同种群间的传播提供了条件。为了解宁夏野鸟携带病毒的自然本底和多样性,发现潜在感染人或畜禽的病毒。本研究以伪狂犬病毒细胞培养物为研究对象,摸索并建立适用于高通量测序的样本前处理方法:首先将伪狂犬病毒细胞培养物进行差速离心,除去细胞碎片和其他杂质,加入不同剂量的核酸酶处理,提取核酸,通过荧光定量PCR检测病毒的含量,结果发现在150 uL样品中,加20 uL DNase I时,对病毒含量无影响且对宿主核酸和游离核酸去除效果较佳,依据此结果确定了病毒宏基因组样品前处理方法。利用已建立的样本前处理方法,对宁夏石嘴山市、中宁市和青铜峡市采集的14种119只野鸟粪便进行了前期处理,随后提取其全部核酸,经随机引物扩增后进行Illumina高通量测序,利用SOAPdenove软件将获得的32385000个读长(reads)拼接成163192个重叠序列(Contig),再与NCBI病毒数据库中的序列进行比对,分析样本中病毒的种类及丰度,并选取注释到禽流感病毒和圆环病毒进行特异性检测,验证病毒宏基因组注释结果。通过序列注释发现,0.4%重叠序列与病毒相关,能进一步注释到19个病毒科,其中63%的病毒序列是噬菌体,33%的是脊椎动物病毒,3%的是昆虫病毒,1%的是植物病毒。注释到的脊椎动物病毒共有16种,分布于11个病毒科,其中包含有禽流感病毒、札幌病毒等人畜共患性病毒,禽流感病毒和圆环病毒特异性PCR检测结果确认了病毒宏基因组注释结果正确。本研究初步建立了高通量测序前样品的处理方法,为有效全面的获得样品中病毒奠定了基础。利用病毒宏基因组方法对宁夏野鸟粪便病毒组进行分析,本研究结果不仅丰富了野鸟携带病毒的基础数据资源,同时还提示宁夏地区野鸟存在传播一些重要人兽共患病的潜在风险。
【学位授予单位】：东北农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.65
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，本文编号：1321778
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