四川麻鸭mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

发布时间：2018-02-12 21:18

本文关键词： 线粒体基因组四川麻鸭遗传进化　出处：《畜牧兽医学报》2017年03期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。
[Abstract]:The purpose of this study was to obtain the whole mitochondrial DNA genome sequence of Sichuan duck, and to provide a reference for the protection and utilization of this genetic resource. According to the mitochondrial genome sequence of relative species, 16 pairs of primers were designed with Primer 6.0. The genomic sequence of Sichuan duck mtDNA was obtained by PCR cloning and sequencing. Sichuan duck mtDNA genome is 16 604 BP in length, and its base composition is A29.19, which is composed of 32. 822 and T22. 790 tRNA genes, including 22 tRNA genes, 2 rRNA genes, 13 protein coding genes and 1 non coding control region. By using online software tRNAscan-SE1.21 and RNA structure5.6 analysis, 22 tRNA genes have been found. It is a standard secondary structure of four constant arms of clover. The sequence of D-loop region of mtDNA genome of Sichuan duck was analyzed and found to contain the conserved frame of box and CXB1. With MEGA6.0, the phylogenetic tree was made based on the D-loop region and the whole sequence of mitochondria by N-J method. It was found that Sichuan Ma duck had the closest blood relationship with Lonsheng duck.
【作者单位】：四川农业大学动物科技学院;
【基金】：四川省科技厅应用基础项目(2015JY0110) 大学生创新性试验项目(1510626046)
【分类号】：S834.83

【参考文献】

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