牛体外受精胚胎抗氧化相关的长链非编码RNA表达谱

发布时间：2018-02-27 11:01

  本文关键词： 谷胱甘肽 长链非编码RNA 转录组测序 共表达分析 靶基因　出处：《畜牧兽医学报》2017年07期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：旨在探究培养液中添加3mmol·L~(-1)谷胱甘肽(Glutathione,GSH)对牛体外受精胚胎中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的影响。收集8~16-细胞期和桑椹期的胚胎,构建文库后测序,筛选差异lncRNAs,共表达分析后,获得的差异基因进行GO功能注释和KEGG通路分析;同时对lncRNA进行了顺式作用靶基因的预测及其功能分析;通过荧光定量PCR对8个lncRNAs表达水平进行检测,验证测序结果的准确性。测序共得到4 273个lncRNAs,通过对其表达量、长度和外显子个数分析表明,测序数据的可靠性较好。筛选共得到59个差异lncRNAs(其中23个在对照组(不添加GSH)上调,而在处理组(添加3mmol·L-1 GSH)下调;36个在对照组下调,而在处理组上调),在对照组和处理组中,59个lncRNAs分别与754和2 782个蛋白编码基因共表达,这些基因分别参与47和48个功能分类,且主要富集于5和13条信号通路。对23和36个差异lncRNAs临近的145和154个蛋白编码基因进行GO注释,结果表明,这些基因分别参与35和43个功能分类。14个lncRNAs共表达的差异基因参与谷胱甘肽代谢通路。综上表明,在培养液中添加GSH能导致胚胎lncRNA表达谱的变化。
[Abstract]:The aim of this study was to investigate the effect of 3mmol 路L ~ (-1) glutathione (Glutathione) on the expression profile of RNA(Long non-coding in bovine embryos in vitro fertilization (IVF). The differentially obtained genes were analyzed by go functional annotation and KEGG pathway analysis, and the cis-acting target genes were predicted and their functions were analyzed. Eight lncRNAs expression levels were detected by fluorescence quantitative PCR. To verify the accuracy of the sequencing results, a total of 4 273 lncRNAss were obtained by sequencing, and the expression, length and number of exons were analyzed. The reliability of sequencing data was good. A total of 59 differences in lncRNAss (23 of which were up-regulated in the control group (no GSH added), but down-regulated in the treatment group (adding 3mmol 路L-1 GSH) and 36 in the control group were obtained. However, in the treatment group, 59 lncRNAs were coexpressed with 754 and 2 782 protein coding genes in the control group and in the treatment group, respectively. These genes were involved in 47 and 48 functional classifications, respectively. It was mainly concentrated in 5 and 13 signal pathways. Go annotation was performed on 145 and 154 protein coding genes adjacent to 23 and 36 differential lncRNAs. These genes were involved in 35 and 43 functional classifications respectively. Fourteen differentially expressed genes of lncRNAs were involved in the glutathione metabolism pathway. It was concluded that the addition of GSH to the culture medium resulted in the change of lncRNA expression profile in embryos.
【作者单位】： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;
【基金】：中国农业科学院科技创新工程“家畜胚胎工程与繁殖创新团队”(ASTIP-IAS06-2017) 国家科技支撑项目(2012BAD12B01-2)
【分类号】：S823

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前5条

1 马艳;江云波;肖少波;方六荣;陈焕春;;体外共表达的猪繁殖与呼吸综合征病毒GP5和M蛋白可形成异源二聚体[J];微生物学报;2006年04期

2 石宏浩;靳萍;王利娜;梁卫红;;水稻OsRacD与OsRhoGDI2基因共表达载体的构建[J];河南师范大学学报(自然科学版);2012年04期

3 史锋莉;黄继风;;用最短路径传递共表达预测拟南芥基因功能(英文)[J];Agricultural Science & Technology;2010年05期

4 史锋莉;黄继风;;用最短路径传递共表达预测拟南芥基因功能[J];安徽农业科学;2010年23期

5 ;[J];;年期

中国重要会议论文全文数据库 前5条

1 周鹏;查向东;王作利;;共表达阴离子配体生产重组阳离子抗菌肽的研究[A];格莱姆抗菌肽——抗菌肽开发与应用技术研讨会论文集[C];2009年

2 陈永井;王勤;周迎会;王雪峰;谢芳;於葛华;张学光;;PD-1／PD-L1在T细胞上的共表达及其生物学意义[A];中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要[C];2006年

3 孙中文;邱玉华;王凤鸣;孙玮丽;程钢;徐耀瑜;胡玲玲;张学光;;GL50／ICOS在活化T细胞上的共表达及其生物学意义[A];中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要[C];2006年

4 孙中文;邱玉华;王凤鸣;马泓冰;程钢;徐耀瑜;胡玲玲;张学光;;GL50/ICOS在活化T细胞上的共表达及生物学意义[A];中国细胞生物学学会第九次会员代表大会暨青年学术大会论文摘要集[C];2007年

5 李镝锐;汪明;;基于秀丽隐杆线虫IRES序列双框共表达载体的构建[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

中国博士学位论文全文数据库 前4条

1 任燕;基于共表达网络探讨长非编码RNA对早发精神分裂症的调控作用[D];山西医科大学;2015年

2 杨竞;疾病间相关关系的研究及其研究方法的开发[D];华东理工大学;2015年

3 徐莉;人补体调节蛋白基因的克隆、共表达及功能研究[D];武汉大学;2005年

4 孙秀丽;植物基因表达数据库的构建及共表达分析研究[D];吉林大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 王庆;基于蛋白质互作网络和转录共表达的疾病基因排序方法研究[D];上海交通大学;2014年

2 吴素娟;基于差异共表达方法对胶质瘤分子分型的研究以及对疾病间相关关系数据库的开发[D];华东理工大学;2015年

3 张通;山核桃油脂合成和基因表达变化分析[D];浙江农林大学;2015年

4 周倩雯;贪噬菌CGMCC 4969的噻虫啉水解酶基因簇共表达促进噻虫啉和3-氰基吡啶生物转化的研究[D];南京师范大学;2013年

5 周晓天;(R)-羰基还原酶与葡萄糖脱氢酶于大肠杆菌中共表达及手性催化[D];江南大学;2016年

6 李丹妮;女性特异性膀胱癌相关基因及其共表达网络分析[D];南方医科大学;2016年

7 林行众;黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析[D];南京农业大学;2015年

8 姜琪;共表达磷脂酶C强化大肠杆菌重组蛋白的胞外表达[D];江南大学;2015年

9 贺东亮;苦荞过敏原共表达及TBb抗原表位的研究[D];山西大学;2009年

10 蔡海莺;3C融合蛋白介导的多蛋白共表达[D];华中农业大学;2009年

，

本文编号：1542390