骆驼斯氏副柔线虫转录组的高通量测序及分析

发布时间：2018-03-14 08:27

  本文选题：斯氏副柔线虫　切入点：转录组　出处：《中国兽医学报》2017年04期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：为了系统了解斯氏副柔线虫的转录组特征并构建其转录组图谱,以不同发育阶段的斯氏副柔线虫为研究对象,应用Illumina Nextseq 500高通量测序技术平台对其进行转录组测序及生物信息学分析,结果每个样本均得到3GB的原始数据,经质量控制和拼接组装后,共获得128 454个Unigene,序列片段的平均长度与N50值分别为634和1 037bp;将Unigenes与COG,Nr,Trembl等数据库进行比对,结果表明有35 324个Unigene比对到COG数据库,根据蛋白种类大致分为25类;通过GO功能分类,5 227个Unigene映射到GO不同的功能节点上;通过KEGG pathways分析,共有13 424个Unigene参与了8 155个代谢通路。该研究结果为斯氏副柔线虫病的基础理论、诊断方法及防治研究奠定基础。
[Abstract]:In order to systematically understand the transcriptional characteristics of nematode skrjabini and construct its transcriptional map, we studied the nematodes in different developmental stages. The transcriptome sequencing and bioinformatics analysis were performed on Illumina Nextseq 500 high-throughput sequencing platform. The results showed that 3GB of raw data were obtained from each sample. A total of 128,454 Unigenees were obtained, the average length and N _ (50) of the sequences were 634 and 1 037 BP, respectively. The results showed that 35 324 Unigene were compared to the COG database, which were divided into 25 classes according to the protein types. According to go functional classification, 5227 Unigene were mapped to different functional nodes of go, 13 424 Unigene were involved in 8 155 metabolic pathways by KEGG pathways analysis. The diagnosis method and the prevention and cure research lay the foundation.
【作者单位】： 内蒙古农业大学兽医学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(31260603)
【分类号】：S852.731

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本文编号：1610398