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猪流行性腹泻病毒ORF3基因的克隆及序列分析

发布时间:2018-04-28 17:14

  本文选题:猪流行性腹泻病毒 + ORF基因 ; 参考:《西北农业学报》2017年07期


【摘要】:为研究2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场是否有猪流行性腹泻病毒的感染与流行,对猪流行性腹泻病毒ORF3(Open reading flame 3)基因进行克隆及序列分析研究。通过从疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集小肠组织,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒的ORF3基因进行克隆。结果表明,所获得的ORF3基因ORF长675bp,编码223个氨基酸。通过DNAMAN软件分析,表明本研究中克隆的ORF3基因与CV777标准株(AF353511)的ORF3基因相似性为96.45%,与中国的NJ(KJ642645)的相似性最高,为99.41%,与attenuated DR13疫苗株(EU054930)相似性90.52%,而与CV777疫苗株(GU372744)相似性仅79.07%。系统进化树分析表明,该基因与中国毒株、韩国毒株以及美国分离株USA/Illinois 201/2014(KR265795)处于同一进化分支上,而attenuated DR13疫苗株、CV777 truncated疫苗株和欧洲的CV777标准株处于另一个进化分支上,说明该基因与中国毒株、韩国毒株的遗传距离最近。通过B细胞抗原表位预测分析,发现其氨基酸第65~68、114~116、137~140和150~154区域可能有潜在的优势抗原表位。成功克隆了猪流行性腹泻病毒ORF3基因,说明2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场存在猪流行性腹泻病毒的感染。
[Abstract]:In order to study the infection and prevalence of porcine epidemic diarrhea virus (ORF3(Open reading flame 3) in Chongqing Rongchang Pig Farm in 2015, the ORF3(Open reading flame 3 gene was cloned and sequenced. The RT-PCR method was used to clone the ORF3 gene of porcine epidemic diarrhea virus (ECDV) by collecting small intestine tissue from pig farm suspected to be infected by epidemic diarrhea virus (ECDV). The results showed that the ORF3 gene ORF was 675 BP long and encoded 223 amino acids. The analysis of DNAMAN software showed that the similarity of ORF3 gene between the cloned ORF3 gene and CV777 standard strain AF353511) was 96.4545, the highest similarity was 99.41with attenuated DR13 vaccine strain EU054930), and the similarity with CV777 vaccine strain GU372744) was only 79.072744). Phylogenetic tree analysis showed that the gene was in the same evolutionary branch as the Chinese strain, Korean strain and American isolate USA/Illinois 2010 / 2014 KR265795, while the attenuated DR13 vaccine strain, CV777 truncated vaccine strain, and the European standard CV777 strain were in another evolutionary branch. The result showed that the genetic distance between the gene and the Chinese strain and Korean strain was the closest. Based on the prediction of B cell epitopes, it was found that the potential dominant epitopes were found in the amino acid regions 65M681144, 116137M140 and 150Mn-154. The successful cloning of porcine epidemic diarrhea virus (ORF3) gene indicated that swine epidemic diarrhea virus infection existed in some diarrhea pig farms in Rongchang Chongqing in 2015.
【作者单位】: 西南大学荣昌校区动物医学系;
【基金】:西南大学荣昌校区青年科学基金(RC20700925&RC20700421) 中央高校基本业务费专项基金(XDJK2015C032)~~
【分类号】:S852.651

【参考文献】

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1 庄金秋;梅建国;王金良;沈志强;丁壮;;猪流行性腹泻病毒检测方法研究进展[J];中国兽药杂志;2013年04期

2 郭春艳;赵向绒;胡军;;B细胞抗原表位的研究进展及其应用[J];生物技术通讯;2013年02期

3 张红垒;董洁;梁亚冰;许信刚;童德文;;猪流行性腹泻病毒的RT-PCR鉴定及其M、N和E基因的序列分析[J];西北农业学报;2012年09期

4 王隆柏;吴学敏;车勇良;陈如敬;魏宏;刘玉涛;庄向生;周伦江;;猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析[J];中国动物传染病学报;2012年03期

5 陈如敬;吴学敏;车勇良;王隆柏;魏宏;庄向生;严山;周伦江;;猪流行性腹泻病毒FJ-11A株的分离与ORF3基因序列分析[J];福建农业学报;2011年06期

6 宋帅;李春玲;贾爱卿;杨冬霞;李淼;;抗原表位研究方法进展[J];动物医学进展;2010年12期

7 邱建丁,梁汝萍,谭学才,邹小勇,莫金垣;膜蛋白跨膜区段的预测分析[J];高等学校化学学报;2004年05期

8 张强敏,郭福生,尹燕博,沈秋姑;猪流行性腹泻病毒分子生物学特征[J];中国病毒学;2002年04期

9 吴敬,吴梧桐;B细胞蛋白质抗原表位的研究方法进展[J];药物生物技术;2000年04期

10 程庆华,牛小迎,叶成玉,解洪业,李志宁;猪流行性腹泻病毒与猪两种腹泻病毒混合感染免疫的比较研究[J];西北农业学报;1995年03期

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1 董彦鹏;2011-2012年我国猪流行性腹泻病毒ORF3基因分子流行病学调查与仔猪致病性研究[D];南京农业大学;2012年

【共引文献】

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1 易华山;毕俊萱;马鲜平;唐明霞;张德志;王芝英;;猪流行性腹泻病毒ORF3基因的克隆及序列分析[J];西北农业学报;2017年07期

2 李静;刘建华;付强;宋焕堂;范斌;胡月;冉多良;;马疱疹病毒1型gB糖蛋白线性B细胞表位的预测与鉴定[J];中国畜牧兽医;2017年05期

3 李璐;梁倩;安茜;周雅莉;王计平;;紫苏脂肪酸硫酯酶基因PfFatA生物信息学及其表达特性分析[J];华北农学报;2017年02期

4 赵俊皓;张克山;卢炳州;王文芳;郑海学;刘湘涛;胡永浩;;山羊痘病毒疫苗株和野毒株ORF121基因比较分析[J];中国兽医学报;2017年04期

5 娜仁高娃;赵元;强嘉楠;孙赵洋;潘丽;袁志杰;;大豆中主要抗原蛋白表位的研究进展[J];中国畜牧杂志;2017年04期

6 李超群;樊海宁;张耀刚;曹得萍;;细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析[J];中国公共卫生;2017年04期

7 吴旺霞;王一成;吴润;袁秀芳;徐丽华;李军星;苏菲;;2011—2016年浙江省猪流行性腹泻病毒S基因与ORF3基因遗传进化分析[J];浙江农业学报;2017年03期

8 卢冰霞;秦毅斌;段群棚;何颖;李斌;梁家幸;苏乾莲;周英宁;蒋冬福;卢敬专;陈忠伟;闭炳芬;赵武;;猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用[J];畜牧与兽医;2017年02期

9 朱海侠;曾亮明;陈雷;张渊魁;;福建省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析[J];福建农业学报;2016年10期

10 王瑶;吴义才;王珊;房诗薇;李子轩;郑凯;邱百燕;易华山;;2014—2015年重庆市猪流行性腹泻血清流行病学调查与分析[J];养猪;2016年04期

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1 张田生;猪流行性腹泻病毒SYBR Green Ⅰ和Taq-Man荧光定量PCR检测方法的建立及应用[D];江西农业大学;2015年

2 聂小伟;猪流行性腹泻病毒截短S1基因的原核表达及间接ELISA的建立[D];江西农业大学;2014年

3 顾超逸;安徽省猪病毒性腹泻病因调查及PEDV分子流行病学研究[D];安徽农业大学;2014年

【二级参考文献】

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1 李慧瑾;郭春艳;赵彭花;李研;高锦伟;胡巧侠;李元;胡军;;运用单克隆抗体分析流感病毒H1亚型HA蛋白的抗原表位[J];西安交通大学学报(医学版);2012年03期

2 修金生;周伦江;陈如敬;王隆柏;陈小权;;猪流行性腹泻病毒SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J];中国兽医科学;2012年02期

3 郭春艳;李慧瑾;刘杨;赵向绒;王鑫;封青;李元;胡军;;H1亚型流感病毒HA蛋白单克隆抗体的制备及部分特性鉴定[J];细胞与分子免疫学杂志;2012年02期

4 张百灵;陈建飞;邢雅玲;冯力;陈忠斌;;猪流行性腹泻病毒(PEDV)与抗病毒天然免疫[J];中国生物化学与分子生物学报;2011年06期

5 吕茂杰;陈建飞;时洪艳;陈小金;范秀萍;申识川;冯力;;猪流行性腹泻病毒核衣壳蛋白与感染细胞核磷蛋白的共定位分析[J];微生物学报;2011年05期

6 张利勃;周铁忠;王s,

本文编号:1816165


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