蒙古马小RNA高通量测序分析

发布时间：2018-04-29 23:03

  本文选题：蒙古马 + miRNA　； 参考：《农业生物技术学报》2017年04期

【摘要】：miRNA(micro RNA)是重要的转录后调控因子,在很多物种中已获得鉴定,然而对马(Equus caballus)的miRNA相关研究较少。本研究应用Solexa测序技术对蒙古马的8个组织混合样小RNA进行测序并做了相关的生物信息学分析。结果得到5 199 802个小RNA纯净序列(clean reads),经过长度分布统计和分类注释后,将其与miRBase数据库比对鉴定马的239个保守miRNA。同时,用Mireap软件预测出510个miRNAs,其中238个miRNAs能与马已知miRNA匹配,272个miRNA没能匹配。使用miRanda软件对预测出的所有miRNA进行靶基因预测,获得23 037个靶基因和1 974 153个靶位点。本研究结果丰富了马miRNA数据资源,为进一步研究miRNA在马生物学功能研究工作提供了理论依据。
[Abstract]:MiRNA(micro RNAs, an important posttranscriptional regulator, have been identified in many species, but there are few studies on miRNA related to Equus caballus. In this study, Solexa sequencing technique was used to sequence eight small RNA samples from Mongolian horse tissues and bioinformatics analysis was carried out. Results A total of 5 199802 small RNA pure sequences were obtained. After length distribution statistics and classification annotation, they were compared with miRBase database to identify 239 conserved miRNAs of horses. At the same time, 510 miRNAss were predicted by Mireap software, of which 238 miRNAs could match horse known miRNA, while 272 miRNA could not match. The target genes of all predicted miRNA were predicted by miRanda software, and 23 037 target genes and 1 974,153 target sites were obtained. The results of this study enriched horse miRNA data resources and provided theoretical basis for further study of miRNA in horse biological function.
【作者单位】： 内蒙古农业大学动物科学学院/内蒙古自治区蒙古马遗传资源保护及马产业工程实验室;
【基金】：国家自然科学基金项目(No.31360538);国家自然科学基金项目(No.31472070) 内蒙古自治区科技厅重点实验室建设项目(No.20130902)
【分类号】：S821.2

【参考文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：1821947