獭兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究

发布时间：2018-05-01 18:23

本文选题：青紫蓝色獭兔 + 毛色候选基因　；参考：《扬州大学》2015年硕士论文

【摘要】：獭兔是著名的皮用兔品种,其皮板光滑细韧、质地轻柔,保温性能好,日晒不褪色,且耐久性显著高于普通兔皮,因此倍受消费者的喜爱。动物的毛色是一种最直观的、可遗传的表型特征,也是区分动物品种的一个重要依据。动物的毛色主要由遗传因素决定,也受到外界环境和饲养条件的影响。本试验通过转录组技术比较黑色獭兔和青紫蓝色獭兔,以及白色獭兔和青紫蓝色獭兔背部皮肤组织样中基因的表达差异,利用实时荧光定量PCR技术验证转录组结果,并筛选出与獭兔毛色形成相关的差异候选基因进行多态性分析和TA克隆测序,以期为獭兔毛色遗传机制的进一步研究提供一些参考。本试验的主要结果如下：1.利用转录组测序技术分析三只被毛颜色不同的全同胞獭兔(分别为黑色B、青紫蓝色C和白色W)背部皮肤组织样的基因表达情况,将青紫蓝色样本C设为对照组,黑色样本B、白色样本W分别与其对比,差异表达倍数在2倍及以上且FDR-≤0.001的基因分别为1809和460个,共有的差异表达基因为257个。通过实时荧光定量PCR技术对Tyrp1、Oca2、Dct、Slc24a5、Slc7a11和Bcl2这6个基因在组织样中的表达量进行检测,验证转录组结果,结果表明转录组的结果相对可靠。结合生物信息学分析和相关的文献资料,筛选出一些与毛色相关的差异基因,如Tyrp1、Tyr、Oca2、Dct、Slc24a5、 Slc7a11、Bcl2等,可以为毛色形成机制的研究提供一定的参考。转录组测序预测的可变剪接和SNPs,可以通过进一步的研究,探讨它们和毛色形成的关系。2.采用PCR-SSCP,以180只白色獭兔、420只青紫蓝色獭兔为试验对象,针对Tyr基因的5个外显子设计特异性引物,检测獭兔该基因编码序列的多态性,结果发现,Tyr基因外显子2在62bp(整个基因CDS的881bp)处有一个AG的有义突变,使得原来的谷氨酸突变成了甘氨酸(GAGGGG),Tyr基因外显子3在82bp(整个基因CDS的1118bp)处有一个AC的有义突变,使得原来的赖氨酸突变成了苏氨酸(AAGACG)。对野生型和两个突变型进行蛋白质结构功能的预测,结果发现,A881G突变并未改变TYR蛋白的结构和功能,A1118C突变使得TYR蛋白增加了一个N-糖基化位点。两个突变虽然都使得TYR蛋白二级结构和三级结构的参数有一些变化,但并没有改变TYR蛋白的二级和三级结构。因此推测,这两个位点的突变,虽然改变了TYR蛋白的氨基酸组成,但并不是影响TYR蛋白结构和功能的关键氨基酸位点。3.采用PCR-SSCP,以180只白色獭兔、420只青紫蓝色獭兔为试验对象,针对Tyrp1基因的7个外显子设计特异性引物,检测獭兔该基因编码序列的多态性,结果发现,Tyrp1基因外显子2在29bp(整个基因CDS的483bp)处有一个CT的同义突变,碱基的突变并没有造成氨基酸的改变(AUCAUT,异亮氨酸)。利用TA克隆技术,对青紫蓝色獭兔Tyrp1基因的6个内含子进行克隆测序分析,发现Tyrp1基因内含子中存在53个突变位点,其突变较外显子丰富,这些突变是否会对Tyrp1基因的表达及其功能产生影响,还有待进一步的研究。
[Abstract]:The expression of genes in the dorsal skin of Rex rabbit and blue - violet blue Rex rabbit were analyzed by means of real - time fluorescence quantitative PCR . It was found that the mutation of TYR protein had not changed the structure and function of TYR protein , but it did not change the structure and function of TYR protein . Using TA cloning technique , six intron of Tyrp1 gene of blue - violet blue Rex rabbit was cloned and sequenced . There were 53 mutation sites in the intron of Tyrp1 gene .

【学位授予单位】：扬州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S829.1

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