三穗鸭Bmal1基因多态、表达差异与生物信息学分析

发布时间：2018-05-08 03:31

  本文选题：三穗鸭 + Bmal基因　； 参考：《中国家禽》2017年06期

【摘要】：通过研究贵州三穗鸭损伤表皮调节因子(Bmal1)基因的多态性,寻找其SNP多态位点及分析其在组织中的表达差异。利用PCR-SSCP技术与直接测序技术相结合和荧光定量表达的方法对Bmal1基因进行SNPs位点筛选和遗传特性分析,根据测序结果拼接获得的序列对该基因mRNA相关生物信息学进行分析。贵州三穗鸭Bmal1基因第一外显子存在两处SNP位点,且在脑组织中的表达量最高,2~(-△△CT)值为1.4431。Bmal1基因突变前后的等位基因频率估算有差异,但其mRNA二级结构预测,蛋白质二、三级结构预测分析均无差异。在心、肝、肾、胸肌、腿肌、脑、眼七个组织中表达存在差异,且各组间差异显著。
[Abstract]:The polymorphism of Bmal1) gene was studied in Guizhou three-spike duck to find its SNP polymorphism and analyze the difference of its expression in tissues. The SNPs site of Bmal1 gene was screened and the genetic characteristics were analyzed by PCR-SSCP combined with direct sequencing and fluorescence quantitative expression. The bioinformatics related to mRNA of Bmal1 gene was analyzed according to the sequence of sequence splicing. There are two SNP loci in the first exon of Bmal1 gene of Guizhou three-spike duck, and the highest expression of 1.4431.Bmal1 gene in the brain is the estimation of allele frequency before and after 1.4431.Bmal1 gene mutation, but its mRNA secondary structure is predicted and protein 2. There was no difference in three-level structure prediction analysis. There were significant differences in expression among heart, liver, kidney, pectoral muscle, leg muscle, brain and eye.
【作者单位】： 贵州大学动物科学学院;高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室;贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室;
【基金】：国家自然科学基金项目(31360566) 贵州省科技厅农业重大专项(黔科合重大专项字[2012-6004]号);贵州省科技厅农业攻关项目(黔科合NY字[2015]3006-2号) 贵州省教育厅产学研基地项目(黔教合KY字[2013-120]号)
【分类号】：S834.2

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本文编号：1859790