基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

发布时间：2018-06-01 10:34

  本文选题：川中黑山羊 + 瘤胃细菌　； 参考：《湖南农业大学学报(自然科学版)》2017年03期

【摘要】：采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。
[Abstract]:The results showed that the highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) . The highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) . The results showed that the highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) .
【作者单位】： 四川农业大学动物医学院;动物疫病与人类健康四川省重点实验室;环境公害与动物疾病四川省高校重点实验室;
【基金】：“长江学者和创新团队发展计划”创新团队项目(IRT0848) 四川农业大学“双支”计划项目(03572070)
【分类号】：S827

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