LIF基因多态性检测及其与母猪产仔性状的关联性分析

发布时间：2018-06-09 05:15

本文选题：猪 + LIF基因　；参考：《安徽农业大学》2015年硕士论文

【摘要】：本研究以安徽省优良地方猪种(安庆六白猪、圩猪和皖南黑猪)和外来瘦肉型猪种大白猪为试验材料,研究动物胚胎附植相关候选基因白血病抑制因子基因(leukemia inhibitory factor,LIF)的单链核苷酸多态性(single nucleotide polymerphisms,SNPs)检测及其与繁殖母猪产仔性状的相关性。根据NCBI中公布的猪LIF(登录号:AJ296176)基因外显子序列设计引物,采用PCR-SSCP、PCR-RFLP和PCR产物双向测序技术检测LIF基因第2、3外显子部分片段的遗传变异,筛查SNPs并分析其多态性,运用SPSS程序22.0 GLM模型分析遗传变异与繁殖母猪产仔性状的相关性,以探讨利用该基因作为分子标记改良母猪产仔性状的可行性,为安徽地方猪种繁殖性状的遗传改良提供科学根据。试验结果如下:(1)LIF基因外显子2扩增片段在安庆六白猪群体发现1个SNP,为LIFg.C5709T;外显子3扩增片段在安庆六白猪、圩猪和大白猪群体发现1个SNP,为LIFg.C6646T、在圩猪和大白猪群体发现1个SNP,为LIFg.C6988T。(2)群体遗传学分析结果表明:LIFg.C5709T在安庆六白猪群体中只检测到2种基因型(CC、CT),其中CC和CT基因型频率分别为70.71%、29.29%,该位点在安庆六白猪群体的多态信息含量(PIC)为0.2188,处于低度多态,卡方适合性检验p值大于0.05,处于Hardy-Weinberg平衡状态;LIFg.C6646T在安庆六白猪、圩猪和大白猪群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB),其中AA基因型频率在3个群体中分别为47.47%、57.14%和50.62%,AB基因型频率分别为42.42%、35.16%、35.80%,BB基因型频率分别为10.11%、7.70%、13.58%,该位点在3个群体的多态信息含量(PIC)分别为0.3377、0.3064、0.3383,在该位点均处于中度多态,卡方适合性检验p值均大于0.05,处于Hardy-Weinberg平衡状态;LIFg.C6988T在圩猪和大白猪群体中均检测到3种基因型(DD、DE和EE),其中DD基因型频率在这2个群体中分别为45.05%、45.91%,DE基因型频率分别为32.97%、39.51%,EE基因型频率分别为21.98%、13.58%,该位点在圩猪和大白猪群体的多态信息含量(PIC)分别为0.3613、0.3457,均处于中度多态,卡方适合性检验p值均大于0.05,处于Hardy-Weinberg平衡状态。(3)LIF基因突变位点与繁殖母猪产仔性状的相关性分析:LIFg.C5709T位点:基因型对安庆六白猪初产母猪和经产母猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)均无显著影响,但均存在CC型高于CT型的趋势。LIFg.C6646T位点:安庆六白猪初、经产母猪群体BB基因型的TBA和NBA均极显著高于AB和AA基因型(P0.01),初产母猪群体AB基因型极显著高于AA基因型(P0.01)。大白猪群体初产母猪AA基因型的TNB和NBA均极显著高于AB和BB基因型(P0.01);经产母猪AA基因型TNB显著高于AB基因型(P0.05),AA基因型NBA极显著高于AB基因型(P0.01)。LIFg.C6988T位点:圩猪初、经产母猪群体DD基因型TNB和NBA极显著高于DE和EE基因型(P0.01)。大白猪初产母猪群体DD基因型TNB和NBA极显著高于DE和EE基因型(P0.01);经产母猪DD基因型TNB极显著高于DE和EE基因(P0.01),DD基因型NBA极显著高于DE和EE基因型(P0.01),DE基因型NBA显著高于EE基因型。研究结果提示,LIFg.C6646T位点可以作为安庆六白猪、大白猪繁殖母猪产仔性状候选遗传标记,LIFg.C6988T位点可以作为圩猪、大白猪繁殖母猪产仔性状候选遗传标记,以应用于繁殖母猪产仔性状的改良。
[Abstract]:In this study , we studied the genetic variation of exon 2 , 3 exon of LIF gene by using PCR - SSCP , PCR - RFLP and PCR product two - way sequencing technique to detect the genetic variation of exon 2 , 3 exon of LIF gene by PCR - SSCP , PCR - RFLP and PCR product two - way sequencing . ( 2 ) The results of population genetics showed that LIFG . C5709T detected only two genotypes ( CC , CT ) in the population of 6 White pigs . The frequencies of genotype and genotype of genotype were 45.05 % , 35.16 % , 35.80 % , respectively . The frequencies of genotype BB were 10.11 % , 35.16 % , 35.80 % , respectively . The frequencies of genotype BB were 10.11 % , 39.51 % and 13.58 % , respectively . The frequencies of genotype BB were 0.3613 and 0.3457 , respectively . The results showed that the genotype of DD genotype TNB and NBA were significantly higher than those of genotype AB and EE ( P0.01 ) . The genotype of DD genotype TNB and NBA were significantly higher than those of genotype AB and EE ( P0.01 ) . The results suggested that the genotype of DD genotype TNB and NBA were significantly higher than those of genotype AB and EE ( P0.01 ) .
【学位授予单位】：安徽农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S828

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