粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析

发布时间：2018-07-08 08:02

本文选题：新生仔猪腹泻 + 病原学　；参考：《中国畜牧兽医》2017年06期

【摘要】：为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原,本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)检测,并对5株PEDV流行毒株ORF3基因进行测序分析。病原检测结果显示,83.87%(26/31)样品为PEDV阳性,没有检测到TGEV和PoRV阳性样品。对PEDV ORF3基因序列分析结果显示,5个流行毒株ORF3基因全长均为675bp,相互之间核苷酸同源性为98.7%~100.0%,与参考序列同源性为94.5%~100.0%,多个核苷酸位点发生了共同突变。系统进化树分析结果表明,PEDV可分为两个基因群,粤北地区流行的PEDV与2013-2015年间在中国部分地区、东南亚、北美洲和欧洲流行的PEDV遗传关系较近,位于基因1群中的同一个亚群,而2011-2012年中国流行的PEDV主要毒株及疫苗毒株则归类于另外两个基因亚群。结果表明,粤北地区新生仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,PEDV基因随着时间推移呈现不断进化和变异趋势。
[Abstract]:In order to understand the main pathogens of diarrhea of newborn piglets in northern Guangdong, In this study, 31 neonatal piglets diarrhea samples from 6 large scale pig farms in North Guangdong were detected by real-time fluorescent quantitative RT-PCR for porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), transmissible gastroenteritis virus (TGEV) and rotavirus (PoRV). The ORF3 gene of 5 PEDV strains were sequenced. The results showed that 83.87% (26 / 31) samples were PEDV positive, and no TGEV and PoRV positive samples were detected. The sequence analysis of the ORF3 gene of PEDV showed that the ORF3 gene was 675 BP in length, the nucleotide homology was 98.7100.0and the homology with the reference sequence was 94.5%. Phylogenetic tree analysis showed that PEDV could be divided into two gene groups. PEDV prevalent in northern Guangdong had a close genetic relationship with PEDV prevalent in parts of China, Southeast Asia, North America and Europe during 2013-2015, and was located in the same subgroup of gene group 1. The main PEDV strains and vaccine strains were classified into the other two gene subgroups in China from 2011 to 2012. The results showed that the diarrhea of newborn piglets in northern Guangdong was mainly caused by PEDV infection. The PEDV gene showed a trend of evolution and variation over time.
【作者单位】：韶关学院动物疫病实验室;粤北生猪生产及疫病防控协同创新发展中心;韶关学院英东农业科学与工程学院;
【基金】：广东省科技计划项目(2016A040402038、2013B020306008) 广东省现代农业科技创新联盟建设项目(2016LM1141) 韶关市科技计划项目(2013CX/N09) 韶关学院校级科研项目(SY2016KJ24)
【分类号】：S858.28

【参考文献】

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