鸡卵巢发育相关miRNA与基因的鉴定及特征分析

发布时间：2018-10-29 18:30

【摘要】：为探究鸡的卵巢发育调控机制,本试验以济宁百日鸡不同发育阶段的卵巢组织为材料,通过小RNA高通量测序和转录组高通量测序,找出不同发育阶段之间的差异表达miRNA和差异表达基因,构建基因调控网络,并对差异表达的miRNA和mRNA进行定量验证。主要结果如下:(1)小RNA测序分析构建了60日龄(S_A)、100日龄(S_B)、140日龄未开产(S_C)、140日龄已开产(S_D)四个发育阶段的小RNA文库,通过Hiseq高通量测序分别获得8156581、6926412、8906171、10510049高质量读数,各占其原始读数的98.56%、97.67%、98.72%、98.00%。比对上已知miRNA前体的sRNA的个数分别为3181902、2751006、3107415、1459649,分别占所有比对上的sRNA的73.74%、72.56%、67.38%、30.12%。另外预测到新mi RNA 35个。差异表达miRNA分析发现:S_A与S_B两个文库中有14个miRNA的表达量存在显著差异(qvalue0.01,且|log2(foldchange)|1);S_A和S_C两个文库相比,有22个miRNA的表达量存在显著差异;在S_B和S_C两个文库相比,有8个miRNA的表达量存在显著差异;S_A和S_D两个文库显著差异表达的miRNA共74个;S_B与S_D两个文库相比,显著差异表达的miRNA共78个;140日龄开产前后显著差异表达的mi RNA共51个。差异表达mi RNA的qRT-PCR验证情况:在选取的9个miRNA中,有7个miRNA同高通量测序得到的表达量变化趋势基本吻合,线性拟合的相关系数为0.8878。对差异表达miRNA的靶基因进行功能富集分析,靶基因主要富集到生物过程和细胞组分这两类GOterm上;并且只在囊泡运输中SNARE的相互作用(SNARE interactions in vesicular transport)KEGG通路上显著富集。(2)转录组测序分析构建了60日龄(T_A)、100日龄(T_B)、140日龄未开产(T_C)、140日龄已开产(T_D)四个发育阶段的转录组文库,通过Hiseq高通量测序分别获得62285300、75609458、87655702、83921800个高质量读数,分别占原始读数的96.20%、95.96%、95.73%、95.80%。与参考基因组比对上的序列读数分别为53248104、64794485、74926383、70651433,分别占高质量读数的85.49%、85.7%、85.48%、84.19%。差异基因分析发现:T_A与T_B两个文库比较,有51个基因的表达量存在显著差异(qvalue0.005,且|log2(FoldChange)|1);T_A与T_C两个文库比较,有118个基因的表达量存在显著差异;T_B与T_C两个文库比较,有20个基因的表达量存在显著差异;T_A与T_D两个文库比较,显著差异表达的基因共2284个;T_B与T_D两个文库比较,显著差异表达的基因共2882个;T_C与T_D两个文库比较,显著差异表达的基因共2579个。差异表达基因进行qRT-PCR验证:在选取的9个差异基因中,有7个基因与高通量测序得到的表达量变化趋势基本一致,线性拟合的相关系数为0.8662。对所有差异表达基因并集进行功能富集分析,差异基因显著富集到567个GOterm上;显著富集的KEGG通路共7个。(3)差异miRNA与差异基因整合分析为进一步探究差异表达miRNA与差异表达基因的调控网络,对相同比较组合的差异miRNA和mRNA进行整合分析。结果表明在所有组合中有99个差异表达miRNA对1656个差异基因进行调控。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：山东农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S831

【二级参考文献】

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本文编号：2298467