贵州白山羊和贵州黑山羊DRB1基因第3外显子遗传变异分析

发布时间：2018-11-16 18:12

【摘要】：为研究贵州黑山羊、贵州白山羊MHC-DRB1基因遗传机制,试验运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对MHC-DRB1基因第三外显子区域进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。经序列对比发现9个SNPs位点,其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4个单核苷酸突变,导致所编码氨基酸发生改变,其它5个位点均属于同义突变。进一步分析发现,A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突变位点导致m RNA二级结构的变化,A~(8858)G以及T~(9094)G对蛋白质二级结构影响最大。
[Abstract]:In order to study the genetic mechanism of MHC-DRB1 gene in Guizhou black goats and Guizhou white goats, the polymorphism of the third exon of MHC-DRB1 gene was analyzed by direct sequencing of mixed DNA pool and PCR products. The secondary structure of m RNA and the secondary structure and antigen epitope of protein were analyzed by using bioinformatics analysis software. Nine SNPs loci were identified by sequence comparison, among them, A ~ (8858) G (ILe-Val), G ~ (8969) A (Gly-Ser, G ~ (8978) A (Glu-Lys) and T ~ (9094) G (Asp-Glu) had four single nucleotide mutations. The other five sites are synonymous mutations. Further analysis showed that the mutation site A8858 GG ~ (8974) T ~ (9094) G ~ (9100) T ~ (9100) T ~ (9124) A resulted in the change of m RNA secondary structure. A ~ (8858) G and T ~ (9094) G had the greatest effect on the secondary structure of protein.
【作者单位】： 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室;贵州大学动物科学学院贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室;
【基金】：贵州省科技富民强县专项行动计划([2014]5202-1号) 贵州省科技厅2013年省市县科技合作项目(2013001)共同资助
【分类号】：S827

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本文编号：2336254