2012～2013年IBV广西分离株的基因序列分析和血清学鉴定
发布时间：2019-09-25 22:21
【摘要】：鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus, IBV)侵害鸡群,给养禽业造成了重大的经济损失。不同国家、地区流行的IBV存在差异,因此及时掌握本地区现场流行毒株基因的变异乃至抗原性的变化,对该病的防控和疫苗的研发都非常重要。为进一步了解近年广西IBV流行株的遗传变异情况和为新疫苗的研发提供依据,本课题对2012～2013年的广西IBV分离株进行了如下基因序列分析和血清学鉴定。首先,通过RT-PCR的方法对2012～2013年从广西从免疫失败的鸡群中分离鉴定的15株IBV分离株基因组3’端的S-N基因区段(包含S1、S2、3a、3b、E、M、5a、5b和N基因)进行扩增、测序,应用生物学软件进行相似性分析、进化树分析和重组分析,用在线软件进行O-糖基化位点和正向选择位点分析。序列测定结果显示各分离株的S-N基因区段片段长度为6767 bp～6939 bp。与常用的疫苗株H120以及国内外参考株比较,大部分毒株的S1基因广泛存在氨基酸的缺失、替代以及插入现象,其它各基因片段只存在氨基酸的替代。氨基酸进化树表明,各基因在进化树上不完全平行。重组分析结果显示GX-NN130048的S1基因具有重组现象,来源于LX4型野毒株与疫苗株4/91的重组。O-糖基化位点结果显示15株IBV分离株的N蛋白都有糖基化位点且位点数量最多为21～28个。正向压力检测结果表明,S1蛋白的aa308位置存在正向选择位点。以上结果表明15株IBV分离株九个基因已不同程度的发生变异。其次,测定2012～2013年15株IBV分离株的TOC-ID50,利用本课题组已鉴定出7种不同血清型的单因子血清与15株IBV分离株气管环上进行中和试验。结果显示15株IBV分离株可分为7不同的血清型。GX-NN 130048、GX-YL 13080630、GX-YL 130806200和GX-NN130059属于血清1型;GX-NN120091和X-QZ131126属于血清2型;GX-YL130025属于血清3型；GX-NN 120079禹于血清4型；GX-NN 120084、GX-NN 120089和GX-QZ130065属于血清5型；GX-NN 130003、GX-QZ 130064和GX-NN 130067属于血清6型；GX-NN 130021属于血清7型。重组毒株GX-NN 130048的血清型不同于疫苗株H120和4/91。结果表明了近年广西仍然存在多种血清型。此外,本研究对2012～2013年的15个IBV分离株的血清型和基于四种基因(S1、E、M、N)分型的相关性进行分析。结果发现,基于S1基因序列的基因分析和血清分型之间符合率为66.7%(10/15),而基于其它基因的符合率均为46.7%(7/15)。由此可知,基于S1基因序列的基因分型比基于E、M和N基因序列所做的基因分型与血清分型之间的符合率要高些。本研究表明,近年广西地区IBV不管是在基因型还是血清型上都发生了明显的变异,且出现了疫苗株和优势流行株的重组现象,这可能导致免疫失败的主要原因。本研究为更全面阐述IBV变异规律和分子机制以及为新疫苗的研发提供依据。
【图文】：
应用ＲＴ－ＰＣ民的方法对１５株旧Ｖ分离株的３’端１／３处序列Ｓ－Ｎ基因区段，，包含Ｓ１、逡逑Ｓ２、３ａ、３ｂ、Ｅ、Ｍ、５ａ、５ｂ、Ｎ基因进行扩增。结果表明所有的毒株都获得了逡逑特异性的目的条带，结果见图２－１邋（ａ、ｂ、Ｃ、ｄ、ｅ和ｆ，分别为表２－２中６对引物ＰＫ逡逑Ｐ２、Ｐ３、Ｐ４、Ｐ５和Ｐ６所扩增出来的ＰＣ艮产物）。逡逑Ｍ邋ｉ邋２邋５逦４邋５逦６邋７逦８邋９邋１０邋１１邋１２邋Ｕ邋Ｕ邋１５邋Ｉｔ邋Ｍ逦：逦Ｊ邋ｆ邋ｆ邋７邋Ｓ邋？邋ＩＣ邋１１邋１：邋Ｉ？邋１４邋１５邋Ｉｊ邋Ｍ逡逑去已弓穿┣卞澹澹澹蝈危鵞xＩ＇邋’sE？—－二…亩品运逡逑ｈＣＬｋ＊邋，１，１，逡逑Ｍ邋１邋２邋？邋４邋Ｊ邋５邋７邋ｓ邋９＊１０邋ＩＩ邋１２邋１３邋Ｈ邋１５邋Ｍ逦Ｍ邋１邋：邋５邋４邋ｊ邋６邋；邋６邋弓巧邋Ｕ邋Ｕ邋ｉ５邋ｊ４邋Ｉ；邋｝0邋Ｍ逡逑曲著鸿德V/：Ｖ－１逡逑’~栧危邋危溴义希驽澹澹箦澹洹＃ⅰ铄澹冲澹ㄥ澹。Аⅲ危湾澹渝澹插澹冲澹村澹靛澹跺澹峰澹稿搴澹族澹铄澹保哄澹 ″澹儒澹斟寤澹湾义希邋危驽义贤迹玻卞危抖砸锏拿瘢裕校妹癫锏缬窘峁ǎ帷ⅲ狻ⅲ恪ⅲ洹ⅲ濉ⅲ妫╁义希停哄澹模蹋玻埃埃板澹停幔耄澹颍哄澹保保担哄澹保抵昃桑值牡缬窘峁唬保叮阂跣远哉斟义希疲椋纾玻卞澹牛欤澹悖簦颍铮穑瑁铮颍澹螅椋箦澹颍澹笊剑簦箦澹铮驽迕瘢裕校茫义澹穑颍铮洌酰悖簦箦澹铮驽澹跺澹穑幔椋颍箦澹铮驽澹穑颍椋恚澹颍箦澹ǎ幔澹猓澹悖洌澹澹妫╁义希停哄澹模蹋玻埃埃板澹停幔耄澹颍哄澹保保担哄澹遥裕校妹皴澹穑颍铮洌酰悖簦箦
本文编号：2541647
【图文】：
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