广西猪圆环病毒2型全基因组进化分析

发布时间：2019-09-26 00:31

【摘要】：为了调查近几年广西猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株的遗传变异趋势,为猪圆环病毒病(PCVD)的有效控制提供理论指导,对广西不同地区送检的病死保育猪肺及淋巴结样品进行PCV2检测和全基因扩增。应用Laser Gene 7.1和M EGA 4.1软件对PCV2全基因序列进行核苷酸同源性和遗传进化分析,并对开放阅读框(ORF2)氨基酸位点变异进行分析。结果显示,从阳性病料中成功扩增出12条PCV2全基因序列,其中6条PCV2序列属于PCV2d基因型,另外6条属于PCV2b基因型。不同基因型ORF2氨基酸序列分析显示,PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d各个基因型的ORF2氨基酸序列上的位点具有其独特性。本研究发现,近年来广西地区猪群PCV2d基因型的感染病例增多,有可能会替代PCV2b或者与PCV2b共同成为广西地区的主导基因型。
【图文】：

、GXNN1/2016和GXNN2/2016与9株PCV2d基因型参考毒株的核苷酸同源性为98.1％～99.8％，而与10株PCV2b基因型参考毒株的核苷酸同源性为95.7％～96.8％。将本研究中的PCV2全基因序列与28株参考毒株（其中10株PCV2为国内外代表毒株，14株为2002—2007年广西流行毒株，其余4株为2011—2012年广西PCV2流行毒株）进行遗传进化分析，结果（见图3和表1）显示，PCV2可分为4个基因型，分别是PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d，本研究中2014—2016年的12株广表1PCV2全基因序列信息Table1TheinformationaboutthecompletegenomeofPCV2图2PCV2全基因的扩增Fig.2TheamplificationofthecompletegenomeofPCV2M：DNA分子质量标准；1～6：PCV2全基因的扩增产物M：DL2000DNAMarker；1—6：ThePCRproductsofthecompletegenomeofPCV2483

全长/bpFull-length登录号GenBankaccessionnumber基因型GenotypesGXNN2/2014广西南宁Nanning，Guangxi1767KJ956692PCV2bGXQZ1/2015广西钦州Qinzhou，Guangxi1767KY305199PCV2dGXQZ2/2015广西钦州Qinzhou，Guangxi1767KY305200PCV2dGXNN3/2015广西南宁Nanning，Guangxi1767KY305201PCV2bGXNN5/2015广西南宁Nanning，Guangxi1767KY305202PCV2bGXNN1/2016广西南宁Nanning，Guangxi1767KY305203PCV2dGXNN2/2016广西南宁Nanning，Guangxi1767KY305204PCV2d500bp400bp300bp250bp150bp100bp50bpM1234图1PCV2的PCR检测结果Fig.1ThedetectionofPCV2byPCRM：DNA分子质量标准；1、2：PCV2的扩增产物；3：阳性对照；4：阴性对照M：50bpladderMarker；1,2：ThePCRproductsofPCV2；3：Theposi-tivecontr；o4l：Thenegativecontrol病料21份，其中16份病料为PCV2阳性，，部分检测结果见图1。2.2PCV2全基因扩增和序列测定从16份阳性病料中随机选取12份，应用PCV2全基因扩增引物对12份阳性PCV2的全基因进行扩增，扩增产物大小约为1767bp（见图2）。全基因序列经过基因测序鉴定，12条PCV2全基因序列大小均为1767bp，并将所有毒株的全基因序列上传至Gen-Bank基因库，序列信息详见表1。2.3广西PCV2全基因序列同源性分析及遗传进化分析本研究中12株PCV2全基因核苷酸序列之间的同源性为95.8％～100％，与28株参考毒株的核苷酸同源性为93.0％～99.8％；其中与PCV2c基因型的参考序列核苷酸同源性较低，为93.0％～95.1％；GXNN5/2015、GXNN3/2015、GXBH6/2014、GXNN2/2014、GXHX1/2014和GXHX2/2014与10株PCV2b基因型参考毒株的核苷酸同源性较高，为98.0％～99.5％，与9株PCV2d基因型参考毒株的核苷酸同源性为95.6％～96.4?
【作者单位】： 广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室;
【基金】：广西科技攻关重大专项(1222003-2-4) 国家“万人计划”领军人才专项(2016-37-88) 广西特聘专家专项(2011B020)
【分类号】：S852.651

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本文编号：2541712