犬瘟热病毒AH株全基因组序列测定及其分子特征

发布时间：2019-09-27 06:53

【摘要】：本研究对犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)安徽分离株(CDV-AH株)的全基因组序列进行了测定和分析。根据GenBank上已发表的部分CDV基因组全长序列设计了8对特异性引物,RT-PCR方法分段扩增出CDV-AH株的全基因组序列。采用DNAStar软件和MEGA软件对CDV-AH株与其他CDV毒株的基因序列进行了比对和分析,并绘制系统进化树。结果显示,CDV-AH株全长15 690 bp,编码6种结构蛋白(N、P、M、F、H和L),与CDV-PS株核苷酸序列同源性最高,为98.8%,而与CDV-1以及Onderstepoort等疫苗株的序列同源性较低,为92.1%。CDV-AH株在保守区域出现15处氨基酸突变,这些突变对其所编码蛋白结构和功能的影响需要进一步研究。基于H基因序列的系统进化分析表明,CDV-AH株与其他CDV野毒株共同形成一个拓扑群,属于亚洲Ⅰ型。
【图文】：

序列,株基,RT-PCR扩增,基因组结构

rvalsequenceORF位置ORFposition编码氨基酸数Codedaminoacidnumbers5'端间隔序列5'endintervalsequence基因间隔序列GeneintervalsequenceNAGGGUCAAUGA108-1679523AUUAUAAAAAACUUPAGGACCCAGGU1801-3324507AUUAUAAAAAACUUMAGGACACAAGA3432-4439335AUUAAUCAAAACUUFAGGAUCCAGGA4935-6923662AUUAAAGAAAACUUHAGGGCUCAAGU7079-8902607AUUAUAAAAAAACUULAGGAUCCAGGA9030-155842184AUUAUACGAAAAAAAACUA表2CDV-AH株的基因组结构Table2GenomestructureofCDV-AHstrainbpM1234567820001000750500250100图1CDV-AH株基因组不同片段的RT-PCR扩增结果Fig.1AmplificationresultsofthecompletegenomeofCDV-AHstrainbyRT-PCRM:DNA分子量标准;1~8:CDV-AH株1~8段的RT-PCR产物M:DNAMarker;1-8:GenomefragmentsofCDV-AHstrain80005000300020001000750500250100bpM12图23'RACE和5'RACE扩增产物Fig.2.Amplificationproductsof3'RACEand5'RACEM:DNA分子量标准;1:3'RACE扩增产物;2:5'RACE扩增产物M:DNAMarker;1:Amplificationprodutof3'RACE;2:Amplificationproductof5'RACE

基因组结构,株基,RT-PCR扩增

FAGGAUCCAGGA4935-6923662AUUAAAGAAAACUUHAGGGCUCAAGU7079-8902607AUUAUAAAAAAACUULAGGAUCCAGGA9030-155842184AUUAUACGAAAAAAAACUA表2CDV-AH株的基因组结构Table2GenomestructureofCDV-AHstrainbpM1234567820001000750500250100图1CDV-AH株基因组不同片段的RT-PCR扩增结果Fig.1AmplificationresultsofthecompletegenomeofCDV-AHstrainbyRT-PCRM:DNA分子量标准;1~8:CDV-AH株1~8段的RT-PCR产物M:DNAMarker;1-8:GenomefragmentsofCDV-AHstrain80005000300020001000750500250100bpM12图23'RACE和5'RACE扩增产物Fig.2.Amplificationproductsof3'RACEand5'RACEM:DNA分子量标准;1:3'RACE扩增产物;2:5'RACE扩增产物M:DNAMarker;1:Amplificationprodutof3'RACE;2:Amplificationproductof5'RACE
【作者单位】：中国农业科学院上海兽医研究所;西北农林科技大学动物医学院;甘肃农业大学动物医学院;安徽农业大学动物科技学院;
【基金】：国家自然科学基金项目(31270194,31502068) 上海市科技兴农重点攻关项目(2016043) 上海市科委创新项目(13391901602) 公益性农业科研专项(201303046) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2016JB01,31101848)
【分类号】：S852.655

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