旧院黑鸡不同生长发育阶段法氏囊转录组差异分析

发布时间：2020-04-26 03:11

【摘要】：法氏囊是各种病原微生物的靶器官,一些免疫性疾病常使其受损甚至发生萎缩,从而引起免疫抑制,因此对免疫器官的研究是为了更好地了解其免疫状态和机制,为我们的育种工作提供更好的条件。本实验以旧院黑鸡作为实验对象,利用转录组测序技术探索蛋鸡法氏囊的发育分子机制,从中筛选出了影响法氏囊生长和萎缩的主要差异基因,并对差异基因进行了验证;以期阐述差异基因在法氏囊发育及萎缩的整个过程中的调控作用,获得的主要结果如下:(1)通过组织学实验分别得到7、42、90、120日龄的法氏囊组织切片,在显微镜下观察显示在7日龄和42日龄时的法氏囊皮髓部界限清晰,细胞排列紧密并充满淋巴细胞,90日龄、120日龄观察到法氏囊淋巴细胞开始稀疏并消失,髓质部的网状细胞逐渐退化,呈现细胞纤维化。表明法氏囊的生长呈现随日龄增长在不断成熟后逐渐萎缩最后消失的过程;(2)通过转录组测序,12个法氏囊组织样本平均每个文库获得高质量测序数据Q3090%,法氏囊7日龄、42日龄、90日龄和120日龄分别得到20,386,250、20,953,999、20,306,163和20,581,551个reads;测序结果的reads数与家鸡祖先红色原鸡基因组(galGal4)序列进行比对uniquely mapping也均大于90%;说明本研究测序所得数据质量较高,能充分满足后期的分析要求;(3)根据表达量发现,7日龄与42日龄比较,发现5628个差异基因(Fold change1,P0.05),上调差异基因3549个,下调基因2079个;42日龄与90日龄比较,发现593个差异基因(Fold change1,P0.05),其中上调基因有291个,下调基因有312个;90日龄与120日龄比较,共发现327个差异基因(Fold change1,P0.05),其中上调基因131个,下调基因196个;(4)根据GO功能分析结果发现,从7-120日龄,分别主要聚集在胞外区、细胞核、并与免疫应答、细胞增殖、细胞凋亡相关,主要是一些炎症因子和凋亡因子。根据KEGG信号通路分析,主要富集在细胞黏连、细胞吞噬、细胞凋亡的信号通路中,通过对GO和KEGG的综合分析,筛选出9个差异表达基因(SPP1、BICR2、CTNNB1、BMF、SELE、TUBB3、TUBA8、TUBA3E和LMNB2),提示这些基因可能是调控法氏囊生长及萎缩的主要基因;(5)利用qRT-PCR验证了9个差异表达基因在法氏囊生长发育过程中的表达情况,实验结果与转录组的结果基因一致,说明研究结果可以反映法氏囊在生长发育过程中的表达情况;(6)通过免疫荧光实验对筛选的部分差异基因进行蛋白水平验证,对筛选的TUBB3和LMNB2两个基因进行了免疫荧光实验,结果与转录组的结果基因一致,说明TUBB3和LMNB2基因可以翻译成蛋白;综上,法氏囊的生长呈现随日龄增长在不断成熟后逐渐萎缩最后消失的过程,并从转录组层面筛选了鸡法氏囊的基因表达差异(SPP1、BIRC2、CTNNB1、BMF、SELE、TUBB3、TUBA8、TUBA3E、LMNB2基因),这几个基因反应了法氏囊在不同时间断生长发育的特性。为了研究法氏囊生长发育奠定了基础,同时也为以后更好的研究法氏囊的功能奠定了基础,从而为我们的育种工作提供更好的条件。
【图文】：

图 1.1 比较人类和禽类免疫球蛋白(Ig)基因的多样化Fig 1.1 Comparison of human and avian immunoglobulin（Ig）gene diversification1.1.5 与法氏囊发育相关的因子影响法氏囊发育及功能的主要基因 Bcl-2 基因家族是调控细胞凋亡的关键能够抑制细胞凋亡，延长细胞寿命[21]。ERα基因被认为是免疫功能的调节器，用是增强或减弱机体的免疫能力；例如在鸡胚胎时期，雌性激素可以调节鸡孵体抗体的生成，因此认为雌激素能作用于法氏囊，调节法氏囊的生长发育并淋巴细胞的分化和增殖[22]。在法氏囊中发现的白细胞介素（interleukin,IL）主要有IL-6，IL-10，IL-12[23]，他们可能参与调节法氏囊免疫细胞的生长和功能。法自身还存在着一些免疫活性因子，主要是法氏囊组织液中的活性肽和细胞因子法氏囊活性肽：三肽囊素（Bursin）可以促进法氏囊中滤泡 B 淋巴细胞的发育和进而提高抗体水平，增强禽类的免疫力[24]；有研究表明：法氏囊抗类固醇

图 3-1 不同日龄法氏囊组织学结构（HE 染色）；左上为 7 日龄，右上为日龄，左下为 90 日龄，右下为 120 日龄Fig 3-1 The histological structure of bursa of fabricius at different stages ( HEstaining ) 转录组测序结果.1 RNA 质量检测抽提的总 RNA 在冰上融化，混匀后 4℃离心，在浓度与完整性检测前将 RN一定比例进行稀释。利用 NanoDrop 2000 微量分光光度计检测，样品的260/280 比值均在 1.8-2.0 之间，，没有被苯酚、蛋白和其他杂质污染，并通过 Ag0 Bioanalyzer，Agilent RNA6000 Nano kit 检测方法对样本浓度进行精确定量
【学位授予单位】：四川农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S831.2

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 杜波;黄辉;谢辉;张陈华;;南方散养条件下旧院黑鸡生产性能及屠宰性能测定[J];黑龙江畜牧兽医;2018年09期

2 ;旧院黑鸡味道独特 全国热销[J];现代营销(经营版);2016年04期

3 何元青;;旧院黑鸡[J];农村百事通;2015年02期

4 张树周;;旧院黑鸡品质特征及成因[J];四川畜牧兽医;2015年01期

5 秦汉;龙继洪;李江平;李富育;;旧院黑鸡调查及品种资源开发利用进展[J];中国畜禽种业;2013年07期

6 李平;;“旧院黑鸡”规模化养殖后风味的保持[J];中国畜禽种业;2009年01期

7 李宏友;;万源市的旧院黑鸡协会[J];科协论坛;2008年11期

8 李平;;“旧院黑鸡”蛋壳变薄的防治[J];中国畜禽种业;2008年24期

9 罗增伟;旧院黑鸡的利用价值及饲养[J];畜禽业;2001年05期

10 吴名安,吴岗;珍贵稀有鸡种──旧院黑鸡[J];中国禽业导刊;2000年08期

相关会议论文 前2条

1 刘嘉;李富贵;朱庆;王彦;李地艳;尹华东;赵小玲;;旧院黑鸡及其三系配套组合的外貌特征及肉用性能分析[A];中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集[C];2018年

2 屠云洁;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰;;利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性[A];中国畜牧兽医学会2004学术年会暨第五届全国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集（上册）[C];2004年

相关重要报纸文章 前10条

1 冯孔;“旧院黑鸡”为何没做成大产业[N];企业家日报;2019年

2 本报记者 李传君;“旧院黑鸡”为何没做成大产业[N];农民日报;2019年

3 本报记者 孟扬;电商扶贫：金融精准扶贫“新利器”[N];金融时报;2017年

4 本报记者 刘裕国;特色农业奏响富民曲[N];人民日报;2009年

5 本报记者 熊润频　白静;返乡淘金 致富有术[N];四川日报;2012年

6 王永明;“加”出脱贫奔康新能量[N];达州日报;2016年

7 淇河晨报记者 柯其其 通讯员 毕燕周;新天成打造土鸡的“幸福生活”[N];鹤壁日报;2012年

8 本报记者 胡杨;“达州造”何时“名利双收”？[N];达州日报;2013年

9 黄建民;达州农产品商标“危机四伏”[N];中国工商报;2005年

10 武文华 余文书;四川12个产品通过生态原产地保护评定[N];中国国门时报;2015年

相关硕士学位论文 前9条

1 林昊;旧院黑鸡产业化现状及发展问题研究[D];四川农业大学;2017年

2 朱云;旧院黑鸡不同生长发育阶段法氏囊转录组差异分析[D];四川农业大学;2018年

3 庞惠中;旧院黑鸡不同养殖方式下蛋品质分析及茶园养殖综合效益研究[D];四川农业大学;2018年

4 邓中勇;广元灰鸡、旧院黑鸡生产性能的研究分析[D];四川农业大学;2016年

5 罗颂;达州旧院黑鸡良种繁育项目融资研究[D];西南财经大学;2014年

6 张晶鑫;中国13个地方乌骨鸡品种遗传多样性研究[D];扬州大学;2007年

7 满春伟;笼养、散养条件下三种蛋鸡产蛋性能及蛋品质的比较研究[D];四川农业大学;2016年

8 宋悦;家鸡生长激素受体基因外显子10的序列分析[D];四川农业大学;2012年

9 陈志奇;万源市农业产业结构调整研究[D];东北大学;2009年

本文编号：2641018