H9N2亚型禽流感HA基因演化及其内部基因在H5N2亚型流感病毒演化中的作用

发布时间：2020-06-30 00:18

【摘要】：H9N2亚型禽流感(Avian Influenza,AI)是由H9N2亚型禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIV)引起的家禽、野鸟和部分哺乳动物感染的一种低致病性传染病,可导致鸡群的产蛋下降、呼吸道症状和免疫抑制疾病,特别是引起商品肉鸡的混合感染。自1994年首次在广东发现该病以来,已在我国流行20年,如今已成为养鸡场的一种常见的多发病。研究表明,H9N2在持续的免疫压力下,不仅导致病毒基因不断发生突变,产生较多的免疫逃避现象,而且H9N2作为内基因供体在新型禽流感病毒演化中发挥着重要的作用。本研究包括以下三个方面:一、8株H9N2亚型AIV的分离鉴定、序列测定和全基因组序列分析采集山东、河北等省份送检的疑似H9N2亚型AIV感染的家禽气管,肺脏等组织,处理后接种鸡胚分离病毒,以血凝和血凝抑制试验结合RT-PCR鉴定病毒,共分离8株H9N2亚型AIV病毒,分别命名为A/chicken/SD/YT07/2010(简写YT07)、A/Chicken/SD/SIX/2010(SIX)、A/Chicken/SD/S2/2005(S2)、A/Chicken/SD//2009(DY)、A/Chicken/SD/FX/2013(FX)、A/Chicken/SD/HK01/2013(HK01)、A/Chicken/SD/905F1/2013(905F1)和A/Chicken/HB/CZ/2013(CZ)。参照Genebank中H9N2亚型AIV的基因序列,设计了10对引物用于扩增8株病毒的全基因组序列;利用MEGA5.1软件对其8个基因各自绘制系统发育树并进行分析,同时与欧亚经典毒株BJ94、Y280、F98、G和与北美经典毒株Wisconsin 66、Y439的氨基酸序列进行比较。系统发育研究表明:除NA、NS、PB1基因较为保守外,其它5个基因编码的蛋白表现为遗传演化多样性。8株病毒的NA、NS和PB1基因均属于F98-like;HA基因均属于欧亚谱系,其中有2株为BJ94-like,6株为S2-like。NP和PA基因中除1株为BJ94-like,其余均属于F98-like;PB2基因中1株为F98-like,1株为BJ94-like,其余6株均G1-like;M基因除1株为BJ94-like,其余均为G1-like。表明H9N2亚型禽流感病毒流行毒株的8个片段发生了不同程度的重排现象,产生了多种基因型的H9N2病毒。二、HA基因遗传演化及其变异频率探讨采用源于课题组测序、从Gene Bank上下载的国内鸡源H9N2流行毒以及包括7株经典毒株共计183株病毒序列,利用Lasergen7.1和Mega5.1等软件,对其HA基因进行系统演化、分子特征和变异频率分析。系统发育分析表明,近二十年的鸡源H9N2流行株分属于BJ94、Y280和S2等谱系,优势流行株的分布与年代密切相关。氨基酸序列比较显示,H9N2病毒不同谱系之间具有各自的特征,且存在着明显的氨基酸变异积累。以Ck/BJ/1/1994 HA基因为参照,1994~2014年间,H9N2流行株核苷酸和氨基酸的年均进化率分别为5.78×10-3和4.25×10-3。其中,2010~2014年的核苷酸(氨基酸)年均进化率为4.9×10-3(5.32×10-3),明显高于2006~2009年的4.4×10-3(3.7×10-3),更显著高于疫苗推广初期1998~2005年的0.74×10-3(0.50×10-3)。H9N2疫苗株和流行毒株的不匹配是病毒变异频率加快的重要原因。三、H9N2亚型AIV基因作为供体基因在新型H5N2重组病毒中的作用对本试验室分离的三株H5N2亚型AIV(A/chicken/Shijiazhuang/1209/2013,A/chicken/Chiping/0321/2014和A/chicken/Laiwu/0313/2014)进行序列比对和基因进化分析,结果发现,其NA基因与A/chicken/Qianzhou/12/2010(H9N2)的NA基因的核苷同源率达到98.6%-98.9%;另余五个内部基因,PB2,PB1,PA,NP和NS基因分别与A/chicken/Qianzhou/12/2010(H9N2),A/chicken/Jiangsu/Q3/2010(H9N2),A/chicken/Shandong/397/2010(H9N2),A/chicken/Zhejiang/611/2011(H9N2)和A/chicken/Qianzhou/12/2010(H9N2)相应基因高度同源,该研究表明表明H9N2病毒基因作为供体基因在重组病毒中扮演着重要性的角色。
【学位授予单位】：山东农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S852.65

【参考文献】