沙子岭猪和大白猪背最长肌转录组与蛋白组研究
发布时间：2020-08-05 21:49
【摘要】：沙子岭猪是湖南省优良地方品种,其突出特点是肌肉大理石纹明显,肌内脂肪含量可达3.5-4.5%,且氨基酸含量高且种类丰富,无DFD肉和PSE肉。本研究以沙子岭猪和大白猪为研究对象,利用转录组及蛋白组的方法探索不同品种间背最长肌发育的差异表达基因,并分析可能影响肉质形成的分子机制,主要研究工作如下：(1)利用转录组测序技术对25日龄沙子岭猪和大白猪的背最长肌进行转录组分析,获得沙子岭猪Clean reads 29,522,984条,大白猪Clean reads 34,937,710条,将这止匕Clean reads进行de nonve拼接后获得79,320条unigenes,其中可以比对到NR数据库的有23,055条,占29.07%；根据基因表达量发现489个显著差异表达基因(Fold Change=2),其中有297个基因在沙子岭猪背最长肌表达显著上调,有192个基因表达显著下调。(2)利用2-DE电泳技术对沙子岭猪与大白猪背最长肌组织中差异蛋白进行分析,共发现38个显著差异蛋白点,其中在沙子岭猪表达上调的蛋白点有27个,大白猪表达上调的蛋白点有11个；将这些差异蛋白点利用质谱技术MALDI-TOF-TOF/MS进行鉴定,共得到23种蛋白对应36个差异蛋白点,GO分析显示这些差异蛋白参与猪的生长发育调控、能量代谢、细胞骨架组成等重要过程。(3) qRT-PCR验证了8个差异表达基因在背最长肌的表达情况,实验结果与转录组及2-DE结果基本一致,说明研究结果可以反映沙子岭猪与大白猪背最长肌组织基因的表达情况。(4)根据测序获得的序列,实验利用RACE技术分别克隆了与代谢相关的基因NR1H4及JAZF1的cDNA全长,并作了生物信息学分析,利用qRT-PCR技术比较了这2个基因在沙子岭猪及大白猪的背最长肌、心脏、肝脏、肺脏、脾脏、小肠、盲肠、腿肌、肾脏及胰脏共10种组织的表达谱；同时检测了沙子岭猪NR1H4基因及JAZF1基因是否存在SNP位点,发现在NR1H4基因的3'-UTR区存在一个G/A突变位点。
【学位授予单位】：湖南农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S828
【图文】：
ａｌ．邋２００２）。逡逑１N２骨骼肌发育的调节逡逑骨骼肌发育是一个高度复杂的调节过程（图１－１），从化胎期发育开始到成年个体逡逑骨骼肌的修复，一些调节骨骼肌发育的基因或基因家族也逐渐被人们所认识。逡逑１N２．１邋Ｐａｘ巧口Ｐａｘ７基因调节逡逑Ｐａｘ３和Ｐａｘ７基因是肌祖细胞重要的两个转录因子，Ｐａｘ３基因除了在胚胎期发育阶逡逑段的肌细胞表达外也在背神经管、神经细胞等组织表达，如果在胚胎期由于损伤或感逡逑１逡逑
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本文编号：2781920
【学位授予单位】：湖南农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S828
【图文】：
ａｌ．邋２００２）。逡逑１N２骨骼肌发育的调节逡逑骨骼肌发育是一个高度复杂的调节过程（图１－１），从化胎期发育开始到成年个体逡逑骨骼肌的修复，一些调节骨骼肌发育的基因或基因家族也逐渐被人们所认识。逡逑１N２．１邋Ｐａｘ巧口Ｐａｘ７基因调节逡逑Ｐａｘ３和Ｐａｘ７基因是肌祖细胞重要的两个转录因子，Ｐａｘ３基因除了在胚胎期发育阶逡逑段的肌细胞表达外也在背神经管、神经细胞等组织表达，如果在胚胎期由于损伤或感逡逑１逡逑
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本文编号：2781920
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