TLRs介导的天然免疫应答在贾第虫致病中的作用及机制
【学位单位】:吉林大学
【学位级别】:博士
【学位年份】:2018
【中图分类】:S852.4
【部分图文】:
图 3.1 文库构建流程Fig 1.1 The construction process of the library数据的生物信息学分析据预处理以去除低质量区域和衔接子序列。使用 TopH 贾 第 虫 转 录 组 进 行 比 对 ( A 型 , WB 株 ,b.org/Giardiadb/;(38,39))。 HTSeq 计数统计出每个基 R 包中的 edgeR 对差异表达基因(DEG)进行鉴定(标准化为每百万个读数(RPM)在不同样品之间进行,并且仅保留至少两个样品中具有至少 1RPM 表达水。将具有以下标准的基因设定为显着 DEGs 的阈值: 株的贾第虫的基因显示至少两倍的表达改变,校正的 p(倍数变化)| > 1。随后,使用 GOseq R 软件包基于富集分析,校正的 p 值阈值设置为 0.05。生物信息学
图 1.2 生物信息学分析流程Fig 1.2 Bioinformatics analysis process1.2.15 差异基因荧光定量验证为了验证 RNA-seq 分析得到的差异基因结果,我们使用与 RNA 测序相同的 RNA 样品反转录后,随机挑选了(GL50803_101589),葡萄糖-6-磷酸 N-乙酰转移酶(GL50803_14259),VSP(GL50803_115742),组织蛋白酶 L 前体(GL50803_9548),NADP 特异性谷氨酸脱氢酶(GL50803_21942),假定 RNA解旋酶(GL50803_6616),ATP 依赖性 RNA 解旋酶样蛋白(GL50803_15048),假定蛋白(GL50803_17354),核仁蛋白 NOP2(GL50803_16948)和鞭毛相关蛋白(GL50803_41512)等 10 个 RNA-Seq 数据进行 qRT-PCR 分析验证。所有用于qRT-PCR的引物均使用Primer 6软件设计并由Sangon Biotech(中国上海)合成。所有荧光定量使用的引物如下:
图 1.3 贾第虫滋养体A,B,C 分别代表贾第虫携病毒株、无病毒株以及 VIG 株滋养体Fig 1.3 Giardia trophozoites,C represents GLV-containing、GLV-free、VIG(GLV-infected Giardia) Giardstrain, respectively 携病毒、无病毒以及 VIG 株贾第虫滋养体总 RNA 提取验证将提取的各虫株滋养体总 RNA 进行琼脂糖凝胶电泳,以验证虫株的准确发现,无病毒株贾第虫滋养体总 RNA 只有 3 条核糖体 RNA 带,而携病新构建的 VIG(即 GLV-infected Giardia)虫株均含有 4 条带,且二者最带均为 6.3kb 左右,与已报道的贾第虫病毒条带大小吻合,得到的 VIG 稳定携带贾第虫病毒。RNA 在 260/280 的吸收值比在 1.80-2.00 之间,说的总 RNA 质量良好,可进行后续实验。结果见图 1.4。15000M 1 2 3
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