香猪繁殖性状相关SNPs的多态性研究

发布时间：2017-04-02 19:11

  本文关键词：香猪繁殖性状相关SNPs的多态性研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：香猪是我国稀有的优良地方微型猪种,与大白猪、荣昌猪相比,香猪的繁殖生理特性明显的不同,如产仔数低、性成熟早,但香猪繁殖率低的生理特性调控机制还不太清楚。本论文是利用Illumina Porcine SNP60K芯片进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS),得出与繁殖性状相关联候选单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点。采用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)方法对6个与繁殖相关的候选SNP:ASGA0076852、M1GA0008617、ASGA0020493、DIAS0003365、H3GA0056106、ALGA0115838进行大样本验证,得到以下结果:1.ASGA0076852多态性位点ASGA0076852(rs80839320)位于谷胱甘肽合成酶(glutathione synthetase,GSS)基因的第三内含子,rs80839320位点的高产香猪的A等位基因频率低于低产香猪的相应值(P0.01),与香猪二胎产仔数、三胎产仔数呈弱的负相关。6个猪品种在ASGA0076852位点基因型分布存在多态性。6个猪群之间相比:香猪的A等位基因明显高于糯谷猪、黔北黑猪、大白猪的相应值(P0.01);柯乐猪A等位基因明显低于糯谷猪(P0.01),低于黔北黑猪(P0.05);糯谷猪、黔北黑猪的A等位基因明显高于荣昌猪和糯谷猪的相应值(P0.01)。2.M1GA0008617多态性位点M1GA0008617(rs81388211)位于基因间,rs81388211位点的高产香猪的D等位基因频率高于低产香猪的相应值(P0.01),与香猪二胎产仔数、三胎产仔数呈弱的正相关。4个贵州地方猪品种、荣昌猪和大白猪在rs81388211位点均存在多态性。6个猪品种之间相比:大白猪C等位基因频率明显高于其它5个猪品种的相应值(P0.01);荣昌猪D等位基因频率明显低于柯乐猪和香猪的相应值(P0.01),也低于黔北黑猪(P0.05);贵州4个地方猪品种之间没有明显(P0.05)。3.ASGA0020493多态性位点ASGA0020493(rs80951600)位于TBX19(T-box 19)基因的外显子3中,为C/T单核苷酸变异,引起错义突变,m RNA由ACC变为GCC,导致189位的氨基酸(amina acid,AA)由苏氨酸(threonine,Thr)变为丙氨酸(alanine,Ala)。rs80951600位点在高产香猪的E等位基因频率高于低产香猪相应值,(卡方检验P值为0.073接近0.05)与香猪二胎产仔数、三胎产仔数呈弱的正相关。6个猪品种在ASGA0020493位点的基因型分布存在多态性。6个猪品种之间相比:大白猪的等位基因E频率高于荣昌猪和4种贵州地方猪品种的相应值(P0.01);荣昌猪等位基因E频率低于糯谷猪和黔北黑猪相应值(P0.01);柯乐猪的E等位基因频率明显高于糯谷猪和黔北黑猪相应值(P0.01);香猪等位基因E频率低于糯谷猪相应值(P0.05)。4.DIAS0003365多态性位点DIAS0003365(rs81213998)位点位于MKLN1(muskelin 1,intracellular mediator containing kelch motifs)基因的外显子18,rs81213998位点高产香猪的E等位基因频率与低产香猪的相应值没有差异(P0.05),与香猪的一胎、二胎、三胎的产仔数没有相关性。4个贵州地方猪品种在rs81213998位点存在多态性。猪品种之间相比,香猪的等位基因G明显高于柯乐猪、糯谷猪、黔北黑猪的相应值(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪和柯乐猪之间的差异不明显(P0.05)。5.H3GA0056106和ALGA0115838多态性位点H3GA0056106(rs81320066)和ALGA0115838(rs81345180)位于基因的间隔区,rs81320066和rs81345180位点高产香猪的J和K等位基因频率与低产香猪的相应值没有差异(P0.05)。综上,ASGA0076852、M1GA0008617位点可能是香猪繁殖相关的微效SNP位点;ASGA0020493位点的多态性可能反映了猪品种的进化信息;DIAS0003365位点可能与猪品种的生长表型有关。
【关键词】：香猪 芯片 SNP位点 GWAS 关联分析 基因型
【学位授予单位】：贵州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S828
【目录】：

• 中文摘要6-8
• SUMMARY8-11
• 第一章 前言11-19
• 1.1 论文中的猪品种11-13
• 1.1.1 从江香猪11-12
• 1.1.2 柯乐猪12
• 1.1.3 糯谷猪12
• 1.1.4 黔北黑猪12-13
• 1.1.5 荣昌猪13
• 1.1.6 大白猪13
• 1.2 全基因组多态性研究13-18
• 1.2.1 SNP的研究进展14-17
• 1.2.1.1 SNP的简介14
• 1.2.1.2 SNP检测的方法14-17
• 1.2.2 全基因组关联分析17-18
• 1.3 研究目的和意义18-19
• 第二章 材料与方法19-35
• 2.1 实验材料及试剂19-23
• 2.1.1 实验材料19-21
• 2.1.2 主要试剂21-22
• 2.1.3 主要溶液的配制22
• 2.1.4 主要仪器设备22-23
• 2.2 实验方法23-34
• 2.2.1 组织/血液基因组DNA的提取23-25
• 2.2.2 猪全基因组SNP研究25-27
• 2.2.3 AS-PCR分析27-34
• 2.3 数据处理34-35
• 第三章 结果35-61
• 3.1 香猪产仔数分析35
• 3.2 组织基因组DNA提取35-36
• 3.3 SNP分型36-61
• 3.3.1 SNP的获得36-42
• 3.3.2 ASGA0076852多态性位点42-46
• 3.3.3 M1GA0008617多态性位点46-50
• 3.3.4 ASGA0020493多态性位点50-53
• 3.3.5 DIAS0003365多态性位点53-57
• 3.3.6 H3GA0056106多态性位点57-59
• 3.3.7 ALGA0115838多态性位点59-61
• 第四章 讨论61-67
• 4.1 ASGA0076852多态性位点61-62
• 4.2 M1GA0008617多态性位点62-63
• 4.3 ASGA0020493多态性位点63-64
• 4.4 DIAS0003365多态性位点64-66
• 4.5 H3GA0056106和ALGA0115838多态性位点66-67
• 第五章 小结67-68
• 参考文献68-75
• 缩略词表75-77
• 致谢77-78
• 附录78

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本文编号：283010