饲粮添加壳聚糖对仔鹅生产性能、肠道微生物组成的影响
【学位单位】:扬州大学
【学位级别】:硕士
【学位年份】:2018
【中图分类】:S835.5
【部分图文】:
2.1基因组DNA提取结果??按照上述方法提取肠道微生物总DNA,并用DNA定量仪测定其浓度,1%??的琼脂糖电泳检测结果如图5-1所示,得到的目的片段大小在2000bp左右,且??A、C、E组DNA的含量较高,完整性保存较好。E组呈现拖尾现象,说明有部??分DNA降解,但降解程度较小。??图5-丨菌群总DNA琼脂糖电泳??备注:1-A1?2-A2?3-A3?4-B1?5-B2?6-B3?7-C1?8-C2?9-C3??10-D1?11-D2?12-D3?13-El?14-E2?15-E3??2.2?PCR扩增结果??微生物总的DNA经16SrRNAV3区引物扩增后采用2%浓度的琼脂糖凝胶??进行电泳检测,结果如图5-2所示,扩增效果较好,均可得到约150?bp的PCR??产物,可以用于后续分析。??
为研宄样品的物种组成多样性,对所有样品的有效序列进行聚类分析,以??97%的一致性将序列聚类成为OTUs,然后对OTUs的代表序列进行物种注释。??如图5-3所示,所有样品共得到273360序列,其中A、B、C、D、E组总序列??即为有效序列分别为61058.、44936、58706、63203、45457用于0TU聚类后续??分析;分类的Tags数目分别为58277、43235、56986、60072、43751可用于构??建OTUs并获得注释信息;每个肠道样品的OTU数目表现出较高的丰度和多样??性,所有样品得到共得到5034个OTUs,单个样品得到的OTUs数目分别为908、??1318、1042、858、918;特殊序列频数为1,无法被聚类到OTUs,不用于后续??分析。??70000??mm?m?圓圍???SIKD0?II?pi??怠序列教??M?■〇〇?_丨?■分类序列??列?II?II?II?II?II?數??^?30000?II?II?IB?*?鐘_??mm?II?^?i?*.o;u教??-I?I?I?I?I??A?B?C?D?E??图5-3样品序列与OTU数目统计??2.4物种分布??
:ii:)y?;:?:;b^??图5-2菌群16s?rRNA?V3区PCR扩增??备注:1-A1?2-A2?3-A3?4-B1?5-B2?6-B3?7-C1?8-C2?9-C3??10-D1?11-D2?12-D3?13-El?14-E2?15-E3??2.3测序收获水平??为研宄样品的物种组成多样性,对所有样品的有效序列进行聚类分析,以??97%的一致性将序列聚类成为OTUs,然后对OTUs的代表序列进行物种注释。??如图5-3所示,所有样品共得到273360序列,其中A、B、C、D、E组总序列??即为有效序列分别为61058.、44936、58706、63203、45457用于0TU聚类后续??分析;分类的Tags数目分别为58277、43235、56986、60072、43751可用于构??建OTUs并获得注释信息;每个肠道样品的OTU数目表现出较高的丰度和多样??性,所有样品得到共得到5034个OTUs,单个样品得到的OTUs数目分别为908、??1318、1042、858、918;特殊序列频数为1,无法被聚类到OTUs,不用于后续??分析。??70000??mm?m?圓圍???SIKD0?II?pi??怠序列教??M?■〇〇?_丨?
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本文编号:2848266
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