基于16S rRNA技术研究菌群移植调控肉鸡回肠和盲肠微生物组的机制
发布时间：2021-01-06 02:09
本研究的目的是探索菌群移植对肉鸡生长性能和回肠、盲肠微生物组的影响,并探讨肉鸡菌群移植替代抗生素的可行性。试验选择480只体重相近的1日龄AA雄性肉鸡,试验随机分为4个处理,每个处理120只鸡,每10只为一个重复。试验处理为日粮（有抗、无抗）和接种（接种,不接种）两个试验因素组合成4个处理。其中有抗日粮在基础日粮中添加100mg/kg金霉素,无抗日粮为不添加任何抗生素的基础日粮。基础日粮采用玉米-豆粕-棉粕型日粮。占位菌接种组于1日龄和2日龄各灌服占位菌原液0.3 ml/只,共灌服2d。试验期42 d。结果如下:菌群移植对肉鸡生长性能的影响研究分别于21和42日龄以重复为单位称重、结料,计算各生长阶段平均体重、平均日增重、平均日耗料和饲料转化效率。结果表明,全群肉鸡死淘率为4.58%,鸡只健康状况良好;饲料添加抗生素和鸡只接种占位菌未影响肉鸡各生长阶段的死淘率（P>0.05）;饲料添加抗生素和鸡只接种占位菌均未影响肉鸡生长前期和后期平均体重、日增重、日采食量和饲料转化率（P>0.05）。菌群移植对肉鸡回肠和盲肠微生物组的调控机制研究利用Illumina MiSeq测序平台进...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：58 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３－１信息交互分类图
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【参考文献】：
期刊论文
[1]SPF鸡粪菌移植对雏鸡肠道菌群和大肠杆菌抗药性的影响[J]. 朱见深,王进文,张庆,骆延波,李璐璐,胡明,宋新慧,戴美学,齐静,刘玉庆. 山东农业科学. 2018(07)
[2]金霉素对肉鸡生产性能及腹脂沉积的影响研究[J]. 宋新磊,刘国文,李勇,席鹏彬,林刚,王哲. 饲料工业. 2018(09)
[3]粪菌移植在艰难梭菌感染治疗中的应用[J]. 向丽园,张发明. 临床荟萃. 2018(05)
[4]菌群移植体系建设的理念[J]. 张发明,龙楚彦. 转化医学杂志. 2018(01)
[5]移植不同饲料利用效率猪的粪便可定向改变伪无菌小鼠的生长性能[J]. 李天天,何贝贝,李娜,刘婷,时梦,肖英平,杨华,展德文,王军军. 中国实验动物学报. 2018(02)
[6]家禽肠道微生物稳定性影响因素及其生理功能研究进展[J]. 王姝妹,卢立志. 中国家禽. 2017(15)
[7]粪菌移植体系的整体整合医学思考[J]. 张发明,龙楚彦,李潘. 生命科学. 2017(07)
[8]高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征[J]. 张亚楠,魏单平,韩瑞丽,张彦庭,刘小军,康相涛,王彦彬. 中国兽医学报. 2017(06)
[9]饲用不同抗生素对肉鸡生长性能的影响[J]. 王满红,肖欢平,陈桂林,李永刚. 饲料研究. 2017(10)
[10]粪菌移植的方法学及其治疗炎症性肠病的研究进展[J]. 向杰,张发明,黄光明. 胃肠病学. 2016(02)
博士论文
[1]地衣芽孢杆菌对蛋鸡生产性能的影响及机理研究[D]. 雷凯.浙江大学 2015
硕士论文
[1]粪菌移植治疗慢性功能性便秘和溃疡性结肠炎的临床研究[D]. 田艳.成都医学院 2018
[2]不同饲养环境对蛋鸡健康的影响[D]. 林晓艳.山东农业大学 2018
[3]菌群移植对家兔生产性能、盲肠微生态和免疫性能的影响[D]. 宋冰.西北农林科技大学 2017
[4]不同偏热环境对肉鸡盲肠菌群多样性与氮代谢的影响[D]. 彭骞骞.河北工程大学 2016
[5]基于16SrRNA基因的食源性致病菌的实时荧光PCR检测研究[D]. 刘玲雪.山东师范大学 2016
[6]微生物16S rRNA基因序列分类单元（OTUs）聚类算法的设计与实现[D]. 邓飞龙.四川农业大学 2016
[7]采用ERIC-PCR技术研究鸡白痢、新城疫感染雏鸡及健康鸡肠道菌群结构[D]. 李犹平.四川农业大学 2007
本文编号：2959722
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：58 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３－１信息交互分类图
?＇‘：文々．霧??Ｉ?＾?％??图３－１信息交互分类图。圆圈从内到外依次代表门、纲、目、科、属和种六个分??类水平，扇形的大小反映了不同分类单元的相对丰度高低，并给出具体数值??Ｆｉｇｕｒｅ?３－１?Ｔａｘｏｎｏｍｙ?ｏｆ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ．?Ｔｈｅ?ｃｉｒｃｌｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ??ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｌｅｖｅｌｓ?ｏｆ?ｐｈｙｌｕｍ，?ｃｌａｓｓ，?ｏｒｄｅｒ，?ｆａｍｉｌｙ，?ｇｅｎｕｓ?ａｎｄ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｆｒｏｍ?ｔｈｅ?ｉｎｓｉｄｅ??ｔｏ?ｔｈｅ?ｏｕｔｓｉｄｅ?ｓｕｃｃｅｓｓｉｖｅｌｙ．?Ｔｈｅ?ｓｉｚｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｅｃｔｏｒ?ｒｅｆｌｅｃｔｓ?ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｉｖｅ?ａｂｕｎｄａｎｃｅ?ｏｆ??ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｕｎｉｔｓ?ａｎｄ?ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｖａｌｕｅｓ??２．２分类操作单元划分??试验获得１３９６２９条高质量序列（表３－１?）。对照组每个样品平均有５７０６个序??列，而菌群移植组有５９３０个序列。所有样品共包括１９０５７个ＯＴＵ?（图３－２）。基??于９７％相似性，对照组盲肠包括９个菌门、１６个纲、１８个目、２７个科、５３个属??和９２个种，而对照组回肠包括３个菌门、６个纲、７个目、９个科、１０个属和??２５个种。菌群移植组的盲肠检测出８个菌门、１５个纲、１６个目、２５个科、１９??个属和８７个种，回肠检测出２个菌门、４个纲、５个目、６个科、７个属和１９??个种。对照组和菌群移植组有４１７个共有ＯＴＵ?（图３－３），对照组检测数１９３个??特有ＯＴＵ
ｉｔ?ｗａｓ?ｐｏｓｓｉｂｌｅ）?ａｎｄ?ａｒｅ?ｒｅｐｏｒｔｅｄ?ａｓ?ｍｅａｎｓ?ｏｆ?ｅａｃｈ?ｇｒｏｕｐ?（ｇｌｏｂａｌ?Ｒ?＝?０．７１?Ｐ?＜?０．００１，??Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ）??对照组和菌群移植组有４１７个共有ＯＴＵ?（图３－３），对照组检测出１９３个特??有ＯＴＵ，而菌群移植组检测出１９１个特有ＯＴＵ。??，，＇Ｖ：?＿?＾?，?．??，．?－??Ａ?Ｂ??？?．龜??…????６１０?４１７?６０８??？?＇?＾?＾?％?＞？??，、?＼??．．．．?．奪＿＿鑛＿＿驛．??雙電參釋费漱鱗■Ｉ：？曾以??图３－３共有ＯＴＵ的韦恩氏图。圆Ａ表示对照组盲肠（Ｍ１－Ｍ６）和回肠（Ｈ１－Ｈ６）??样品。圆Ｂ表示菌群移植组盲肠（Ｍ１３－Ｍ１８）和回肠（Ｈ１３－Ｈ１８）样品??Ｆｉｇｕｒｅ?３－３?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ｃｏｍｍｏｎ?ＯＴＵ．?Ｃｉｒｃｌｅ?Ａ?ｉｎｄｉｃａｔｅｓ?ｃｅｃｕｍ?（Ｍｌ—Ｍ６）?ａｎｄ??ｉｌｅｕｍ?（Ｈ１－Ｈ６）?ｓａｍｐｌｅｓ?ｗｉｔｈｏｕｔ?ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ?ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．?Ｃｉｒｃｌｅ?Ｂ?ｉｎｄｉｃａｔｅｓ?ｃｅｃｕｍ??（Ｍ１３－Ｍ１８）?ａｎｄ?ｉｌｅｕｍ?（Ｈ１３－Ｈ１８）?ｓａｍｐｌｅｓ?ｗｉｔｈ?ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ?ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ??２．３?ａ和ｐ多样性??对照组盲肠样品中的Ｃｈａｏｌ、ＡＣＥ、Ｓｉｍｐｓｏｎ和Ｓｈａｎｎｏｎ指数分别为２９５．６４、??３２８．７９、０．９５?和?５．７０
【参考文献】：
期刊论文
[1]SPF鸡粪菌移植对雏鸡肠道菌群和大肠杆菌抗药性的影响[J]. 朱见深,王进文,张庆,骆延波,李璐璐,胡明,宋新慧,戴美学,齐静,刘玉庆. 山东农业科学. 2018(07)
[2]金霉素对肉鸡生产性能及腹脂沉积的影响研究[J]. 宋新磊,刘国文,李勇,席鹏彬,林刚,王哲. 饲料工业. 2018(09)
[3]粪菌移植在艰难梭菌感染治疗中的应用[J]. 向丽园,张发明. 临床荟萃. 2018(05)
[4]菌群移植体系建设的理念[J]. 张发明,龙楚彦. 转化医学杂志. 2018(01)
[5]移植不同饲料利用效率猪的粪便可定向改变伪无菌小鼠的生长性能[J]. 李天天,何贝贝,李娜,刘婷,时梦,肖英平,杨华,展德文,王军军. 中国实验动物学报. 2018(02)
[6]家禽肠道微生物稳定性影响因素及其生理功能研究进展[J]. 王姝妹,卢立志. 中国家禽. 2017(15)
[7]粪菌移植体系的整体整合医学思考[J]. 张发明,龙楚彦,李潘. 生命科学. 2017(07)
[8]高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征[J]. 张亚楠,魏单平,韩瑞丽,张彦庭,刘小军,康相涛,王彦彬. 中国兽医学报. 2017(06)
[9]饲用不同抗生素对肉鸡生长性能的影响[J]. 王满红,肖欢平,陈桂林,李永刚. 饲料研究. 2017(10)
[10]粪菌移植的方法学及其治疗炎症性肠病的研究进展[J]. 向杰,张发明,黄光明. 胃肠病学. 2016(02)
博士论文
[1]地衣芽孢杆菌对蛋鸡生产性能的影响及机理研究[D]. 雷凯.浙江大学 2015
硕士论文
[1]粪菌移植治疗慢性功能性便秘和溃疡性结肠炎的临床研究[D]. 田艳.成都医学院 2018
[2]不同饲养环境对蛋鸡健康的影响[D]. 林晓艳.山东农业大学 2018
[3]菌群移植对家兔生产性能、盲肠微生态和免疫性能的影响[D]. 宋冰.西北农林科技大学 2017
[4]不同偏热环境对肉鸡盲肠菌群多样性与氮代谢的影响[D]. 彭骞骞.河北工程大学 2016
[5]基于16SrRNA基因的食源性致病菌的实时荧光PCR检测研究[D]. 刘玲雪.山东师范大学 2016
[6]微生物16S rRNA基因序列分类单元（OTUs）聚类算法的设计与实现[D]. 邓飞龙.四川农业大学 2016
[7]采用ERIC-PCR技术研究鸡白痢、新城疫感染雏鸡及健康鸡肠道菌群结构[D]. 李犹平.四川农业大学 2007
本文编号：2959722
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