多房棘球蚴感染小鼠肝脏差异表达circRNA筛选及其ceRNA网络构建

发布时间：2021-01-16 01:12

　　环状RNA（circular RNA,circRNA）是由反向剪接（back-splicing）过程产生的共价闭合环状RNA。具有在真核生物中含量丰富,进化上保守,呈现组织特异性表达,高度稳定,可在神经组织中随衰老而累积等特点。circRNA可以通过竞争剪接方式与其对应的线性RNA产物进行顺式调节。棘球蚴病（echinococcosis）俗称包虫病（hydatidosis/hydatid disease）,是由棘球属（Echinocococcus）绦虫的幼虫寄生于人和动物的肝脏、肺脏等组织器官而引起的一种重要的人兽共患寄生虫病。由多房棘球绦虫（E.multilocularis,Em）的幼虫即多房棘球蚴引起的疾病称多房棘球蚴病（alveolar echinococcosis,AE）又名泡型棘球蚴病或泡型包虫病,是一种广泛分布于北半球的人兽共患寄生虫病,为自然疫源性疾病。每年大约新增患者17,400例,其中大部分发生在中国。多房棘球蚴可以寄生于中间宿主的肝、肺等组织器官,像恶性肿瘤一样,从组织器官向体腔内蔓延生长,故多房棘球蚴病又称为“虫癌”。它危害宿主的方式主要是通过夺取宿主营养物质、机... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：51 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

circRNA芯片质控箱线图

中国农业科学院硕士学位论文第二章多房棘球蚴感染小鼠肝脏差异表达circRNA的筛选与验证243-43-5图2-4.circRNA芯片扫描图Fig.2-4ScanningimagesofcircRNAmicroarray2.3.5差异circRNA的筛选将原始数据导入GeneSpring软件（version14.8,AgilentTechnologies），将原始数据标准化便于后续的数据分析，筛选标准：P<0.05及log2(foldchange)>2或log2(foldchange)<2。结果表明，感染多房棘球蚴30d的小鼠肝与对照组比较，差异circRNA上调表达的有201个，下调表达的有9个，总差异circRNA共计210个，差异circRNA的基因长度主要集中在1000bp以内（见图2-2）。绘制散点图(scatterplot)，用于评估两组数据总体分布集中趋势（见图2-3）。落在图形中y=x直线（图上的中位线）上的点，代表差异倍数是1，中位线两侧的点，其代表这个探针点在两张芯片中信号值差异FoldChange>2,中位线上侧区代表2倍上调基因；中位线下侧区代表2倍下调基因。

中国农业科学院硕士学位论文第二章多房棘球蚴感染小鼠肝脏差异表达circRNA的筛选与验证25图2-2两组差异circRNA转录本大小分布Fig.2-2Size(nt)distributionoftranscriptswithdifferentiallyexpressedcircRNAs图2-3两组差异circRNA散点图Fig.2-3ScatterplotofdifferentiallyexpressedcircRNA2.3.6circRNA的差异表达分析与qPCR验证随机选取6个circRNA进行qPCR验证，结果（见图2-5）显示，6个circRNA变化趋势与芯片结果一致，4个上调基因和2个下调基因都有统计学意义（P＜0.05），表明芯片测序结果可58514556010203040506070小于300nt300-500nt500-1000nt大于1000nt数量numbercircRNA分子大小SizeofcircRNAs


本文编号：2979858