鸭疫里默氏杆菌OEP基因表达、不同浓度四环素条件下OEP表达量的差异
发布时间：2021-01-20 06:39
本论文对鸭疫里默氏杆菌（Riemerella anatipestifer, RA）外膜外排基因做了以下的一些研究：RA （outer membrane efflux protein, OEP）外膜外排蛋白基因核苷酸生物学特性分析、该基因编码的蛋白生物学特性分析、外膜外排基因的T克隆及亚克隆、原核表达、重组蛋白的纯化、兔抗RA外膜外排基因多克隆抗体的制备、多克隆抗体的粗提、用实时荧光定量PCR的方法来检测RA外膜外排蛋白基因表达量与RA耐四环素的关系。结果如下：1.RA外膜外排蛋白基因生物信息学分析该基因有一个完整的ORF,其基因片段长度为1437bp,NCBI BLASTN进行序列比对发现该基因与GenBank上提交的RACH-2和RAATCC11845的外膜外排蛋白基因序列相似度最高,对RAOEP基因密码子偏嗜性分析显示该基因密码子的偏性比较弱并且没有2个以上的稀有密码子串。系统进化树分析该蛋白质与RACH-2和RAATCC11845外膜外排蛋白的亲缘关系最近,并且还属于同一分支,有信号肽,但没跨膜区,抗原表位相对集中,有4种不同的功能位点,即分别为蛋白激酶C磷酸化位点、N-豆蔻酰化...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：46 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１夕Ｉ、膜夕陆睡白家族的大体结构??巧ｇｌ?Ｔｈｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?ｏｕｒ?ｍｅｍｂｒａｎｅ?ｅｆｆｌｕｘ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｆａｍｉｌｙＰ］??
疏水性有利于蛋白质向内折叠形成二级结构，进一步形成结构域，王级结构等，最根??本的是利于形成ａ螺旋，保证其稳定性。疏水作用及疏水和亲水之间的平衡在蛋白质结构??与功能方面起着重要的作用用在线分析工具将氨基酸序列输入，分析结果如图２，整个蛋．??白质疏水性最大值是３．００，最小值是－２．４７９，１０－２０位氨基酸蛋白质疏水性最强。??？?〇?一?＊?口?一—?—?ｒ?？？？?一??９?－?Ｉ?＊?＇?Ｈ?ｉ？＇Ｋｉ?？ｂ?－?￣＾￣＇??＇－叫’…Ｉ－?＇?麵?［１?；；?ｊ?ｊｌ?－??ｉ?．｝?ｋ?ｉｌ／｜?ｋ?ｉ?Ｊ?ｊ?／｛?ｉｉ?％?兰！ｌ?／ｕ！ｌｌ?ｉ（ｌ??。－．＇ｙ画Ｙ专窄卽％］伽??＊＊?＇?ｉｉ?Ｉ?ｉ＼?ｊ??■Ｓ＇????．‘．Ｉ－?ｒＩ－－＇－－…：＇．‘Ｉ－…—??－?．．‘報?＾?－??—３?Ｉ，，?一，?■！■?－－?—?，?－?Ｉ?１?Ｉ?１?Ｉ?１?Ｉ?．?Ｉ?Ｉ?，?Ｉ?？???ｓｅ?１６６?１?ｓｅ?ｓｅｅ?ｓｓｅ?ｓｅｅ?ｓｓｅ?４ｓｅ?????ｆ．ＳＭ?々．円???????图２?ＲＡＯＥＰ蛋白质疏水性分析??巧昏２?Ｔｈｅ?ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ?ｒｅｓｕｈ?ｏｆ?ｈｙｄｒｏｐＨｏｂｉｃｉｔｙ?ｏｆ?ｔｈｅ?ＲＡ?ＣＥＰ?ｇｅｎｅ??３．?１．４?ＲＡＯＥＰ蛋白抗原表位分析??抗原表位即抗原决定簇，是指抗原分子中决定抗原特异性的特殊化学集团。抗原是通??过它与相应的淋己细胞表面的抗原进行抗原受体结合
过它与相应的淋己细胞表面的抗原进行抗原受体结合，进而激活淋己细胞，引起免疫应备??抗原的特异性是由抗原表位的性质、数目和空间构型决定的。利用ＢｅｐｉＰｒｅｄ?１．０?Ｓｅｒｖｅｒ进行??蛋白质抗原表位分析，结果如图３，发现该蛋白质抗原表位主要集中在２２－２８、３５－巧、??１０５－１０７、１１７－１４２、２６９－２７５、２８５－２９０、２９７－３０２、４７５￣４７８?位難酸。??ｉ?ｗｒ?Ｉｆ?ｆ?Ｗｉｎ?Ｔｎ?Ｙ?？?ｔＲ?ｉｆ?Ｉ??ｉ?■??？?１????图３?ＲＡＯＥＰ蛋白质抗原表位预测??Ｆｉｇ．３?Ｔｈｅ?ｅｐｉｔｏｐｅ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＲＡ?ＯＥＰ?ｐｒｏｔｅｉｎ??３．１．５?ＲＡ?ＯＥＰ蛋白功能位点分析??通过在线工具分析，ＲＡＯＥＰ蛋白有多个功能位点，其中Ｎ－糖基化位点６个，蛋白激??酶Ｃ憐酸化位点５个，Ｎ－豆憲醜化位点２个，酪蛋白激酶ＩＩ稱酸化位点８个。??３．?１．６?ＲＡ?ＯＥＰ蛋白權酸化位点预测分析??将ＲＡ０ＢＰ基因编码氨基酸序列在线预测
【参考文献】：
期刊论文
[1]实时定量PCR技术及其应用[J]. 刘彩云,刘洪祥,王凤龙. 安徽农业科学. 2011(05)
[2]鸭瘟病毒dUTPase基因克隆、原核表达及在病毒感染宿主亚细胞中的定位分析[J]. 招丽婵,程安春,汪铭书,袁桂萍,贾仁勇,周登春,葛菡,孙涛,陈孝跃. 畜牧兽医学报. 2008(08)
[3]实时荧光定量PCR技术研究进展及应用[J]. 张贺,李波,周虚,谭建华. 动物医学进展. 2006(S1)
[4]大肠杆菌中外源蛋白高效表达的影响因素及策略研究的新进展[J]. 卢晟晔,王丽颖. 中国实验诊断学. 2006(09)
[5]牛疱疹病毒Ⅰ型gB基因的原核表达及产物的抗原性分析[J]. 吴春涛,王建华,侯艳梅,赵祥平,霍蕾,董志珍. 中国兽医科学. 2006(07)
[6]不同诱导剂对工程菌发酵及重组蛋白表达的影响[J]. 卫红飞,万敏,杨世杰,王燕媚,李大鹏,王爱丽,于永利,王丽颖. 中国生物制品学杂志. 2005(06)
[7]重组质粒pUC-CK在大肠杆菌中表达条件的优化[J]. 王芳,曹西南. 昆明医学院学报. 2004(04)
[8]鸭疫里默氏菌基因分型[J]. 程龙飞,李文杨,施少华,傅光华,彭春香,黄瑜. 中国兽医学报. 2004(06)
[9]外源基因在大肠杆菌中表达的优化[J]. 曹红,仇燕,王刚. 河北师范大学学报. 2004(01)
[10]荧光定量PCR技术及其应用[J]. 韩俊英,曾瑞萍. 国外医学.遗传学分册. 2000(03)
硕士论文
[1]鸭瘟病毒UL47基因转录时相分析及主要抗原域的原核表达和抗体制备[D]. 罗丹丹.四川农业大学 2010
[2]鸭瘟病毒UL27基因主要抗原域蛋白的原核表达、纯化、抗体制备及应用[D]. 林丹.四川农业大学 2009
本文编号：2988580
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：46 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１夕Ｉ、膜夕陆睡白家族的大体结构??巧ｇｌ?Ｔｈｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?ｏｕｒ?ｍｅｍｂｒａｎｅ?ｅｆｆｌｕｘ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｆａｍｉｌｙＰ］??
疏水性有利于蛋白质向内折叠形成二级结构，进一步形成结构域，王级结构等，最根??本的是利于形成ａ螺旋，保证其稳定性。疏水作用及疏水和亲水之间的平衡在蛋白质结构??与功能方面起着重要的作用用在线分析工具将氨基酸序列输入，分析结果如图２，整个蛋．??白质疏水性最大值是３．００，最小值是－２．４７９，１０－２０位氨基酸蛋白质疏水性最强。??？?〇?一?＊?口?一—?—?ｒ?？？？?一??９?－?Ｉ?＊?＇?Ｈ?ｉ？＇Ｋｉ?？ｂ?－?￣＾￣＇??＇－叫’…Ｉ－?＇?麵?［１?；；?ｊ?ｊｌ?－??ｉ?．｝?ｋ?ｉｌ／｜?ｋ?ｉ?Ｊ?ｊ?／｛?ｉｉ?％?兰！ｌ?／ｕ！ｌｌ?ｉ（ｌ??。－．＇ｙ画Ｙ专窄卽％］伽??＊＊?＇?ｉｉ?Ｉ?ｉ＼?ｊ??■Ｓ＇????．‘．Ｉ－?ｒＩ－－＇－－…：＇．‘Ｉ－…—??－?．．‘報?＾?－??—３?Ｉ，，?一，?■！■?－－?—?，?－?Ｉ?１?Ｉ?１?Ｉ?１?Ｉ?．?Ｉ?Ｉ?，?Ｉ?？???ｓｅ?１６６?１?ｓｅ?ｓｅｅ?ｓｓｅ?ｓｅｅ?ｓｓｅ?４ｓｅ?????ｆ．ＳＭ?々．円???????图２?ＲＡＯＥＰ蛋白质疏水性分析??巧昏２?Ｔｈｅ?ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ?ｒｅｓｕｈ?ｏｆ?ｈｙｄｒｏｐＨｏｂｉｃｉｔｙ?ｏｆ?ｔｈｅ?ＲＡ?ＣＥＰ?ｇｅｎｅ??３．?１．４?ＲＡＯＥＰ蛋白抗原表位分析??抗原表位即抗原决定簇，是指抗原分子中决定抗原特异性的特殊化学集团。抗原是通??过它与相应的淋己细胞表面的抗原进行抗原受体结合
过它与相应的淋己细胞表面的抗原进行抗原受体结合，进而激活淋己细胞，引起免疫应备??抗原的特异性是由抗原表位的性质、数目和空间构型决定的。利用ＢｅｐｉＰｒｅｄ?１．０?Ｓｅｒｖｅｒ进行??蛋白质抗原表位分析，结果如图３，发现该蛋白质抗原表位主要集中在２２－２８、３５－巧、??１０５－１０７、１１７－１４２、２６９－２７５、２８５－２９０、２９７－３０２、４７５￣４７８?位難酸。??ｉ?ｗｒ?Ｉｆ?ｆ?Ｗｉｎ?Ｔｎ?Ｙ?？?ｔＲ?ｉｆ?Ｉ??ｉ?■??？?１????图３?ＲＡＯＥＰ蛋白质抗原表位预测??Ｆｉｇ．３?Ｔｈｅ?ｅｐｉｔｏｐｅ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＲＡ?ＯＥＰ?ｐｒｏｔｅｉｎ??３．１．５?ＲＡ?ＯＥＰ蛋白功能位点分析??通过在线工具分析，ＲＡＯＥＰ蛋白有多个功能位点，其中Ｎ－糖基化位点６个，蛋白激??酶Ｃ憐酸化位点５个，Ｎ－豆憲醜化位点２个，酪蛋白激酶ＩＩ稱酸化位点８个。??３．?１．６?ＲＡ?ＯＥＰ蛋白權酸化位点预测分析??将ＲＡ０ＢＰ基因编码氨基酸序列在线预测
【参考文献】：
期刊论文
[1]实时定量PCR技术及其应用[J]. 刘彩云,刘洪祥,王凤龙. 安徽农业科学. 2011(05)
[2]鸭瘟病毒dUTPase基因克隆、原核表达及在病毒感染宿主亚细胞中的定位分析[J]. 招丽婵,程安春,汪铭书,袁桂萍,贾仁勇,周登春,葛菡,孙涛,陈孝跃. 畜牧兽医学报. 2008(08)
[3]实时荧光定量PCR技术研究进展及应用[J]. 张贺,李波,周虚,谭建华. 动物医学进展. 2006(S1)
[4]大肠杆菌中外源蛋白高效表达的影响因素及策略研究的新进展[J]. 卢晟晔,王丽颖. 中国实验诊断学. 2006(09)
[5]牛疱疹病毒Ⅰ型gB基因的原核表达及产物的抗原性分析[J]. 吴春涛,王建华,侯艳梅,赵祥平,霍蕾,董志珍. 中国兽医科学. 2006(07)
[6]不同诱导剂对工程菌发酵及重组蛋白表达的影响[J]. 卫红飞,万敏,杨世杰,王燕媚,李大鹏,王爱丽,于永利,王丽颖. 中国生物制品学杂志. 2005(06)
[7]重组质粒pUC-CK在大肠杆菌中表达条件的优化[J]. 王芳,曹西南. 昆明医学院学报. 2004(04)
[8]鸭疫里默氏菌基因分型[J]. 程龙飞,李文杨,施少华,傅光华,彭春香,黄瑜. 中国兽医学报. 2004(06)
[9]外源基因在大肠杆菌中表达的优化[J]. 曹红,仇燕,王刚. 河北师范大学学报. 2004(01)
[10]荧光定量PCR技术及其应用[J]. 韩俊英,曾瑞萍. 国外医学.遗传学分册. 2000(03)
硕士论文
[1]鸭瘟病毒UL47基因转录时相分析及主要抗原域的原核表达和抗体制备[D]. 罗丹丹.四川农业大学 2010
[2]鸭瘟病毒UL27基因主要抗原域蛋白的原核表达、纯化、抗体制备及应用[D]. 林丹.四川农业大学 2009
本文编号：2988580
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